空间DDLS:基于神经网络的空间转录组数据反褶积网络

基于神经网络和单细胞RNA-seq数据的空间转录组数据反褶积。SpatialDDLS实现了一个创建神经网络模型的工作流,该模型能够利用深度学习和单细胞RNA-seq数据提供的有意义信息,从空间转录组数据中准确估计斑点的细胞组成。参见Torroja和Sanchez-Cabo(2019)<doi:10.3389/fgene.2019.00978>和Mañanes等人(2024年)<doi:10.1093/bioinformatics/btae072>以获得该方法的概述并查看其性能的一些示例。

版本: 1.0.2
取决于: R(≥4.0.0)
进口: 拉朗,grr公司,矩阵、方法、,空间实验,单细胞实验,总结性实验,锌波,统计,pbapply(应用程序),S4矢量,数字播放器,重塑2,gtools公司,网状的,珊瑚礁,张量流,FNN公司,ggplot2,ggpubr公司,尖叫声,舷窗
建议: 针织物,rmarkdown公司,生物并行,rhdf5型,DelayedArray(延迟阵列),延迟矩阵统计,HDF5阵列,测试那个,复杂热图,网格,咆哮,后勤保障局,厄尔巴
出版: 2024-04-26
内政部: 10.32614/CRAN.包装。空间DDLS
作者: 迭戈·马尼亚内斯ORCID标识[aut,cre],卡洛斯·托罗亚ORCID标识[aut],法蒂玛·桑切斯·卡波ORCID标识[自动]
维护人员: 迭戈·马尼亚内斯(Diego Mañanes)
错误报告: https://github.com/diegommcc/SpatialDDLS/issues
许可证: GPL-3公司
网址: https://diegommc.github.io/SpatialDDLS/,https://github.com/diegomcc/SpatialDDLS
需要编译:
系统要求: Python(>=2.7.0),TensorFlow(https://www.tensorflow.org/)
引用: SpatialDDLS引文信息
材料: 自述文件 新闻
CRAN检查: 空间DDLS结果

文档:

参考手册: 空间DDLS.pdf
渐晕图: 开始吧!小鼠淋巴结样本的反褶积

下载内容:

包源: 空间DDLS_1.0.2.tar.gz
Windows二进制文件: r-devel公司:空间DDLS_1.0.2.zip,r版本:空间DDLS_1.0.2.zip,r-oldrel:空间DDLS_1.0.2.zip
macOS二进制文件: r释放(arm64):空间DDLS_1.0.2.tgz,r-oldrel(arm64):不可用,r-release(x86_64):空间DDLS_1.0.2.tgz,r-oldrel(x86_64):不可用
旧来源: SpatialDDLS存档

链接:

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