iRNA-PseColl: Identifying the Occurrence Sites of Different RNA Modifications by Incorporating Collective Effects of Nucleotides into PseKNC

doi:10.1016/j.omtn.2017.03.006

.2017年6月16日7:155-163。

doi:10.1016/j.omtn.2017.03.006。 Epub 2017年3月29日。

iRNA-PseColl：通过将核苷酸的集体效应纳入PseKNC来识别不同RNA修饰的发生位置

彭面峰¹, 慧鼎², 惠阳², 魏晨^三, 郝琳⁴, 郭振秋⁵

附属公司

¹华北科技大学公共卫生学院煤炭工业职业健康安全河北省重点实验室，唐山，063000。
²中国电子科技大学信息生物学中心生命科学与技术学院教育部神经信息重点实验室，成都，610054。
^三华北科技大学理学院物理系、基因组学与计算生物学中心，唐山063000；Gordon Life Science Institute，Boston，MA 02478，USA电子地址：chenweimu@gmail.com。
⁴中国电子科技大学信息生物学中心生命科学与技术学院教育部神经信息重点实验室，成都，610054；Gordon Life Science Institute，Boston，MA 02478，USA电子地址：hlin@uestc.edu.cn。
⁵中国电子科技大学信息生物学中心生命科学与技术学院教育部神经信息重点实验室，成都，610054；Gordon Life Science Institute，Boston，MA 02478，USA电子地址：kcchou@gordonlifescience.org。

PMID： 28624191
预防性维修识别码：项目编号：5415964
内政部： 2016年10月10日/2017年3月31日

iRNA-PseColl：通过将核苷酸的集体效应纳入PseKNC来识别不同RNA修饰的发生位置

彭面峰等。摩尔热核酸. 2017.

.2017年6月16:7:155-163。

doi:10.1016/j.omtn.2017.03.006。 Epub 2017年3月29日。

作者

彭面峰¹, 慧鼎², 惠阳², 魏晨^三, 郝琳⁴, 郭振秋⁵

附属公司

¹华北科技大学公共卫生学院煤炭工业职业健康安全河北省重点实验室，唐山，063000。
²中国电子科技大学信息生物学中心生命科学与技术学院教育部神经信息重点实验室，成都，610054。
^三华北科技大学科学院物理系、基因组学与计算生物学中心，唐山063000；Gordon Life Science Institute，Boston，MA 02478，USA电子地址：chenweimu@gmail.com。
⁴中国电子科技大学信息生物学中心生命科学与技术学院教育部神经信息重点实验室，成都，610054；Gordon Life Science Institute，Boston，MA 02478，USA电子地址：hlin@uestc.edu.cn。
⁵电子科技大学信息生物学中心生命科学与技术学院教育部神经信息重点实验室，成都，610054；Gordon Life Science Institute，Boston，MA 02478，USA电子地址：kcchou@gordonlifescience.org。

PMID： 28624191
预防性维修识别码：项目编号：5415964
内政部： 2016年10月10日/2017年3月31日

摘要

有许多不同类型的RNA修饰，它们对许多生物过程至关重要。了解RNA序列中RNA修饰的发生位点是深入了解其生物学功能和机制的关键。不幸的是，仅仅通过实验来确定这些位点既费时又费力。虽然在这方面开发了一些计算方法，但每种方法只能用于单独处理某些类型的修改。据我们所知，迄今为止还没有开发出一种方法可以通过一个无缝的包装或平台识别几种不同类型RNA修饰的发生位点。为了应对这一挑战，开发了一个名为“iRNA-PseColl”的新平台。它是通过其组成核苷酸的化学物理性质和密度分布，将序列元素的个体和集体特征合并到RNA的一般伪K元组核苷酸组成（PseKNC）中而形成的。严格的交叉验证表明，拟议平台的预期成功率相当高。为了最大限度地为大多数实验生物学家提供便利，该平台的网络服务器位于网址：http://lin.uestc.edu.cn/server/iRNA-PseColl以及一个循序渐进的用户指南，它将允许用户轻松地实现他们想要的结果，而无需仔细阅读本文中涉及的数学细节。

关键词：PseKNC；RNA修饰；支持向量机；集体效应；核苷酸的化学物理性质。

PubMed免责声明

数字

图1
显示RNA序列中可能同时发生的三种修饰的示意图三种修饰（m¹A、米⁶A、和m⁵C）如图所示。

图2
iRNA-PseColl识别m的性能图解¹A、米⁶A、和m⁵C修改位置，分别通过ROC曲线说明性能。，ROC曲线下的面积称为AUROC。AUROC值越大，性能越好。有关详细说明，请参阅文本。

图3
一幅插图，展示了通过沿着从Chou改编的RNA序列滑动（2ξ+1）-nt缩放窗口收集RNA样本的过程。有关进一步解释，请参阅正文。

图4
图示显示配对核酸残基的结构：A-U对以两个氢键相互结合。右图：G-C对和三个氢键。经许可改编自周。

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