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.2016年7月18日；11（7）：e0159370。
doi:10.1371/journal.pone.0159370。 电子收集2016。

染色质重塑蛋白hINO80与DNA的相互作用

什维塔·门迪拉塔 1, 希普拉·巴蒂亚 1, Shruti Jain公司 1, 塔尼亚·科尔 1, 瓦尼·布拉马查里 1
附属公司

染色质重塑蛋白hINO80与DNA的相互作用

什维塔·门迪拉塔等。 公共科学图书馆一号. .

摘要

INO80亚家族中一个高度保守的DNA结合域的存在预示着INO80直接与DNA相互作用，我们在体外证明了其DNA结合活性。在这里，我们报告了通过SELEX方法识别的DBINO域识别的共有基序，并证明了INO80与共有基模的特定相互作用。我们发现INO80通过其结合基序显著下调报告基因的表达，并且这种抑制依赖于细胞中INO80的存在，而不是YY1的存在。如果共识基序中的特定残基发生改变，则相互作用将丢失。我们通过电子分析确定了人类基因组中INO80的大量潜在靶点，这些靶点可分为三类；包含INO80和YY1的识别序列、仅YY1和仅INO80的位点。我们证明了INO80与HEK细胞中一组代表性位点的结合以及围绕结合基序的相关抑制性组蛋白修饰。鉴于INO80在果蝇同源基因调控中的作用，它是一种三聚体和多聚体蛋白（ETP）的增强剂，可以改变多聚体等抑制复合物以及三聚体等激活复合物的作用，INO80是否可以作为染色质修饰复合物的招募剂尚待观察。

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利益冲突声明

竞争利益：提交人声明，不存在相互竞争的利益。

数字

图1
图1。基于MEME的INO80结合基序预测。
（A） DBINO相互作用后丰富序列的MEME输出快照，（B）MEME生成的假定INO80基序的位置权重矩阵。
图2
图2。INO80与SELEX基序的相互作用。
（A） GST-DBINO与DNA的相互作用。（B） EMSA用HEK293T细胞核提取物寡核苷酸摩尔比的优化。
图3
图3。INO80结合基序与HEK 293T细胞核提取物的相互作用。
在所有实验中，使用Cy3标记的特异性寡核苷酸以1:5的比例进行EMSA的结果。如车道顶部所示，未标记的竞争寡聚物（特异性（A）和非特异性（B）在不同的摩尔比下变化。箭头表示三个延迟的寡核苷酸。
图4
图4。INO80相互作用的特异性。
（A） 与未转染和对照siRNA（sc-37007）转染细胞相比，INO80结合基序与来自siRNA-INO80转染细胞（Sigma-EHU069661）的核提取物的相互作用。（B） 添加抗INO80抗体后，INO80结合寡核苷酸的超移位。箭头表示三个延迟的寡核苷酸，而箭头表示添加抗体后形成的较重的复合物。
图5
图5。与突变寡核苷酸竞争的EMSA。
（A） 分析中使用的突变寡聚物列表，（B）以指定比率与突变寡聚物竞争的EMSA结果，（C）B中所示凝胶的密度扫描。（B）中所示通道中带（箭头所示）的强度值，归一化为通道2中相同位置的带，绘制在Y轴上。如B所示，每个竞争寡核苷酸使用了三种不同的比率，所使用的突变序列在柱状图下面提到。
图6
图6。INO80结合对HEK293T细胞荧光素酶报告基因表达的影响。
（A） 萤光素酶报告基因测定中使用的构建体的示意图。结构包括：；不含INO80结合位点的pGL3启动子载体、INO80连接基序克隆在荧光素酶报告基因启动子上游的pGL3INO80 BS-Up（BS-Up）和结合基序克隆到poly（A）信号下游的pGL3+INO80BS-Dn（BS-Dn）。（B） 在正常和敲低hINO80条件下，INO80结合对HEK293T细胞报告基因表达的影响。报告表达表示为相对于pGL3载体表达的折叠变化。萤火虫荧光素酶计数与肾盂荧光素酶计数标准化。（C） 击倒中国会员对记者表达的影响。在经siRNA-YY1、siRNA-EED和siRNA-SUZ12处理的细胞中转染构建物pGL3、pGL3-BS-up和pGL3-BS-Dn。（D） 突变寡核苷酸对报告基因表达的影响（图5A）。误差条表示标准偏差（*p值<0.05和**p<0.001）。
图7
图7。体内INO80对预测基因靶点的相互作用。
（A） HOXC11基因上游2Kb区域的折线图显示为ChIP分析的区域示例。填充的矩形表示INO80结合基序，并标记引物（箭头）的位置。（B） 人类基因组上指示基因的ChIP-PCR结果。在HEK293T细胞中使用INO80抗体检测这些基因上游序列中INO80蛋白的相互作用。IgG抗体作为ChIP实验的阴性对照。阴性（-ve）和阳性（+ve）表示PCR对照。输入20%的超声染色质。（C） 在HEK293T细胞中进行ChIP分析后，对假定的INO80靶点进行定量PCR。Y轴以观察到的输入百分比显示浓缩。NAT2和PSEN缺乏INO80结合基序。（*p值<0.05，**p值<0.001双尾学生t检验）
图8
图8。体内INO80在其靶基因上游区域的定位。
显示了来自ChIP的数据，以及HOXB13（A和B）和HOXD4（C和D）的qPCR。A&C线图表示ChIP DNA的qPCR分析的上游区域，分别为HoxB13和HoxD4的17号和2号染色体上的粗黑线映射以及基因组位置，弯曲箭头指示基因的转录方向，未填充的框是上游区域中存在的hINO80结合基序。HB1-HB5和HD1-5是使用列出的引物（S2B表）分别覆盖HoxB13和HoxD4的884bp和888bp上游区域的扩增子。B&D显示每个区域HB1-HB5（B）和HD1-HD3（C）的富集度为输入百分比，（与每个引物集的IgG相比，*p值<0.05和**p<0.001）。
图9
图9。INO80和组蛋白标记在上游区域的定位。
显示了HOXC11（A&B）和PAX7（C&D）的ChIP和qPCR数据。A&C线图显示了通过qPCR分别在染色体12和1上定位ChIP DNA（粗黑线）分析的上游区域HOXC11型和PAX7以及基因组位置；弯曲的箭头表示基因的转录方向，未填充的框是存在于上游区域的hINO80结合基序。HC1-HC6和PX1-8是使用列出的引物分别覆盖HOXC11和PAX7 1137bp和1403bp上游区域的扩增子（S2B表）。B&D显示INO80的每个区域HC1-HB6（B）和PX1-PX8（C）以及H3K9me3和K3K27me3标记的富集度，以输入百分比表示，如插图所示（*p值<0.05，**p<0.001，与每个引物组的IgG相比）。
图10
图10。INO80与其靶点相互作用的模型。
YY1和INO80的装订图案显示为矩形框+1和箭头表示转录起始位置和转录方向，A-已知的参与染色质重塑的hINO80-YY1复合物[11,36]。B-代表INO80在其调节的基因上游区域相互作用的四种可能情况；B1-是YY1招募的综合体，INO80可能是其中的合作伙伴；B2和B2*-代表YY1和INO80结合基序都存在于附近的基因组区域，招募可能通过它们中的任何一个进行，并且两个不同的复合物可能在同一基因组区域相互作用；B3-表示仅存在INO80结合基序的区域。
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引用人

