The transcriptome and miRNome profiling of glioblastoma tissues and peritumoral regions highlights molecular pathways shared by tumors and surrounding areas and reveals differences between short-term and long-term survivors

doi:10.18632/oncotarget.4151

.2015年9月8日；6(26):22526-52.

doi:10.18632/目标4151。

胶质母细胞瘤组织和瘤周区域的转录组和miRNome分析突出了肿瘤和周围区域共享的分子通路，并揭示了短期和长期幸存者之间的差异

附属机构

¹意大利罗马Tor Vergata罗马大学生物医学与预防系。
²CNR，细胞生物学和神经生物学研究所，意大利罗马。
^三意大利米兰莱纳特Genomnia srl。
⁴意大利罗马“La Sapienza”罗马大学物理系。
⁵美国马萨诸塞州波士顿Athinoula A.Martinos生物医学成像中心放射科。
⁶哈佛医学院，美国马萨诸塞州波士顿。
⁷意大利罗马天主教圣心大学神经外科研究所头颈部。
⁸神经外科，费拉拉大学医院S.Anna，Cona di Ferrara，费拉拉，意大利。
⁹意大利罗马天主教圣心大学“A.Gemelli”大学医院解剖病理研究所。

采购管理信息： 26188123
PMCID公司：项目经理4673180
内政部： 10.18632/目标4151

胶质母细胞瘤组织和肿瘤周围区域的转录组和miRNome图谱突出了肿瘤和周围区域共有的分子途径，并揭示了短期和长期幸存者之间的差异

芭芭拉·法兹等。 Oncotarget公司. 2015.

.2015年9月8日；6(26):22526-52.

doi:10.18632/目标4151。

附属机构

¹意大利罗马Tor Vergata罗马大学生物医学与预防系。
²CNR，细胞生物学和神经生物学研究所，意大利罗马。
^三意大利米兰莱纳特Genomnia srl。
⁴罗马大学物理系“La Sapienza”，意大利罗马。
⁵美国马萨诸塞州波士顿Athinoula A.Martinos生物医学成像中心放射科。
⁶哈佛医学院，美国马萨诸塞州波士顿。
⁷意大利罗马天主教圣心大学神经外科研究所头颈部。
⁸神经外科，费拉拉大学医院S.Anna，Cona di Ferrara，意大利费拉拉。
⁹意大利罗马天主教圣心大学“A.Gemelli”大学医院解剖病理研究所。

采购管理信息： 26188123
PMCID公司：项目经理4673180
内政部： 10.18632/目标4151

摘要

多形性胶质母细胞瘤（GBM）是最常见、最致命的原发性脑肿瘤，导致患者在诊断后15个月内死亡（短期存活者，ST），只有一小部分患者（长期存活者（LT））存活时间超过36个月。在此，我们提供了深度测序数据，显示瘤周（P）区域不同于健康的白质，但与各自坦白的肿瘤（C）样本共享一些代表细胞外基质重塑、TGFβ和信号转导的mRNA和microRNA，不同于肿瘤细胞但有助于肿瘤生长的细胞类型的参与，如小胶质细胞或反应性星形胶质细胞。此外，我们还提供了ST和LT样本中RNA差异表达的证据，表明TGF-β信号在这一区别中的作用。我们还发现，与LT肿瘤相比，C组和P组以及ST肿瘤中miR-376c-3p的编辑形式减少。总的来说，我们的研究为ST和LT肿瘤之间仍然令人费解的区别提供了新的见解，并为肿瘤周围区域所代表的“灰色”区域提供了新思路，我们表明，该区域的特征是与适当肿瘤块共有的几个分子的表达。

关键词：转化生长因子β；编辑；胶质母细胞瘤；微RNA；瘤周区域。

PubMed免责声明

数字

**图1。基于SAGE的每对LTC与LTP样本中差异表达的转录物分析**
热图显示了排名前50位的RNA分子，基于它们的“平均价值”。中间的面板显示了所有50个顶级RNA分子的平均价值；在左边的面板中，只显示了每个LTC与自身LTP中表达不足的RNA；在右边的面板中，只显示了在每个LTC中过度表达的RNAs与其自身的LTP。Log2更改的范围显示在每个面板右侧的垂直颜色条中，相应的数字写在每个面板的顶部。每个面板的右侧报告每个RNA的排名位置，其名称显示在面板的左侧。

**图2。基于SAGE的每对STC与STP样本中差异表达的转录物分析**
热图显示了排名前50位的RNA分子，基于它们的“平均价值”。中间的面板显示了所有50个顶级RNA分子，基于它们的平均优点；在左侧面板中，仅显示了每个STC与自身STP中表达不足的RNA；在右边的面板中，只显示了每个STC中过度表达的RNA与其自身STP中的RNA。Log2更改的范围显示在每个面板右侧的垂直颜色条中，相应的数字写在每个面板的顶部。每个面板的右侧报告每个RNA的排名位置，其名称显示在面板的左侧。

