GaMaBioMD:序列数据的多样性分析
完整形式是Garai和Mantri生物材料多样性。这是一个R包,用于使用序列数据计算生物多样性。它只需要样本ID和登录号,从而简化了过程。无论你是在分析遗传多样性还是微生物多样性,它都为多样性分析提供了有效的工具。首先应该使用此处提供的函数expand_accession_ranges()、get_sequence_information()、preprocess_for_alignment()、write_fasta()、SampleID_vs_NumSequences(),data_sampling()、alignment_info(),compute_average_similarity_matrix(),generate_heatmaps(,气泡_打印计数()、气泡_打印百分比()、树平均相似性()和树百分比相似性(。到目前为止,共有15个功能。更多细节可参见Faith(1992)<doi:10.1016/0006-3207(92)91201-3>.
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