Modulation of Splicing by Single-Stranded Silencing RNAs

doi:10.1089/nat.2014.0527

.2015年6月；25(3):113-20.

doi:10.1089/nat/2014.0527。 Epub 2015年3月10日。

单链沉默RNA对剪接的调控

刘静^1 2, 胡嘉欣^1 2, 杰西卡·A·希克斯^1 2, 塔扎·普拉卡什^三, 大卫·R·科里^1 2

附属机构

¹1得克萨斯州达拉斯市得克萨斯大学西南医学中心药理学系。
²2德克萨斯大学西南医学中心生物化学系，位于德克萨斯州达拉斯市达拉斯。
^三3ISIS Pharmaceuticals，加利福尼亚州卡尔斯巴德。

采购管理信息： 25757055
PMCID公司：项目经理4440996
内政部： 10.1089/nat.2014.0527

单链沉默RNA对剪接的调控

刘静等。核酸疗法. 2015年6月.

.2015年6月；25(3):113-20.

doi:10.1089/nat.2014.0527。 Epub 2015年3月10日。

作者

刘静^1 2, 胡嘉欣^1 2, 杰西卡·希克斯^1 2, 塔扎·普拉卡什^三, 大卫·R·科里^1 2

附属机构

¹1得克萨斯州达拉斯市得克萨斯大学西南医学中心药理学系。
²2德克萨斯大学西南医学中心生物化学系，位于德克萨斯州达拉斯市达拉斯。
^三3ISIS Pharmaceuticals，加利福尼亚州卡尔斯巴德。

采购管理信息： 25757055
PMCID公司：项目经理4440996
内政部： 10.1089/nat.2014.0527

摘要

单链沉默RNA（ss-siRNAs）是化学修饰的单链寡核苷酸，可以通过细胞RNA干扰（RNAi）机制调节基因表达。因为它们是最近才发明的，所以很少有研究描述它们的用途，而ss-siRNAs作为控制基因表达平台的潜力在很大程度上仍然未知。使用寡核苷酸调节剪接是治疗发展的一个重要领域，我们测试了以剪接位点为靶点的ss-siRNAs也可能能够指导增加有治疗前景的蛋白质亚型的产生这一假设。在这里，我们观察到ss-siRNAs改变了肌营养不良蛋白的剪接。改变剪接需要与RNAi因子argonaute 2的目标和表达的种子序列互补。这些结果表明，ss-siRNAs可用于调节剪接，为旨在增加关键蛋白亚型产生的治疗性开发项目提供了另一种选择。剪接是一个经典的核过程，我们的数据表明，剪接可以通过RNA和RNAi因子的作用进行调节，这进一步证明了RNAi可以在哺乳动物细胞核中发生。

PubMed免责声明

数字

<b>图1</b> — **图1。**
单链沉默RNA（ss-siRNAs）的设计和靶向。**（A）**ss-siRNA 642661具有典型的化学修饰模式。序列中化学修饰的位置如下所示：2′-*O（运行）*-me（甲基）改性碱为背景*遮住的*; 2′-*O（运行）*-MOE（甲氧乙基）改性碱是*装箱的*; 2′-氟改性基底为*下划线的*; 不匹配的基数为*大胆的*和*斜体的*; 硫代磷酸（PS）键如所示下标(_秒). 末端胸腺嘧啶具有5′-磷酸。所有其他连接都是磷酸盐。**（B）**拼接示意图*肌营养不良蛋白*前mRNA以及RNA如何通过RNA干扰（RNAi）途径和精氨酸2（Ago2）对剪接进行修饰。

<b>图2</b> — **图2。**
ss-siRNA纠正患者源性成纤维细胞中Duchenne肌营养不良（DMD）的剪接。**（A）**聚合酶链反应（PCR）扩增，然后进行凝胶电泳，以在添加小RNA（50 nM）。**（B）**对PCR产物进行测序，以确认可视化产物是由于外显子51的跳过。使用患者来源的GM03429成纤维细胞。CM，阴性对照双链RNA；绿色荧光蛋白；Luc，荧光素酶；PTEN、磷酸酶和张力蛋白同源物；RM，阴性对照ss-siRNA。