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    Oberbeckmann E、Krietenstein N、Niebauer V、Wang Y、Schall K、Moldt M、Straub T、Rohs R、Hopfner KP、Korber P、Eustermann S。 Oberbeckmann E等人。 国家公社。2021年5月28日；12(1):3231. doi:10.1038/s41467-021-23016-z。 国家公社。2021 PMID：34050142 免费PMC文章。
  • AtINO80通过调节核小体密度和H2A抑制光形态发生。光相关基因中的Z掺入。
    杨C，尹L，谢F，马M，黄S，曾Y，沈WH，董A，李L。 Yang C等人。 美国国家科学院院刊2020年12月29日；117(52):33679-33688. doi:10.1073/pnas.2001976117。Epub 2020年12月14日。 美国国家科学院院刊2020。 PMID：33318175 免费PMC文章。
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    表AA，Alkhateeb A，Pham HQ，Rueda L，ElMaraghy W，Ngom A。 表AA等。 进化生物信息在线。2018年8月10日；14:1176934318790266. doi:10.1177/1176934318790266。2018年eCollection。 进化生物信息在线。2018 PMID：30116102 免费PMC文章。 审查。

工具书类

    1. Morrison AJ，Shen X.染色质转录外重塑：INO80和SWR1复合物。Nat Rev Mol细胞生物学。2009;10: 373–84. 10.1038/编号2693-内政部-项目管理咨询公司-公共医学
    1. Luo RX，院长DC。综述：染色质重塑和转录调控。国家癌症研究所杂志，1999年；91: 1288–94.-公共医学
    1. Wolffe AP，Guschin D.评论：调节转录的染色质结构特征和靶点。结构生物学杂志。2000;第129页：102–22页。-公共医学
    1. Eisen JA，Sweder KS，Hanawalt PC。SNF2蛋白质家族的进化：具有不同序列和功能的亚家族。核酸研究1995；23: 2715–23.-项目管理咨询公司-公共医学
    1. Flaus A，Martin DM，Barton GJ，Owen-Hughes T.具有保守结构基序的多个不同Snf2亚家族的鉴定。2006年《核酸研究》；34: 2887–905.-项目管理咨询公司-公共医学

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