miR-222 isoforms are differentially regulated by type-I interferon

doi:10.1261/rna.064550.117

.2018年3月；24(3):332-341.

doi:10.1261/rna.064550.117。 Epub 2017年12月20日。

miR-222亚型受I型干扰素的差异调节

附属公司

¹澳大利亚维多利亚州克莱顿市莫纳什大学莫纳什医学研究所先天免疫和传染病中心，邮编3168。
²澳大利亚维多利亚州克莱顿市莫纳什大学分子与转化科学系3168。
^三南澳大利亚州病理学和南澳大利亚大学癌症生物学中心，澳大利亚南澳大利亚州阿德莱德，邮编5000。
⁴澳大利亚南澳大利亚州阿德莱德市SA病理学癌症生物学中心ACRF癌症基因组设施，5000，澳大利亚。
⁵美国马萨诸塞州剑桥市哈佛大学FAS系统生物学中心，生物与进化生物学系，邮编02138。
⁶澳大利亚维多利亚州莫纳什大学解剖与发育生物学系，邮编3800。
⁷澳大利亚维多利亚3800莫纳什大学生物医学发现研究所开发和干细胞项目。
⁸分子和细胞治疗学，爱尔兰皇家外科学院，爱尔兰都柏林2。
⁹澳大利亚维多利亚州墨尔本莫纳什大学生物化学和分子生物学系，邮编3800。
¹⁰法国巴黎75015，CNRS URA3012，巴斯德研究所，人类进化遗传学单位。
¹¹澳大利亚南澳大利亚州阿德莱德市阿德莱特大学医学系，邮编5005。
¹²澳大利亚南澳大利亚州阿德莱德市阿德莱特大学分子与生物医学学院，邮编5005。

PMID： 29263133
预防性维修识别码：项目编号5824353
内政部： 10.1261/rna.064550.117号

miR-222亚型受I型干扰素的差异调节

夏洛特·内贾德等。核糖核酸. 2018年3月.

.2018年3月；24(3):332-341.

doi:10.1261/rna.064550.117。 Epub 2017年12月20日。

附属公司

¹澳大利亚维多利亚州克莱顿市莫纳什大学莫纳什医学研究所先天免疫和传染病中心，邮编3168。
²澳大利亚维多利亚州克莱顿莫纳什大学分子与转化科学系，邮编3168。
^三南澳大利亚州病理学和南澳大利亚大学癌症生物学中心，澳大利亚南澳大利亚州阿德莱德，邮编5000。
⁴澳大利亚南澳大利亚州阿德莱德市SA病理学癌症生物学中心ACRF癌症基因组设施，5000，澳大利亚。
⁵美国马萨诸塞州剑桥市哈佛大学FAS系统生物学中心，生物与进化生物学系，邮编02138。
⁶澳大利亚维多利亚州莫纳什大学解剖与发育生物学系，邮编3800。
⁷澳大利亚维多利亚3800莫纳什大学生物医学发现研究所开发和干细胞项目。
⁸分子和细胞治疗学，爱尔兰皇家外科学院，爱尔兰都柏林2。
⁹澳大利亚维多利亚3800墨尔本莫纳什大学生物化学和分子生物学系。
¹⁰法国巴黎75015，CNRS URA3012，巴斯德研究所，人类进化遗传学单位。
¹¹澳大利亚南澳大利亚州阿德莱德市阿德莱特大学医学系，邮编5005。
¹²澳大利亚南澳大利亚州阿德莱德市阿德莱特大学分子与生物医学学院，邮编5005。

