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.2015年7月1日;43(W1):W65-71。
doi:10.1093/nar/gkv458。 Epub 2015年5月9日。

Pse-in-One:一个web服务器,用于生成DNA、RNA和蛋白质序列的各种伪成分模式

附属公司

Pse-in-One:一个web服务器,用于生成DNA、RNA和蛋白质序列的各种伪成分模式

刘斌(Bin Liu)等。 核酸研究. .

摘要

随着后基因组时代产生的生物序列雪崩,计算生物学中最具挑战性的问题之一是如何有效地制定生物样本(如DNA、RNA或蛋白质)的序列用一个离散模型或向量来有效地反映其序列模式信息或捕捉其相关的关键特征。尽管开发了几个web服务器和独立工具来解决这个问题,但所有这些工具只能处理一种类型的示例。此外,其内置属性的数量有限,因此用户通常很难根据其所需的特征或属性制定生物序列。在本文中,我们将使用大量内置属性,提出一种更加灵活的web服务器,称为Pse-In-One(http://bioinformatics.hitsz.edu.cn/Pse-in-One/)它可以通过28种不同的模式生成几乎所有可能的DNA、RNA和蛋白质序列特征载体。特别地,它还可以生成那些具有用户自己定义的属性的特征向量。这些特征向量可以很容易地与机器学习算法相结合,为生物信息学和系统生物学中的各种任务开发计算预测器和分析方法。预计Pse-in-One网络服务器将成为计算蛋白质组学、基因组学以及生物序列分析中非常有用的工具。此外,为了最大限度地方便用户,还可以从http://bioinformatics.hitsz.edu.cn/Pse-in-One/download/,并直接在Windows、Linux、Unix和Mac OS上运行。

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数字

图1。
图1。
示意图显示了等式(1)中DNA/RNA/蛋白质序列的顺序相关性()所有相邻残基之间的耦合(b条)第二相邻残基之间(c(c))在所有第三个最连续的残基和()所有第四个最相邻残基之间,其中Ξ(R(右),右j个)是一个耦合系数,介于th和j个th残基,这是用户根据其物理化学性质定义的函数。有关详细信息,请参见(10,27)。
图2。
图2。
显示Pse-in-One包含三个子服务器的半屏幕截图。它们是:()PseDAC总则(b条)PseRAC-概述和(c(c))PseAAC-概述。对于三个子服务器中的每一个子服务器,用户可以通过分别标记有(i)、(ii)、(iii)、(iv)和(v)的按钮来生成他们想要的特征向量。
图3。
图3。
显示Pse-in-One输出的半屏幕截图。它包含三个面板:()输入序列类型、所选特征向量模式、参数和合成特征向量的总结;(b条)用于可视化的热图,其水平轴和垂直轴分别用于特征向量的列索引和行索引;(c(c))为下游计算分析准备的输出示例。有关更多说明,请参阅主要文本。

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引用人

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