MCMCtreeR：准备MCMCtree分析并绘制贝叶斯发散时间树的分析估计
提供功能，为Yang（2007）的“PAML”软件中的“MCMCtree”分析准备时间先验<doi:10.1093/molbev/msm088>并根据贝叶斯发散时间分析绘制时间尺度的系统发育图。大多数时间校准的节点先验分布需要用户特定的参数。该软件包提供了细化这些参数的功能，以便得到的先验分布准确地反映出已知时间信息（通常是化石时间信息）的可信度。这些功能还使用户能够可视化分布并编写“MCMCtree”就绪的输入文件。此外，该软件包提供了灵活的功能，通过使用节点栏、与年龄不确定性成比例的分支宽度或通过绘制节点上的完整后验分布，在绘制的树上可视化年龄不确定性。时间尺度的系统发育图可以用绝对时间尺度和地质时间尺度可视化。所有绘图功能都适用于任何贝叶斯软件的输出，而不仅仅是“MCMCtree”。
| 版本： |
1.1 |
| 取决于： |
R（≥3.3），猿(≥ 3.0-7),锡,尾波 |
| 进口： |
方法、utils、stats、grDevices、图形 |
| 建议： |
针织物,rmarkdown公司 |
| 出版： |
2019-05-21 |
| 作者： |
Mark Puttick[aut，cre]，Pascal标题[ctb] |
| 维护人员： |
马克·普蒂克（Mark Puttick）<Mark.Puttick at bristol.ac.uk> |
| 许可证： |
GPL-2型|GPL-3公司[扩展自：GPL（≥2）] |
| 需要编译： |
不 |
| CRAN检查： |
MCMCtreeR结果 |
文档：
下载内容：
链接：
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