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.2015年1月;43(数据库问题):D222-6。
doi:10.1093/nar/gku1221。 Epub 2014年11月20日。

CDD:NCBI的保守域数据库

附属公司

CDD:NCBI的保守域数据库

阿伦·马什勒·鲍尔等。 核酸研究. 2015年1月.

摘要

NCBI的CDD,即保守域数据库,作为一种公共资源进入其第15(th)年,用于注释具有保守域足迹位置的蛋白质。展望未来,我们努力提高CDD提供的领域注释的覆盖率和一致性。我们维护一个实时搜索系统以及NCBI的Entrez蛋白质数据库中跟踪的序列的预计算域注释存档,可以检索单个序列或批量序列。我们还维护导入程序,以便CDD包含公共领域中可用的多个集合提供的域模型和域定义,以及由内部管理工作生成的那些集合。策展工作旨在增加覆盖面并提供常见蛋白质结构域的细粒度分类,为此提供了丰富的功能和结构数据。CDD管理生成代表性序列片段的对齐模型,该模型与蛋白质3D结构中观察到的域边界一致,并对结构域家族的结构保守核心进行建模,并注释保守特征。客户尽职调查可在http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cdd.shtml。

PubMed免责声明

数字

图1。
图1。
CD-Search报告了一个“被拯救”的域注释,该注释得分为E类-值高于默认报告阈值0.01。查询序列的实时搜索,源自PDB结构2WOZ。
图2。
图2。
SwissProt Q6XUD6的CD-Search结果,放大到“残留水平”显示,以便明确领域边界和功能站点的精确位置。粗体突出显示的查询序列残基已被鉴定为功能位点的一部分(例如映射到R118和D151的“催化位点”,加上本例中未显示的其他残基)。结构图案如双头箭头所示。

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引用人

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