PMID： 29263133
预防性维修识别码：项目编号5824353
内政部： 10.1261/rna.064550.117号

摘要

内源性微小RNA（miRNA）通常以多种异构体（称为“异miR”）的形式存在，其3'端附近具有主要变异。越来越多的证据表明，同一家族的不同isomiR可能具有不同的功能作用，最近通过miR-222-3p 3'末端变体的例子证明了这一点。虽然来自同一miRNA家族的isomiR水平在组织和细胞类型之间可能有所不同，但迄今为止尚未报道模板化isomiR化学计量比随刺激的变化。依靠小分子RNA序列分析，我们在这里证明，在干扰素（IFN）β刺激人类成纤维细胞后，miR-222-3p 3'末端变异体>23 nt特异性降低，而保留了较短的亚型。在人类单核细胞衍生的树突状细胞感染后，证实了长miR-222-3p 3'-亚型和40个以上其他miRNA家族的这种长度依赖性动态调节沙门氏菌伤寒，突显了感染对3'长度调节的广度，超越了miR-222-3p的例子。我们进一步表明，干环miRNA-Taqman RT-qPCR根据其长度在3’-亚型之间表现出选择性，并且当这些亚型受到差异调节时，这可能导致结果的误解。总的来说，据我们所知，这项工作首次证明了同一miRNA家族中高度丰富的模板化3'-亚型的化学计量可以通过刺激进行动态调节。鉴于这种3'-isomiRs可能具有不同的功能，我们的研究强调了在研究基于miRNA的调控时需要考虑isomiRs。

关键词：Taqman miRNA测定；干扰素；isomiR；microRNA亚型；茎-环RT-qPCR。

PubMed免责声明

数字

**图1。**
人成纤维细胞中长3′-isomiRs的IFN-β依赖性减少。(A类)在纯化总RNA之前，用1000 IU/mL重组人干扰素-β处理人成纤维细胞24小时。小RNA-seq分析以生物三份的形式进行，并根据其从标准5′末端的长度计算每个亚型的百万分位数（CPM）。所示数据为生物三份数据的平均值，每种情况下限制为1795 3′-isomiRs<30 nt和>1 CPM（见补充表S1; 材料和方法）。（NT）未经处理。(B类,C类)miR-221-3p 3′端亚型的详细分析(B类)和miR-222-3p(C类). (D类)图中显示了12个miRNA家族的CPM，其中主要的3′-isomiR为粗体，1 nt为短变异体，与nt条件相关（miR-191-5p为2 nt为短变异体）。(B类–D类)分析基于来自A类显示平均值±SEM。(E类,F类)在使用或不使用1000 IU/mL重组人干扰素-β治疗24小时之前，用1.6 nM的所示合成miR-221-3p双链转染人成纤维细胞24小时。提取总RNA，并通过northern blot检测合成的23 nt miR-221-3 p和U6 RNA。miR-221-3p-MUT-23在3′末端包含最后五个碱基的突变。加载23和20nt合成miR-221-3p作为大小对照（SD）。(E类,F类)所示数据代表至少两个独立实验。（NT）未经处理。

**图2。**
miRNA亚型的3′端长度依赖性调节*美国。*鼠伤寒感染的DC。(A类)人类单核细胞衍生树突状细胞感染miR-221-3p和miR-222-3p 48小时后3′端亚型的标准化读取计数的详细分析*沙门氏菌*用小RNA-seq分析鼠伤寒杆菌（STM）。（NI）未感染。数据平均来自六个人（显示平均值±SEM），3′-isomiRs仅限于模板化异构体。(B类)日志₂132个miRNA家族在非感染（NI）和*沙门氏菌*48小时时感染伤寒杆菌（STM）的DC（基于补充表S2). 每个点代表一种情况下六个人的平均值，并根据miRNA长度进行颜色编码。(C类)对数的相对热图表示₂48小时后选定miRNA家族的折叠变化*沙门氏菌*伤寒杆菌感染（见材料和方法）。灰色表示RNA测序没有显著检测。选定的感兴趣的miRNA以红色突出显示。

**图3。**
Taqman RT-qPCR分析的IsomiR选择性。(A类)提供了miR-221-3p和miR-222-3p 3′端isomiR序列及其各自的Taqman分析参考。(B类)分别检测合成miR-221-3p和miR-222-3p 20/23和21/24变异体的茎-环Taqman RT-qPCR。图中Taqman分析称为“TM”，而合成isomiR称为“miR”，并附上其长度。放大值根据isomiR标准化为获得的最低Cq值，并显示为百分比。(C类)miR-222-3p 3′-isomiRs的干环Taqman RT-qPCR检测范围为21至25 nt。扩增值根据Taqman分析进行标准化，达到每次分析获得的最低Cq值，并显示为百分比。（#）放大值小于0.1%。(A类–C类)显示的数据是两个独立RT-qPCR的平均值（显示的是平均值±SEM）。