<b>图3</b> — **图3。**
ss-siRNA对DMD剪接的校正具有序列特异性。**（A）**通过含有不匹配碱基的互补ss-siRNA和ss-siRNAs（50 nM）。**（B）**用ss-siRNA（50）校正肌营养不良蛋白剪接 nM）不会引起干扰素反应。用50 nM ss-siRNA.Poly I:C是一种阳性对照核酸，已知可刺激干扰素反应。使用患者来源的GM03429成纤维细胞。干扰素诱导的跨膜蛋白1；ISGF3g，干扰素刺激转录因子3γ；MX1，干扰素诱导的GTP结合蛋白MX1；NT，不使用RNA处理；OAS1/2，2'-5'-寡腺苷酸合成酶1/2。

<b>图4</b> — **图4。**
Ago2表达影响ss-siRNA对剪接的调节。**（A）**纯化的细胞细胞质或细胞核提取物显示细胞核中的Ago2。钙网蛋白是内质网的标记物。3-磷酸甘油醛脱氢酶（GAPDH）是细胞质的标记物。层蛋白A/C、RNA聚合酶2和组蛋白H3是核标记物。内质网。**（B）**使用抗Ago2 siRNA敲除DMD患者成纤维细胞GM03429中的Ago2 mRNA（50 nM）与非互补RNA双链CM治疗细胞的效果进行比较。**（C）**沉默Ago2对ss-siRNA（100）剪接调控的影响 nm）或反义寡核苷酸。使用患者来源的GM03429成纤维细胞。

请参阅PMC中的此图像和版权信息

类似文章

单链沉默RNA：命中率和化学修饰。
Pendergraff HM、Debacker AJ、Watts JK。 Pendergraff HM等人。核酸治疗。2016年8月；26(4):216-22. doi:10.1089/nat.2015.0557。Epub 2016年4月28日。核酸疗法。2016 采购管理信息：27123752
单一品牌的siRNAs激活动物体内的RNAi。
利马WF、Prakash TP、Murray HM、Kinberger GA、Li W、Chappell AE、Li CS、Murrey SF、Gaus H、Seth PP、Swayze EE、Crooke ST。利马WF等人。单元格。2012年8月31日；150(5):883-94. doi:10.1016/j.cell.2012.08.014。单元格。2012 采购管理信息：22939618
ss-siRNAs等位基因选择性抑制ataxin-3表达：替代基因沉默策略的多种机制。
Liu J、Yu D、Aiba Y、Pendergraff H、Swayze EE、Lima WF、Hu J、Prakash TP、Corey DR。 Liu J等人。《核酸研究》，2013年11月；41(20):9570-83. doi:10.1093/nar/gkt693。Epub 2013年8月9日。 2013年核酸研究。采购管理信息：23935115 免费PMC文章。
Argonaute和其他小RNA-silencing蛋白的导入途径和核功能。
Schraivogel D，Meister G。 Schraivogel D等人。生物化学科学趋势。2014年9月；39(9):420-31. doi:10.1016/j.tibs.2014.07.004。Epub 2014年8月14日。生物化学科学趋势。2014 采购管理信息：25131816 审查。
RNA干扰：沉默与人类疾病相关的剪接亚型的潜在治疗工具。
高尔RK。高勒RK。生物技术。2006年4月；补充：15-22。doi:10.2144/000112165。生物技术。2006 采购管理信息：16629383 审查。

查看所有类似文章

引用人

MicroRNA-Mediated Obstruction of Stem-loop Alternative Splicing（MIMOSAS）：一种调节选择性剪接的全球机制。
翟R、阮K、佩雷斯GF、库巴特M、刘J、霍夫克I、伍希蒂S。 Zhai R等人。 Res Sq[预打印]。2023年7月28日：rs.3.rs-2977025。doi:10.21203/rs.3.rs-2977025/v1。 Res Sq.2023号。采购管理信息：37546804 免费PMC文章。预打印。
核微RNA功能研究的最新进展。
胡X，尹G，张Y，朱L，黄H，吕K。胡旭等。前免疫。2023年2月22日；14:1097491. doi:10.3389/fimmu.2023.1097491。eCollection 2023年。前免疫。2023 采购管理信息：36911728 免费PMC文章。审查。
中性胞苷/阳离子脂质包裹的单链siRNA化学修饰的优化。
Li Z、Wang X、Zhou X、Wang J、Guan Z、Yang Z。 Li Z等。 Front Chem公司。2022年3月7日；10:843181. doi:10.3389/fchem.2022.843181。eCollection 2022年。 Front Chem公司。2022 采购管理信息：35345539 免费PMC文章。
支架蛋白TNRC6旁系同源物对基因表达和剪接的影响。
Johnson ST、Chu Y、Liu J、Corey博士。 Johnson ST等人。 RNA。2021年9月；27(9):1004-1016. doi:10.1261/rna.078709.121。Epub 2021年6月9日。 RNA。2021 采购管理信息：34108231 免费PMC文章。
MicroRNAs：多种作用机制及其作为癌症表观治疗的潜在应用。
萨达基尔斯卡-库迪A。萨达基尔斯卡-库迪A。生物分子。2020年9月7日；10(9):1285. doi:10.3390/biom10091285。生物分子。2020 采购管理信息：32906681 免费PMC文章。审查。

