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.2015年1月；43（数据库问题）：D250-6。
doi:10.1093/nar/gku1220。 Epub 2014年11月26日。

OrthoDB v8：更新Ortholog层次目录和底层自由软件

Evgenia V Kriventseva公司 1, 弗雷德里克·特根费尔特 2, 汤姆·J·佩蒂 2, 罗伯特·M·沃特豪斯 2, 费利佩·阿西芒 2, 伊戈尔·波兹德尼亚科夫 2, Ioannidis泛球菌 2, 叶夫根尼·M·兹多布诺夫 三
附属公司

OrthoDB v8：更新Ortholog层次目录和底层自由软件

叶甫根尼娅·克里文采娃等。 核酸研究. 2015年1月.

摘要

正畸学是进化比较研究的基石，它精炼了同源性的概念。随着基因组数据的不断增加，正畸学的推断已成为生成对许多研究至关重要的基因功能假说的工具。正交数据库层次目录的此次更新(网址：http://www.orthodb.org)涵盖3027个完整基因组，包括最全面的87种节肢动物、61种脊椎动物、227种真菌和2627种细菌（从11000多个可用基因组中抽取最完整和最具代表性的基因组）。除了UniProt、InterPro、GO、OMIM、模型生物表型和COG功能类别的功能注释的最广泛集成外，OrthoDB还独特地提供了进化注释，包括直系序列差异率、拷贝数分布、兄弟姐妹群和基因结构。我们重新设计了OrthoDB网站的整体，从底层技术到用户界面，使用户能够指定感兴趣的物种，并通过NCBI分类法选择相关的正形水平。文本搜索允许使用带有基因、蛋白质、域、本体或注释关键字和短语的各种标识符的复杂逻辑。还可以查询基因拷贝数档案。此版本附带了免费的底层正交集群管道(http://www.orthodb.org/软件).

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数字

图1。
图1。
OrthoDB web用户界面。以正交组为中心的结果面板位于左侧，而查询构建面板位于右侧。
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