**图4。**
通过RT-qPCR可以检测到干扰素-β的isomiR-特异性作用。(A类)在总RNA纯化之前，用1000 IU/mL重组人干扰素-β处理人成纤维细胞24小时（类似于图1A）。用茎环Taqman RT-qPCR测定的3′-isomiR水平报告给U6 RNA，在图中称为“TM”(左边)和RT-qPCR(*正确的*)显示了相对于所选择的每种同种型的NT的方法。数据平均来自三个独立实验（平均值±SEM和未配对t吨-针对每种isomiR/检测方法，显示了与NT条件相关的测试）。(B类)在纯化总RNA之前，用1000 IU/mL重组小鼠IFN-β处理小鼠BMDM 24小时。用茎环Taqman RT-qPCR测定sno202 RNA的3′-isomiR水平。数据显示了所选每种亚型相对于NT的关系，并从三个独立的生物重复实验中取平均值（平均值±SEM和未配对的Mann-WhitneyU型-显示了测试）。(C类,D类)用1000 IU/mL重组人干扰素-β处理人成纤维细胞，持续指定的时间和miR-222-3p亚型水平(C类)或指示的miRNA(D类)通过茎-环Taqman RT-qPCR进行测量，如A类. (C类,D类)数据平均来自两个独立的生物复制实验（显示平均值±SEM）。(E类–*G公司*)在24小时刺激或不刺激1000 IU重组人干扰素β之前，用10 nM非靶向siRNA（siNC5）或siPNPT1#A或#B转染人MeWo细胞过夜。(E类)成熟miR-222-3p亚型水平通过RT-qPCR定量（数据显示与siNC5 NT条件相关）。数据是两个（siPNPT1#A）或三个（对于siPNPT1#B）生物复制独立实验的平均值（平均值±SEM和未配对的Mann–WhitneyU型-显示了测试）。（NT）未经处理。(F类)通过western blot分析PNPT1蛋白水平（blots是两个独立实验的代表）。(*G公司*)指示的miRNA通过茎环Taqman RT-qPCR进行定量（数据显示与siNC5 NT条件相关）。数据来自三个独立的生物重复实验的平均值（平均值±SEM和未配对的Mann–WhitneyU型-显示了测试）。（NT）未经处理。(*H（H）*)在用TLR4激动剂LPS（100 ng/mL）刺激或不刺激24小时的BMDM中对335个小鼠miRNAs进行Taqman分析（每个条件一个样本）。Cq用于确定每个miRNA相对于U6的相对丰度（见材料和方法），并以百分比表示。miR-222-3p由Taqman分析#2276靶向，对短21-nt-isomiR具有选择性，而miR-221-3p由塔克曼分析#524靶向，对于长23-nt-isosiR具有选择性。(我)用TLR4配体（100 ng/mL LPSU型-显示了测试）。(*)*P（P）*≤ 0.05, (**)*P（P）*≤ 0.01, (***)*P（P）*≤ 0.001, (****)*P（P）*≤0.0001，（ns）不显著。

