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.2017年6月:506:34-44。
doi:10.1016/j.virol.2017.03.002。 Epub 2017年3月21日。

人类免疫缺陷病毒1 ASP RNA通过招募多梳抑制复合物2和促进核小体组装来促进病毒潜伏期

附属公司

人类免疫缺陷病毒1 ASP RNA通过募集多梳抑制复合体2和促进核小体组装来促进病毒潜伏

胡安·萨帕塔等。 病毒学. 2017年6月.

摘要

HIV-1 5'LTR的各种表观遗传标记抑制前病毒表达并促进潜伏期。被称为长非编码RNA(lncRNAs)的细胞反义转录物将多梳阻遏物复合物2(PRC2)招募到基因启动子,该启动子催化组蛋白H3(H3K27me3)上赖氨酸27的三甲基化,从而促进核小体组装并抑制基因表达。我们发现,从3'LTR表达的HIV-1反义转录物和编码反义蛋白ASP可促进前病毒潜伏期。ASP RNA的表达降低了HIV-1在Jurkat细胞中的复制。此外,ASP RNA的表达促进了Jurkat E4细胞中HIV-1潜伏期的建立和维持。我们表明,该转录物与HIV-1 5'LTR相互作用并将PRC2招募到HIV-1 5’LTR,增加抑制性表观遗传标记H3K27me3的积累,同时减少RNA聚合酶II,从而减少前病毒转录。总之,我们的结果表明,HIV-1 ASP转录物通过PRC2途径促进HIV-1 5'LTR的表观遗传沉默和前病毒潜伏期。

