PCMBase：系统发育的模拟和可能性计算比较模型

系统发育比较方法代表了连续性状的模型与系统发育树尖端相关的数据。此类模型的示例是高斯连续时间分支随机过程，如布朗过程运动（BM）和Ornstein-Uhlenbeck（OU）过程，它们考虑树的尖端作为从开始的马尔可夫过程的观察（最终）状态根的初始状态，沿着树的分支进化。这个PCMBase R包提供了操作此类模型的通用框架。该框架由一个应用程序编程接口组成，用于指定数据和模型参数以及模拟性状进化的有效算法在模型下，计算模型参数的可能性模型和特性数据。该软件包实现了越来越多的模型集合，目前包括BM、OU、带跳跃的BM/OU、双速OU以及混合高斯模型，其中可以关联不同类型的上述模型用不同的树枝。PCMBase包仅限于（混合）高斯系统发育的模拟和似然计算模型。PCMFit包提供推理功能这些模型用于树和特征数据。软件包web站点<https://venelin.github.io/PCMBase网站/>提供对文档和其他资源的访问。

版本：	1.2.14
取决于：	R（≥3.1.0）
进口：	猿,阿宾德,矩阵指数函数,mvtnorm公司,数据表,ggplot2,可发送的
建议：	测试那个,针织者,rmarkdown公司,ggtree公司,奶牛场,覆盖（covr）,mvSLOUCH公司,生物技术经理
出版：	2024-03-15
作者：	威尼斯米托夫[aut，cre，cph]（<ahref=“https://venelin.github.io网址“>威尼斯（venelin.github.io），Krzysztof Bartoszek[ctb]，乔治·阿西莫米蒂，Tanja Stadler
维护人员：	Venelin Mitov<gmail.com上的vmitov>
错误报告：	https://github.com/venelin/PCMBase/issues网站
许可证：	GPL（≥3.0）
网址：	https://venelin.github.io/PCMBase网站/,https://venelin.github.io网址
需要编译：	不
引用：	PCMBase引文信息
材料：	自述文件 新闻
CRAN检查：	PCM基本结果

文档：

参考手册：	保时捷中国基地.pdf
渐晕图：	开始 在PCMBase框架中创建自定义模型 PCMBase参数化API 跟踪高斯模型的似然计算

下载内容：

包源：	PCM数据库_1.2.14.tar.gz
Windows二进制文件：	r-发展：PCM底座_1.2.14.zip，r版本：PCM底座_1.2.14.zip，r-oldrel：PCM底座_1.2.14.zip
macOS二进制文件：	r释放（arm64）：PCM基准_1.2.14.tgz，r-oldrel（arm64）：PCM基准_1.2.14.tgz，r-release（x86_64）：PCM底座_1.2.14.tgz，r-oldrel（x86_64）：PCM基准_1.2.14.tgz
旧来源：	PCMBase存档

反向依赖关系：

反向进口：

mvSLOUCH公司,PCM基准Cpp

链接：

请使用规范形式https://CRAN.R-project.org/package=PCM数据库链接到此页面。