Dataset of transcriptional landscape of B cell early activation

doi:10.1016/j.gdata.2015.06.007

.2015年6月12:5:238-40。

doi:10.1016/j.gdata.2015.06.007。 eCollection 2015年9月。

B细胞早期激活的转录景观数据集

亚历山大·加鲁斯¹, 特伦特·福勒²

附属公司

¹美国马萨诸塞州波士顿哈佛大学怀斯生物启发工程研究所；哈佛医学院遗传学系，美国马萨诸塞州波士顿02115。
²美国马萨诸塞州波士顿哈里森大道150号塔夫茨大学医学院萨克勒生物医学学院发育、化学和分子生物学系，邮编02111。

PMID： 26484262
预防性维修识别码：项目经理4583667
内政部： 2016年10月10日/j.gdata.2015.06.007

B细胞早期激活的转录景观数据集

亚历山大·加鲁斯等。基因组数据. 2015.

.2015年6月12:5:238-40。

doi:10.1016/j.gdata.2015.06.007。电子采集2015年9月。

作者

亚历山大·S·加洛斯¹, 特伦特·福勒²

附属公司

¹美国马萨诸塞州波士顿哈佛大学怀斯生物启发工程研究所；哈佛医学院遗传学系，美国马萨诸塞州波士顿02115。
²美国马萨诸塞州波士顿哈里森大道150号塔夫茨大学医学院萨克勒生物医学学院发育、化学和分子生物学系，邮编02111。

PMID： 26484262
预防性维修识别码：项目经理4583667
内政部： 2016年10月10日/j.gdata.2015.06.007

摘要

通过B细胞受体（BCR）和Toll-like受体（TLR）的信号传递导致B细胞活化，产生不同的生理结果，但驱动活化和区分这些途径的转录调控机制尚不清楚。在BCR和TLR配体暴露0.5和2小时后的早期时间点，进行RNA-seq，以便观察快速转录变化。在2小时时，进行ChIP-seq以观察可能驱动转录变化的重要调控机制。该数据集包括RNA-seq、对照（输入）的ChIP-seq、RNA Pol II、H3K4me3、H3K27me3和miRNA表达的单独RNA-seqs，可在基因表达综合数据集GSE61608中找到。在这里，我们提供了用于获取和分析该数据集以及检查B细胞早期激活的转录景观的实验和分析方法的详细信息。

关键词：激活；B细胞；景观；转录。

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[1] Fowler T.、Garruss A.S.、Ghosh A.、De S.、Becker K.G.、Wood W.H.在B细胞激活早期出现转录景观差异。表观遗传学染色质。2015;8:20. （2015年5月20日电子出版）-项目管理咨询公司-公共医学

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