弗里克斯，Clémence;托尔斯滕·绍布;塞巴斯蒂安·谢尔霍恩;安妮·西格尔;菲利普·旺科 混合代谢网络完成。 （英语） Zbl 1491.92061号 Balduccini，Marcello（编辑）等人，《逻辑编程和非单调推理》。2017年7月3日至6日在芬兰埃斯波举行的2017年LPNMR第14届国际会议。诉讼程序。查姆：斯普林格。勒克特。注释计算。科学。10377, 308-321 (2017). 概述：代谢网络在生物学中起着至关重要的作用，因为它们捕捉生物体内的所有化学反应。虽然许多模式生物都有高质量的网络，但研究较少的生物的网络往往质量较差，并且存在不完整性。为此，我们在之前的工作中引入了一种基于ASP的代谢网络完成方法。尽管这种定性方法允许恢复中度退化的网络，但无法恢复高度退化的网络。这是因为它忽略了捕获反应速率的定量约束。为了解决这个问题，我们提出了一种代谢网络完成的混合方法，该方法将定性ASP方法与捕获反应速率的定量方法相结合。我们首先以统一的形式将现有的化学计量和拓扑方法正式协调到网络完成中。利用它，我们开发了一种混合ASP编码，并依赖ASP系统Clingo的理论推理能力来求解结果逻辑程序。我们通过大肠杆菌的代谢网络对我们的方法进行了实证评估。我们的分析表明，我们的新方法比纯定性或定量方法产生的结果要好得多。关于整个系列，请参见[Zbl 1367.68005号]. MSC公司： 92立方厘米 系统生物学、网络 92C40型 生物化学、分子生物学 68N17号 逻辑编程 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{C.Frioux}等人，Lect。注释计算。科学。10377、308--321（2017；Zbl 1491.92061） 全文： 内政部 arXiv公司 哈尔