MOCHA:单细胞开放染色质分析建模

开放染色质的统计框架和分析工具专为单细胞ATAC-seq设计的分析细胞类型/簇后的转座可访问染色质数据识别。这些新型模块消除了不必要的技术变化,识别开放染色质,稳健地模拟单个细胞中的重复测量数据,实施先进的统计框架,为零通货膨胀建模差异化和协同可访问性分析,并与现有的用于下游分析的数据库和模块,以揭示生物见解。MOCHA为复杂的下游分析提供了统计基础帮助提高单细胞ATAC-seq在应用研究中的潜力。零膨胀统计的方法如所述:Ghazanfar,S.,Lin,Y.,Su,X.等人(2020)<数字对象标识代码:10.1038/s41592-020-0885-x>.Pimentel,Ronald Silva,“Kendall的Tau和Spearman的Rho代表零充气数据”(2009年)<https://schoolworks.wmich.edu/desertations/721/>.

版本: 1.1.0
取决于: R(≥4.1.0)
进口: 数据表,plyranges系列(≥ 1.14.0),数字播放器,基因组范围,Ragged实验,多重分析实验,总结性实验,字符串,ggbio公司,wCorr(水修正),马格里特,爱尔兰航空公司,注释Dbi,生物遗传学,基因组信息数据库,基因组学特征,I范围,S4载体,断言,集成数据库,ggplot2,gg排斥,矩阵统计、方法、,q值,规模,第三年,ggridges公司,pbapply(应用程序),牛基因组,潮汐选择,生命周期
建议: ArchR公司,RMariaDB公司,图案匹配器,生物技术经理,TxDb(发送日期)。哈皮恩斯。UCSC.hg38.ref基因,TxDb(发送日期)。哈皮恩斯。UCSC.hg19.known基因,组织Hs.eg.db,英国基因组。哈皮恩斯。加州大学圣保罗分校hg19,用r,针织者,rmarkdown公司,色度VAR,测试那个(≥ 3.0.0),超高速,厄尔巴,通用TMB,矩阵,瓦尔多,呜呜声,lmer测试,博科生物,lme4公司,拉链,rtracklayer公司,奶牛场,混合工具,动物园
出版: 2024-01-25
内政部: 10.32614/CRAN.包装。摩卡
作者: 萨米尔·拉希德·扎伊姆[aut,ctb],马克·菲利普·佩布沃思[aut,ctb],伊姆兰·麦格拉思[aut,cre],Lauren Okada【aut,ctb】,李晓军[aut,ctb]
维护人员: 伊姆兰·麦格拉思(Imran McGrath)<aifi.compbio.support at alleninstitute.org>
许可证: GPL(≥3)
需要编译:
其他仓位(_R): https://imran-aifi.github.io/drat网址
材料: 自述文件 新闻
CRAN检查: MOCHA结果

文档:

参考手册: MOCHA.pdf文件
守夜人: 直通式冠
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macOS二进制文件: r-release(arm64):不可用,r-oldrel(arm64):MOCHA_1.0.2.tgz公司,r-release(x86_64):MOCHA_1.0.2.tgz公司,r-oldrel(x86_64):MOCHA_1.0.2.tgz公司
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