请参阅PMC中的此图像和版权信息

类似文章

巨噬细胞刺激期间miRNA长度的变化混淆了结果的解释：RT-qPCR对miRNA定量的影响。
Pillman KA、Goodall GJ、Bracken CP、Gantier议员。 Pillman KA等人。 RNA。2019年2月；25(2):232-238. doi:10.1261/rna.069047.118。Epub 2018年11月28日。 RNA。2019 PMID：30487268 免费PMC文章。
面向序列的IsomiR注释的综合方法（CASMIR）：用IsomiR-profileing在大肠肿瘤中的演示。
Wu CW、Evans JM、Huang S、Mahoney DW、Dukek BA、Taylor WR、Yab TC、Smyrk TC、Jen J、Kisiel JB、Ahlquist DA。 Wu CW等。 BMC基因组学。2018年5月25日；19（1）:401。doi:10.1186/s12864-018-4794-7。 BMC基因组学。2018 PMID：29801434 免费PMC文章。
mi-IsoNet:systems-scale microRNA景观揭示了靶相互作用多样性和信号特异性的过度异构体介导增益。
郭L，李毅，西里罗KM，玛丽克RA，苏Z，尹X，华X，米尔斯GB，萨赫尼N，易SS。郭磊等。简要生物信息。2021年9月2日；22（5）：bbab091。doi:10.1093/bib/bbab091。简要生物信息。2021 PMID：33855356 免费PMC文章。
miRNA面临的挑战：miRNA组学中的多个isomiR。
郭力、陈飞。郭磊等。基因。2014年7月1日；544(1):1-7. doi:10.1016/j.gene.2014.04.039。Epub 2014年4月21日。基因。2014 PMID：24768184 审查。
MIR155宿主基因在生理和病理过程中的调节。
Elton TS、Selemon H、Elton SM、Parinandi NL。 Elton TS等人。基因。2013年12月10日；532(1):1-12. doi:10.1016/j.gene.2012.12.009。Epub 2012年12月14日。基因。2013 PMID：23246696 审查。

查看所有类似文章

引用人

不同类型特发性炎症性肌病中独特微小RNA图谱的鉴定。
穆尼奥斯·布拉克拉斯（Muñoz-Braceras S）、皮纳尔·费尔南德斯（Pinal-Frenderez I）、卡萨尔·多明格斯（Casal-Dominguez M）、帕克（Pak K）、米利森达（Milisenda）、卢斯（Lu S）、加迪纳（Gadina）、纳兹（Naz F）、古铁雷斯-克鲁斯（Gutierrez-Cruz G）、德尔奥尔索（Dell'Orso S），托雷斯-鲁伊斯（Torres-Ruiz J）、格拉乌·朱宁特（Grau-Junyent。 Muñoz-Braceras S等人。细胞。2023年9月2日；12(17):2198. doi:10.3390/cells12172198。细胞。2023 PMID：37681930 免费PMC文章。
2型糖尿病合并糖尿病足溃疡患者外周血和伤口边缘组织中miR-222-3p表达增加的作用。
Jie R、Qian J、Tang Y、Li Y、Xu M、Zhao X、Chen M。 Jie R等人。糖尿病代谢综合征肥胖。2023年8月15日；16:2419-2432. doi:10.2147/DMSO。S410986.电子收款2023。糖尿病代谢综合征肥胖。2023 PMID：37602205 免费PMC文章。
淋巴细胞与单核细胞比率预测生存率，并在弥漫性大B细胞淋巴瘤中与miR-222-3p和miR-26b-5p表观遗传学相关。
Metwally AM、Kasem AAHM、Youssif MI、Hassan SM、Abdel Wahab AHA、Refaat LA。 Metwally AM等人。科学报告2023年3月25日；13(1):4899. doi:10.1038/s41598-023-31700-x。科学报告2023。 PMID：36966176 免费PMC文章。
一项全面的泛癌分析揭示了miRNA臂转换中与癌症相关的稳健isomiR表达景观。
郭磊，任德，张毅，王强，于斯，徐X，罗磊，于杰，梁涛。郭磊等。分子遗传学。2023年5月；298(3):521-535. doi:10.1007/00438-023-01997-4。Epub 2023 2月23日。分子遗传学。2023 PMID：36813858
在人血浆中鉴定用于RT-qPCR数据标准化的极为富含GC-的微RNA。
Baumann V、Athanasiou AT、Faridani OR、Schwerdtfeger AR、Wallner B、Steinborn R。 Baumann V等人。前发电机。2023年1月4日；13:1058668. doi:10.3389/fgene.2022.1058668。eCollection 2022年。前发电机。2023 PMID：36685854 免费PMC文章。

