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.2013年11月21日;8(11):e81696。
doi:10.1371/journal.pone.0081696。 2013年电子收集。

SDS-PAGE分离蛋白质的改良考马斯蓝快速染色方法

附属机构

SDS-PAGE分离蛋白质的改良考马斯蓝快速染色方法

帕维尔·马耶克等。 公共科学图书馆一号. .

摘要

由于引入了基于沸点温度下考马斯蓝染色溶液染色的快速染色方案,使用考马斯兰染料可视化蛋白质所需的时间大大缩短。然而,快速染色受到高凝胶背景的影响,降低了信噪比,并限制了2D SDS-PAGE中可检测斑点的数量。这项工作的目的是消除高凝胶背景,从而改进基于考马斯蓝染料的快速染色方案。我们的研究表明,仅在沸点下用4mM EDTA洗涤液替换水,就可以在50到60分钟内得到透明的凝胶背景。此外,当使用咪唑锌反向染色和考马斯蓝快速染色相结合时,灵敏度显著提高;1D-SDS-PAGE可以检测到纳克数量的蛋白质,而2D-SDS-PAGE可以检测到血浆、血小板和大鼠脑组织样本中大约30%到60%的斑点。这项工作代表了一种优化的快速染色方案,具有更高的灵敏度,需要60-75分钟才能完成蛋白质可视化。

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利益冲突声明

竞争利益:提交人声明,不存在相互竞争的利益。

数字

图1
图1。比较不同方案对凝胶背景脱染和BSA条带检测的影响。
比较了不同方案对凝胶背景去染色的影响:根据Dong对凝胶进行染色根据原始方案(A),在沸水中去污6次,持续1分钟;根据董的说法,凝胶被染色并在沸水(B)中进行1小时的脱脂;根据董的说法,凝胶被染色.并在沸腾的EDTA溶液(C)中脱色1小时;根据我们提出的新方案,使用咪唑锌反向染色法对凝胶进行染色,然后使用快速CBS,并在沸腾的EDTA溶液(D)中去除1小时。比较所有测试方案(E)的凝胶背景强度,结果表示为三个独立实验的平均值±标准偏差;a、 b、c和d分别对应于上述协议a、b、c和d。为了估计根据方案A(蓝色)、B(红色)、C(绿色)和D(紫色)染色的凝胶中BSA条带的检测差异,测量了相应的条带面积(F);插图显示了5-8号车道的更多详细说明。结果表示为三个独立实验的平均值±标准偏差。将两倍连续稀释的BSA样品用于1D SDS-PAGE,分别对应于1000、500、250、125、62.5、31.25、15.6和7.8 ng/车道1-8。
图2
图2。温度对凝胶脱色的影响。
凝胶用沸腾EDTA脱色溶液脱色1小时(1);在沸腾的EDTA溶液中组合六次洗涤1分钟,然后使用1小时的室温EDTA洗涤液(2);室温EDTA洗涤溶液1小时(3)或过夜(4);在沸腾的EDTA溶液中进行6次洗涤,洗涤时间为1分钟,然后在室温下洗涤6小时(5)。采用适当程序脱色后的凝胶背景图如所示(A)。使用ImageJ软件(B)估算出了使用适当程序去污的凝胶的平均面积强度值及其标准偏差。
图3
图3。EDTA浓度对凝胶脱色的影响。
图中显示了使用不同EDTA浓度(分别为0、0.5、1、2、4、8、16、32和40 mM EDTA溶液)培养1小时后的凝胶背景图(A)。使用ImageJ软件(B)估算出了用相应EDTA浓度脱色的凝胶的平均面积强度值及其标准偏差。
图4
图4。血小板、未填充血浆和大鼠脑组织样本的2D SDS-PAGE。
使用2D SDS-PAGE分析的血小板、未填充血浆和大鼠脑组织样本,说明了适当方案对凝胶背景去除和斑点检测的影响。凝胶按照最初的Dong(方案A)和最终的(方案D)方案进行处理。放大后的插图从Progenesis SameSpots软件中导出(插图的亮度和对比度由软件调整),并与凝胶中突出显示的灰色区域相对应。在根据最终方案D染色的凝胶中检测到的斑点仅用圆圈或箭头表示。
图5
图5。细菌的比较(大肠杆菌)蛋白质染色。
全细胞裂解物(大肠杆菌)用1D SDS-PAGE分离凝胶,并根据最初的Dong方案(通道1)和我们提出的新方案,用咪唑锌反向染色,然后用快速CBS和EDTA脱色(通道2)对凝胶进行染色,以说明两种方案的效果。放大插图的亮度和对比度进行了调整,以获得更好的插图。
图6
图6。不同蛋白质组分的染色。
1D SDS-PAGE凝胶根据最初的Dong方案(第1道)和我们提出的新方案进行染色,采用咪唑锌反向染色,然后进行快速CBS和EDTA脱染(第2道),以说明两种方案的效果。为了比较不同的蛋白质类型,使用了四种不同的外周血单个核细胞蛋白质组分:胞浆(A)、核(B)、膜(C)和细胞骨架(D)蛋白质组分。放大插图的亮度和对比度进行了调整,以获得更好的插图。

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引用人

工具书类

    1. Westermier R(2006)聚丙烯酰胺凝胶考马斯蓝染色的灵敏、定量和快速修改。蛋白质组学6:61–64 10.1002/pmic.200690121-内政部-公共医学
    1. Smejkal GB(2004)《考马斯编年史:聚丙烯酰胺凝胶染色的过去、现在和未来展望》。蛋白质组学专家评论1:381–387 10.1586/14789450.1.4.381-内政部-公共医学
    1. Dong WH,Wang TY,Wang F,Zhang JH(2011)使用考马斯蓝进行十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳的蛋白质简单、省时染色。公共科学图书馆One 6:e22394 10.1371/journal.pone.0022394-内政部-项目管理咨询公司-公共医学
    1. Májek P,Riedelová-ReicheltováZ,Suttnar J,Dyr JE(2013)使用考马斯蓝进行2D SDS-PAGE蛋白质染色-速度与灵敏度?电泳34:1972–1975 10.1002/elps.21300087-内政部-公共医学
    1. ReicheltováZ,Májek P,Riedel T,Suttnar J,Dyr JE(2012)基于SDS-PAGE的蛋白质组研究中的简化血小板样品制备。蛋白质组学临床应用6:374–381 10.1002/proca.201100101-内政部-公共医学

出版物类型

MeSH术语

赠款和资金

本研究得到捷克科学基金会P205/12/G118和研究组织概念发展项目(捷克共和国卫生部)(血液学和输血研究所)的支持。资助者在研究设计、数据收集和分析、决定出版或编写手稿方面没有任何作用。