关键词:ASP;反义转录本;表观遗传标记;H3K27me3;HIV-1;PRC2;病毒潜伏期。

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利益冲突

作者声明,他们与本文的内容没有利益冲突。内容完全由作者负责,不一定代表国家卫生研究院的官方观点。

数字

图1
图1
开发一种高灵敏度、特异性定量RT-PCR检测ASP RNA表达的方法。a组:特异检测ASP转录物而非HIV-1义转录物的RT-PCR分析方案。RT引物(AST-tag)在cDNA的5′端引入一个标记,作为TaqMan PCR子序列中反向引物的模板。B组:实时PCR示踪显示,仅用感染细胞的RNA进行扩增,并且只有在存在AST-tag RT引物和RT酶的情况下进行RT反应(cDNA在三次PCR反应中进行分析)。C组:用10°-10获得PCR痕迹5携带ASP RNA扩增子的线性化pUC57质粒的拷贝(所有稀释液在三份样品中运行)。
图2
图2
各种HIV-1感染的CD4+T细胞系统中ASP RNA水平。使用图1所示的链特异性定量RT-PCR测定来评估ASP转录物的表达水平。1。A组:原发性感染人CD4+T细胞ASP RNA表达的定量体外试验。感染HIV-1的CD4+T细胞总RNAIIIB类用AST-tag RT引物或不使用AST-tagRT引物,用RT酶或不使用RT酶逆转录(或未感染细胞),然后用PCR对三份样品进行检测。B组:定量各种慢性感染的CD4+T细胞系(ACH2、8E5、J1.1和H9/IIIB)及其未感染的亲代细胞系(A3.01、Jurkat和H9)中ASP RNA的表达。在有或无AST-tag RT引物以及有或无RT酶的情况下进行RT反应。只显示+/+组合。C组:量化来自两名未感染供体(对照组A和B)和三名接受抑制性抗逆转录病毒治疗>24个月的感染患者(患者A、B和C)静止CD4+T细胞中ASP RNA的表达。在有或无AST-tag RT引物以及有或无RT酶的情况下进行RT反应。只显示+/+组合。图表报告了从三个重复样品计算的平均值和标准偏差。ND:未检测到。
图3
图3
HIV-1 ASP RNA抑制病毒复制。Jurkat细胞用基于pLVX的慢病毒稳定转导,该慢病毒驱动ASP RNA序列的CMV启动子依赖性表达停止ORF(J-ASTmut)的密码子3、7和10。作为对照,我们建立了一个用空慢病毒(J-LVX)稳定转导的Jurkat细胞系。A组:父母Jurkat细胞、J-LVX细胞和J-ASTmut细胞中ASP RNA表达的定量。使用来自三个细胞系的等量总RNA,通过图1所示的链特异性RT-qPCR分析来测量ASP RNA的表达。ND:未检测到。B组:父母Jurkat细胞和两个稳定转导的细胞系(J-LVX和J-ASTmut)感染了等量的HIV-1IIIB类棘球接种(m.o.i.01),在完全培养基中培养。在培养物中通过HIV-1p24-ELISA在10天内评估病毒复制。图表报告了从三个重复样品计算的平均值和标准偏差。
图4
图4
ASP RNA的表达抑制HIV-1潜伏期的再激活。潜伏感染的Jurkat E4细胞被一种基于pLVX的慢病毒稳定转导,该慢病毒驱动CMV启动子依赖的ASP转录序列的表达停止ORF(JE4-ASTmut)的密码子3、7和10。作为对照,我们用空慢病毒(JE4-LVX)稳定转导了Jurkat E4细胞系。A组:Jurkat E4、JE4-ASTmut和JE4-LVX细胞中ASP RNA表达的定量。使用来自三个细胞系的等量总RNA,通过图1所示的链特异性RT-qPCR分析来测量ASP RNA的表达。B组:暴露于不断增加的TNFα(0、0.01、0.1和1.0 ng/ml)24小时后,亲代Jurkat E4、JE4-LVX和JE4-ASTmut细胞中HIV-1重新激活(通过GFP表达测量)。图中显示了三个独立实验的结果,并报告了平均值和标准差。图C:图B中三个实验之一的流式细胞术图。图D:暴露于增加量的SAHA(0、0.01、0.1和1.0μM)24小时的亲本Jurkat E4、JE4-LVX和JE4-ASTmut细胞中的HIV-1再激活(通过GFP表达测量)。我们进行了三个独立实验,图中显示了三个实验之一的流式细胞仪图。
图5
图5
ASP RNA的表达促进HIV-1潜伏期的建立。父母Jurkat E4、JE4-LVX和JE4-ASTmut细胞用10 ng/ml TNFα处理24 h,以重新激活潜伏期的HIV-1。然后用流式细胞术跟踪48小时恢复潜伏期的动力学。A组:在第0时间和之后每隔12小时采集细胞,通过流式细胞术评估GFP+细胞的百分比来测量HIV-1的潜伏期恢复。图中显示了三个独立实验的结果,并报告了平均值和标准偏差。B组:A组中三个实验之一的流式细胞仪图。
图6
图6
HIV-1 ASP转录物在转录水平抑制HIV-1表达。ChIP分析测量SAHA治疗前后Jurkat E4、JE4-LVX和JE4-ASTmut中HIV-1启动子(A组)、Nuc-1(B组)和HIV-1 gag基因(C组)RNA Pol II的存在。图表报告了从三个重复样品计算的平均值和标准偏差。
图7
图7
表达HIV-1 ASP RNA的细胞不会对EZH2抑制剂重新激活潜伏的HIV-1。EZH2抑制剂对Jurkat E4、JE4-LVX和JE4-ASTmut细胞中潜伏HIV-1再激活的影响。A组:增加EZH2抑制剂EPZ-6438(2.5、7.5和15μM)的剂量处理细胞4天,然后测定GFP阳性细胞的百分比,以衡量病毒的重新激活。图表显示了三个独立实验的结果,并报告了平均值和SD值。B组:A组中三个实验之一的流式细胞术图。C组:流式细胞仪图,显示对另外两种EZH2抑制剂CPI-169和EI1的反应。
图8
图8
HIV-1 ASP RNA通过将PRC2招募到5′LTR来促进HIV-1潜伏期,从而在Nuc-1产生抑制性表观遗传标记。在用EZH2特异性抑制剂EPZ-6438处理前后,评估组蛋白赖氨酸甲基转移酶EZH2(图A)和组蛋白H3与三甲基化赖氨酸27(H3K27me3;图B)在Jurkat E4、JE4-LVX和JE4-ASTmut中Nuc-1的存在的ChIP测定。图表报告了从三个重复样品计算的平均值和标准偏差。
图9
图9
HIV-1 ASP转录物与多囊抑制复合物2(PRC2)的两个成员EZH2和SUZ12特异性相互作用。用H9/IIIB细胞和针对两个PRC2成员(EZH2和SUZ12)的抗体或对照IgG进行RNA免疫沉淀分析(RIP)。用RT-qPCR分析洗脱的RNA,以测量ASP RNA的存在(通过图1所示的链特异性分析),细胞lncRNAHOTAIR公司和阴性对照U1 snRNA。图表报告了三个重复样品的平均值和标准偏差。

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