查看所有“被引用”文章

工具书类

1. Anders S，Pyl PT，Huber W.，2015年。HTSeq—一个用于处理高通量测序数据的Python框架。生物信息学31:166–169。-项目管理咨询公司-公共医学
1. Das SK、Sokhi UK、Bhutia SK、Azab B、Su ZZ、Sarkar D、Fisher PB。2010年。人类多核苷酸磷酸化酶选择性优先降解人类黑色素瘤细胞中的microRNA-221。《国家科学院院刊》107:11948-11953。-项目管理咨询公司-公共医学
1. Ferrand J，Gantier议员，2016年。评估寡核苷酸对TLR7传感的抑制活性。方法分子生物学1390:79-90。-公共医学
1. Galardi S、Mercatelli N、Farace MG、Ciafre SA，2011年。NF-kB和c-Jun在前列腺癌和胶质母细胞瘤细胞中诱导致癌miR-221和miR-222的表达。核酸研究39:3892-3902。-项目管理咨询公司-公共医学
1. Gantier议员、McCoy CE、Rusinova I、Saulep D、Wang D、Xu D、Irving AT、Behlke MA、Hertzog PJ、Mackay F等人，2011年。Dicer1消融后哺乳动物细胞中microRNA转换的分析。核酸研究39:5692–5703。-项目管理咨询公司-公共医学

出版物类型

行动

MeSH术语

行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动

物质

行动
行动
行动
行动

LinkOut-更多资源

[1] Anders S，Pyl PT，Huber W.，2015年。HTSeq—一个用于处理高通量测序数据的Python框架。生物信息学31:166–169。-项目管理咨询公司-公共医学

[2] Anders S，Pyl PT，Huber W.，2015年。HTSeq—一个用于处理高通量测序数据的Python框架。生物信息学31:166–169。-项目管理咨询公司-公共医学

[3] Das SK、Sokhi UK、Bhutia SK、Azab B、Su ZZ、Sarkar D、Fisher PB。2010年。人类多核苷酸磷酸化酶选择性优先降解人类黑色素瘤细胞中的microRNA-221。《国家科学院院刊》107:11948-11953。-项目管理咨询公司-公共医学

[4] Das SK、Sokhi UK、Bhutia SK、Azab B、Su ZZ、Sarkar D、Fisher PB。2010年。人类多核苷酸磷酸化酶选择性优先降解人类黑色素瘤细胞中的microRNA-221。《国家科学院院刊》107:11948-11953。-项目管理咨询公司-公共医学

[5] Ferrand J，Gantier议员，2016年。评估寡核苷酸对TLR7传感的抑制活性。方法分子生物学1390:79-90。-公共医学

[6] Ferrand J，Gantier议员，2016年。评估寡核苷酸对TLR7传感的抑制活性。方法分子生物学1390:79-90。-公共医学

[7] Galardi S、Mercatelli N、Farace MG、Ciafre SA，2011年。NF-kB和c-Jun在前列腺癌和胶质母细胞瘤细胞中诱导致癌miR-221和miR-222的表达。核酸研究39:3892-3902。-项目管理咨询公司-公共医学

[8] Galardi S、Mercatelli N、Farace MG、Ciafre SA，2011年。NF-kB和c-Jun在前列腺癌和胶质母细胞瘤细胞中诱导致癌miR-221和miR-222的表达。核酸研究39:3892-3902。-项目管理咨询公司-公共医学

[9] Gantier议员、McCoy CE、Rusinova I、Saulep D、Wang D、Xu D、Irving AT、Behlke MA、Hertzog PJ、Mackay F等人，2011年。Dicer1消融后哺乳动物细胞中microRNA转换的分析。核酸研究39:5692–5703。-项目管理咨询公司-公共医学

[10] Gantier议员、McCoy CE、Rusinova I、Saulep D、Wang D、Xu D、Irving AT、Behlke MA、Hertzog PJ、Mackay F等人，2011年。Dicer1消融后哺乳动物细胞中microRNA转换的分析。核酸研究39:5692–5703。-项目管理咨询公司-公共医学

将引文保存到文件

电子邮件引文

添加到集合

添加到我的书目

您保存的搜索

为外部引文管理软件创建文件

你的RSS订阅源

miR-222亚型受I型干扰素的差异调节

附属公司

miR-222亚型受I型干扰素的差异调节

作者

附属公司

摘要

数字

类似文章

引用人

工具书类

出版物类型

MeSH术语

物质

LinkOut-更多资源

全文源

其他文献来源

研究材料

摘要

数字

类似文章

引用人

工具书类

出版物类型

MeSH术语

物质

相关信息

LinkOut-更多资源

全文源

其他文献来源

研究材料