GMMAT：广义线性混合模型关联测试

在全基因组关联研究（GWAS）和测序关联研究中使用广义线性混合模型（GLMMs）进行关联测试。首先，GMMAT拟合了一个具有协变量调整和随机效应的GLMM，以解释人口结构和家族或隐性关联。对于GWAS，GMMAT按照Chen等人（2016）的建议对每个遗传变异进行得分测试<doi:10.1016/j.ajhg.2016.02.012>. 对于候选基因研究，GMMAT还可以进行Wald测试，以获得每个遗传变异的效应大小估计值。对于测序关联研究中的罕见变量分析，GMMAT执行Chen等人（2019）提出的变量集混合模型关联测试（SMMAT）<doi:10.1016/j.ajhg.2018.12.012>包括负载测试、序列核关联测试（SKAT）、SKAT-O以及基于用户定义变量集的负载测试和SKAT的高效混合测试。

版本：	1.4.2
取决于：	R（≥3.2.0）
进口：	卢比,CompQuadForm格式,foreach公司，平行，矩阵、方法、，数据表
链接到：	卢比,RcppArmadillo公司
建议：	美国国防部,SeqArray（序列阵列）,SeqVarTools（序列变量工具）,测试那个
出版：	2023-11-17
内政部：	10.32614/CRAN.包装。GMMAT公司
作者：	韩晨[aut，cre]，马修·科诺莫斯，Duy Pham[aut]，阿瑟·吉利（Arthor Gilly），Robert Gentleman[ctb，cph]（C的作者和版权持有人函数Brent_fmin），Ross Ihaka[ctb，cph]（C函数的作者和版权所有者Brent_fmin），R核心团队[ctb，cph]（C的作者和版权所有者函数Brent_ fmin），R基金会[cph]（C函数Brent_fmin的版权所有者），Eric Biggers[ctb，cph]（包括libdeflate库），Tino Reichardt[ctb，cph]（线程的作者和版权所有者包含的Zstandard（zstd）库中使用的代码），Meta Platforms，Inc.及其附属公司[cph]（包括Zstandard（zstd）库）
维护人员：	韩晨<Han.Chen.2 at uth.tmc.edu>
许可证：	GPL（≥3）
版权：	有关详细信息，请参阅版权。 GMMAT版权详细信息
需要编译：	对
CRAN检查：	GMMAT结果

文档：

参考手册：	通用材料.pdf
渐晕图：	GMMAT公司

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包源：	GMMAT_1.4.2.目标.gz
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macOS二进制文件：	r释放（arm64）：GMMAT_1.4.2.tgz公司，r-oldrel（arm64）：GMMAT_1.4.2.tgz公司，r-版本（x86_64）：GMMAT_1.4.2.tgz公司，r-oldrel（x86_64）：GMMAT_1.4.2.tgz公司
旧来源：	GMMAT存档

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反向进口：

MAGEE公司,平方米

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