集合细菌

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以编程方式访问集合细菌

59版的新增功能

你知道吗。。。？

集成基因组REST服务

要从任何编程语言访问Ensembl Genomes数据，请尝试REST服务。有关完整文档，包括各种语言的示例，请访问http://rest.ensembl.org

2023年6月，集合细菌（Ensemble Bacteria）发布了几乎所有其宿主基因组的新基因预测。这是与EMBL-EBI宏基因组学团队合作完成的，并使用普罗卡，结合来自的结果厘米扫描,鸡蛋NOG和InterProScan公司我们保留了115个物种的社区提交注释，这些物种在我们的全基因组比较分析中。

基因组
- 总计31332非冗余的细菌和古细菌基因组
数据
- 基因组的新基因预测（全基因组比较中115种物种除外）
- 涉及细菌基因的分子相互作用的最新注释
- 对齐到法国皇家医学会单独轨道上可见的协方差模型（Rfam 12.2）（“Rfam模型”）
- 使用更新了所有物种的蛋白质特征InterProScan公司
- 更新的全基因组比较（包括关键细菌物种）

信号群快速发布

每两周添加一次基因和蛋白质注释的新组件.

注：本网站上已有的物种将继续更新，并提供全套注释。

去吧

Ensemble Rapid Release网站为达尔文生命树、脊椎动物基因组项目和地球生物基因组项目等生物多样性倡议中最近生成的、公开可用的脊椎动物和非脊椎动物基因组提供注释。

快速发布新闻在我们的博客上

存档站点

以下存档站点可用于访问以前版本的数据：

第56版，2023年2月eg56-bacteria.ensembl.org
第52版，2021年12月eg52-bacteria.ensembl.org
第49版，2020年12月eg49-细菌a.ensembl.org
第45版，2019年9月eg45-bacteria.ensembl.org
2018年7月第40版eg40-细菌.ensembl.org
2017年10月第37版eg37-bacteria.ensembl.org

集合细菌

Ensemble细菌是细菌和古生物基因组的浏览器。这些的程序集来自国际协作核酸序列数据库欧洲生物多样性研究所（EBI）的欧洲核苷酸档案、NCBI的GenBank和日本的DNA数据库）。

数据访问

数据可以通过Ensembl基因组浏览器可视化，并通过我们的Perl和RESTful API进行编程访问。数据也可以通过公共MySQL数据库和包含FASTA、EMBL、GTF、GFF3、JSON和RDF格式的完整数据转储的FTP站点访问。全基因组比较中包括了100多个关键细菌基因组，所有基因组中的基因都已使用HAMAP和PANTHER分类为家族更多详细信息.

集合基因组由开发EMBL-EBI公司并由合奏基因组数据分析和可视化的软件系统。有关我们资金的详细信息，请单击此处.