**图3。与健康对照组相比，C和P样本中mRNA过度表达的三种蛋白质的WB验证**
上部面板显示LT样本，而下部面板显示ST样本。ST样本中，ST2、ST4、ST5、ST8（左侧）与SAGE已分析的样本相同；ST1、ST3、ST6、ST7是额外的ST样本。

**图4。A.MicroRNA表达可以正确聚类GBM C和P样本**
miRNA表达数据的一致性非负矩阵因式分解聚类区分了两类：一类主要由P样本组成，包括健康对照（SB），另一类由C样本富集。B。选择一定数量的miRNAs可以清楚地将每个C样本与其自身的P区域区分开来。图中所示为配对比较P/C细胞类型中差异表达miRNA的折叠变化热图。每个框表示特定的C/P单元格类型比较，色标反映相对的Log2（折叠变化）（绿色表示C样本中过度表达，红色表示表达不足）。

**图5。7对C/P ST样品、3对C/P LT样品和一个健康白质样品（SB）中miR-376c-3p的编辑（绿色）与非编辑（紫色）变体的百分比分布**

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1. Ohgaki H、Dessen P、Jourde B、Horstmann S、Nishikawa T、Di Patre PL、Burkhard C、Schüler D、Probst-Hensch NM、Maiorka PC、Baeza N、Pisani P、Yonekawa Y等。胶质母细胞瘤的遗传途径：一项基于人群的研究。癌症研究2004；64:6892–6899.-公共医学
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1. Weller M、Felsberg J、Hartmann C、Berger H、Steinbach JP、Schramm J、Westphal M、Schackert G、Simon M、Tonn JC、Heese O、Krex D、Nikkhah G等。新诊断胶质母细胞瘤患者无进展生存和总生存的分子预测因子：德国胶质瘤网络的前瞻性翻译研究。临床癌症杂志。2009;27:5743–5750.-公共医学
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[2] Ohgaki H、Dessen P、Jourde B、Horstmann S、Nishikawa T、Di Patre PL、Burkhard C、Schüler D、Probst-Hensch NM、Maiorka PC、Baeza N、Pisani P、Yonekawa Y等。胶质母细胞瘤的遗传途径：一项基于人群的研究。癌症研究2004；64:6892–6899.-公共医学

[3] Smith JS、Jenkins RB。成人弥漫性胶质瘤的遗传改变：发生率、意义和预后意义。前面。Biosci公司。2000;5:D213–231。-公共医学

[4] Smith JS、Jenkins RB。成人弥漫性胶质瘤的遗传改变：发生率、意义和预后意义。前面。Biosci公司。2000;5:D213–231。-公共医学

[5] 伯顿EC、兰博恩KR、费尔斯坦BG、普拉多斯M、斯科特J、福赛斯P、帕斯S、詹金斯RB、阿尔达佩KD。通过比较基因组杂交确定的遗传畸变可区分胶质母细胞瘤的长期存活者和典型存活者。2002年癌症研究；62:6205–6210.-公共医学

[6] 伯顿EC、兰博恩KR、费尔斯坦BG、普拉多斯M、斯科特J、福赛斯P、帕斯S、詹金斯RB、阿尔达佩KD。通过比较基因组杂交确定的遗传畸变可区分胶质母细胞瘤的长期存活者和典型存活者。2002年癌症研究；62:6205–6210.-公共医学

[7] Weller M、Felsberg J、Hartmann C、Berger H、Steinbach JP、Schramm J、Westphal M、Schackert G、Simon M、Tonn JC、Heese O、Krex D、Nikkhah G等。新诊断胶质母细胞瘤患者无进展生存和总生存的分子预测因子：德国胶质瘤网络的前瞻性翻译研究。临床癌症杂志。2009;27:5743–5750.-公共医学

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[9] Shinawi T、Hill VK、Krex D、Schackert G、Gentle D、Morris MR、Wei W、Cruickshank G、Maher ER、Latif F。长期和短期胶质母细胞瘤幸存者的DNA甲基化谱。表观遗传学。2013;8:149–156.-项目管理咨询公司-公共医学

[10] Shinawi T、Hill VK、Krex D、Schackert G、Gentle D、Morris MR、Wei W、Cruickshank G、Maher ER、Latif F。长期和短期胶质母细胞瘤幸存者的DNA甲基化谱。表观遗传学。2013;8:149–156.-项目管理咨询公司-公共医学

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