查看所有“被引用”文章

工具书类

1. Gagnon KT.和Corey DR.（2012年）。精氨酸和核RNA：RNA介导的基因表达控制的新途径。核酸疗法22:3–16-项目管理咨询公司-公共医学
1. 李立科（2014）。哺乳动物细胞中小RNA机制引起的染色质重塑。表观遗传学9:45–52-项目管理咨询公司-公共医学
1. 卡斯特尔东南部和马蒂安森RA。(2013). 核糖核酸干扰：小RNA在转录、表观遗传学及其他方面的作用。《Nat Rev Genet》14:100–112-项目管理咨询公司-公共医学
1. Schraivogel D.和Meister G.（2014）。argonaute和其他小分子RNA-silencing蛋白的导入途径和核功能。趋势生物化学科学39:420–431-公共医学
1. 怀特·E、沙克洛·M、卡米尼亚兹·格杜拉·K、新泽西州普劳德富特。和Gullerova M.（2014）。人类核骰子限制内源性双链RNA的有害积累。Nat Struc Mol Biol 21:552–559-项目管理咨询公司-公共医学

出版物类型

行动
行动

MeSH术语

行动
行动
行动
行动
行动

物质

行动

赠款和资金

LinkOut-更多资源

全文源
其他文献来源
- 镜片-专利引文
- scite智能引文

[1] Gagnon KT.和Corey DR.（2012年）。精氨酸和核RNA：RNA介导的基因表达控制的新途径。核酸疗法22:3–16-项目管理咨询公司-公共医学

[2] Gagnon KT.和Corey DR.（2012年）。精氨酸和核RNA：RNA介导的基因表达控制的新途径。核酸疗法22:3–16-项目管理咨询公司-公共医学

[3] 李立科（2014）。哺乳动物细胞中小RNA机制引起的染色质重塑。表观遗传学9:45–52-项目管理咨询公司-公共医学

[4] 李立科（2014）。哺乳动物细胞中小RNA机制引起的染色质重塑。表观遗传学9:45–52-项目管理咨询公司-公共医学

[5] 卡斯特尔东南部和马蒂安森RA。(2013). 核糖核酸干扰：小RNA在转录、表观遗传学及其他方面的作用。《Nat Rev Genet》14:100–112-项目管理咨询公司-公共医学

[6] 卡斯特尔东南部和马蒂安森RA。(2013). 核糖核酸干扰：小RNA在转录、表观遗传学及其他方面的作用。《Nat Rev Genet》14:100–112-项目管理咨询公司-公共医学

[7] Schraivogel D.和Meister G.（2014）。argonaute和其他小分子RNA-silencing蛋白的导入途径和核功能。趋势生物化学科学39:420–431-公共医学

[8] Schraivogel D.和Meister G.（2014）。argonaute和其他小分子RNA-silencing蛋白的导入途径和核功能。趋势生物化学科学39:420–431-公共医学

[9] 怀特·E、沙克洛·M、卡米尼亚兹·格杜拉·K、新泽西州普劳德富特。和Gullerova M.（2014）。人类核骰子限制内源性双链RNA的有害积累。Nat Struc Mol Biol 21:552–559-项目管理咨询公司-公共医学

[10] 怀特·E、沙克洛·M、卡米尼亚兹·格杜拉·K、新泽西州普劳德富特。和Gullerova M.（2014）。人类核骰子限制内源性双链RNA的有害积累。Nat Struc Mol Biol 21:552–559-项目管理咨询公司-公共医学

将引文保存到文件

电子邮件引文

添加到集合

添加到我的书目

您保存的搜索

为外部引文管理软件创建文件

您的RSS源

单链沉默RNA对剪接的调控

附属机构

单链沉默RNA对剪接的调控

作者

附属机构

摘要

数字

类似文章

引用人

工具书类

出版物类型

MeSH术语

物质

赠款和资金

LinkOut-更多资源

全文源

其他文献来源

摘要

数字

类似文章

引用人

工具书类

出版物类型

MeSH术语

物质

相关信息

赠款和资金

LinkOut-更多资源

全文源

其他文献来源