RaceID:细胞类型识别、谱系树推断和基于单细胞RNA-Seq数据的噪声动力学预测

“RaceID”的应用允许通过“StemID2”算法推断细胞类型和预测谱系树(Herman,J.S.,Sagar,Grun D.(2018))<doi:10.1038/nmeth.4662>). 'VarID2’是该软件包的一部分,可在单细胞分辨率下量化生物基因表达噪声(Rosales-Alvarez,R.E.,Rettkowski,J.,Herman,J.S.,Dumbovic,G.,Cabezas-Wallscheid,N.,Grun,D.(2023)<doi:10.1186/s13059-023-02974-1>).

版本: 0.3.5
取决于: R(≥3.5.0)
进口: 笼子,编译器,集群,命运ID,FNN公司,消防车,ggplot2,gr设备,和谐,独立分量分析,记录仪,厄尔巴,莱顿,位置匹配,方法,MASS(质量),矩阵,矩阵统计,平行,情势图,主曲线,二次规划优化函数,随机森林,跑步者,卢比,R彩色啤酒,Rtsne公司,乌玛,素食主义者
链接到: 卢比(≥0.11.0)
建议: 批处理器,DESeq2公司,针织物,rmarkdown公司,单细胞实验,弹弓,总结性实验
出版: 2024-04-03
作者: 多米尼克·格伦
维护人员: Dominic Grün<gmail.com上的Dominic.gruen>
许可证: GPL-3公司
需要编译:
系统要求: C++17
CRAN检查: RaceID结果

文档:

参考手册: 种族ID.pdf
渐晕图: RaceID和StemID简介。

下载内容:

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macOS二进制文件: r释放(arm64):赛道ID_0.3.5.tgz,r-oldrel(arm64):赛道ID_0.3.5.tgz,r-release(x86_64):赛道ID_0.3.5.tgz,r-oldrel(x86_64):赛道ID_0.3.5.tgz
旧来源: RaceID存档

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