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.1997年8月;73(2):722-32.
doi:10.1016/S0006-3495(97)78105-0。

SIMS:光滑不变分子表面的计算

附属公司

SIMS:光滑不变分子表面的计算

Y N沃罗布耶夫等。 生物物理学J. 1997年8月.

摘要

提出了一种计算光滑不变分子点表面的新方法SIMS。SIMS方法通过滚动两个探针球来生成光滑的分子表面。溶剂探针球在分子上滚动,产生Richards-Connolly分子表面(MS),该表面包裹分子的溶剂排除体积。在深裂缝中,Connolly的MS计算方法有两个缺陷。首先,它产生分子表面的自相交部分,必须将其去除才能获得正确的MS。其次,正确的MS是不平滑的,即MS的法向量的方向不是连续的,MS的一些点是奇异的。我们提出了一种去除自相交部分和平滑MS奇异区域的精确方法。奇异MS通过在奇异MS的内侧滚动平滑探针球来平滑。奇异点附近的MS被平滑探针球的可重入曲面取代。平滑方法不会干扰奇异MS的拓扑结构,平滑MS是高介电溶剂和低介电分子内部介电边界的较好近似。SIMS方法生成一个光滑的分子点表面,在分子表面上具有两个正交方向上的准均匀点分布,它与分子旋转不变量,在分子构象变化下稳定,可用于各种模拟溶剂效应的隐式方法。SIMS程序比Connolly MS程序更快,在几秒钟内生成一个含有200个残余蛋白质的平滑点MS。作者可根据要求提供该程序(参见http://femto.med.unc.edu/SIMS)。

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