A functionally conserved Polycomb response element from mouse HoxD complex responds to heterochromatin factors

doi:10.1038/srep03011

.2013年10月22日:3:3011。

doi:10.1038/srep03011。

小鼠HoxD复合体中功能保守的Polycomb反应元件对异染色质因子的反应

达萨里·瓦桑蒂¹, 纳加布尚, 纳维尼特·考尔·马塔鲁, 拉克什·K·米什拉

附属公司

PMID： 24145990
预防性维修识别码：项目经理3804862
内政部： 10.1038/srep03011

小鼠HoxD复合体中功能保守的Polycomb反应元件对异染色质因子的反应

达萨里·瓦桑蒂等。科学代表. 2013.

.2013年10月22日:3:3011。

doi:10.1038/srep03011。

作者

达萨里·瓦桑蒂¹, 纳加布尚, 纳维尼特·考尔·马塔鲁, 拉克什·K·米什拉

附属

¹印度海得拉巴Uppal路科学和工业研究委员会细胞和分子生物学中心，邮编500007。

PMID： 24145990
预防性维修识别码：项目经理3804862
内政部： 10.1038/srep03011

摘要

在所有的双侧体中，前-后体轴是由按时空顺序激活的Hox基因簇决定的。Hox基因的这种表达模式是由涉及高阶染色质结构和Polycomb群（PcG）和三胸群（trxG）蛋白的调控机制建立和维持的。我们早些时候在小鼠HoxD复合体中发现了一个多梳反应元件（PRE），该元件在苍蝇中功能保守。我们以果蝇和脊椎动物细胞培养为模型系统，分析了小鼠PRE的分子和遗传相互作用。我们证明，该PRE的抑制活性依赖于PcG/trxG基因以及异染色质成分。我们的研究结果表明，多种因素与HoxD PRE相互作用，有助于在发育早期建立复合体中同源异型基因的表达模式，并在随后的阶段保持该模式。

PubMed免责声明

数字

**图1。小鼠阻遏因子在小鼠HoxD复合体中的位置以及研究中使用的pCaSpeR载体地图。**
（A） UCSC基因组浏览器的快照*Evx2型*基因转移到更上游的区域。阻遏物元件的位置以黑色显示，这表明与两者相比没有守恒性*Evx2型*-*Hoxd13型*边界区域或至HoxD杂岩的CR1、2、3。5 kb阻遏物元件分为三个重叠片段，称为I、II和III。片段III靠近*Evx2型*基因。GA重复用灰色条高亮显示。（B）所有三个片段和全长片段均在pCaSpeR结构中克隆迷你白色报告基因。所有片段的侧面都有loxp位点。切除后*Cre公司* *重组酶*，仅矢量存在一个*液氧磷*现场完好无损。

**图2。小鼠阻遏因子从转基因品系中倒出后的阻遏活性。**
代表性雄性转基因品系的眼睛颜色显示为同一年龄段的图像。每个方框的左眼代表转基因（P），向右代表FL、I、II和III片段的翻转版本（ΔP）。右侧的图表表示转基因纯合条件下雄性苍蝇的红色素值以及翻转版本。误差线表示三个独立实验的标准偏差。

**图3。小鼠阻遏因子抑制NIH3T3中的荧光素酶活性。**
A） NIH3T3细胞用不同的构建物横切，包括空载体和携带全长片段的构建物以及片段I、II和III。所用载体的地图如插图所示。所有转染均与βgal表达载体一起进行。小鼠片段的相对荧光素酶活性显示在y轴上。误差线表示三个独立实验的标准偏差。

**图4。PcG/trxG突变对小鼠PRE的影响。**
（A）图中显示了转基因杂合雄性苍蝇的红色素值以及PcG突变。（B）图中显示了转基因杂合雄性苍蝇的红色素值以及trxG突变。误差条表示三个独立值的标准偏差。

**图5。*Trl公司*在mPRE上用作激活器。**
的影响*Trl公司^13摄氏度*在杂合子条件下显示的片段中，转基因和*Trl公司^13摄氏度*纯合子背景突变。右侧的图表表示雄性苍蝇的红色素值，这些雄性苍蝇是转基因杂合的，并且*Trl公司^13摄氏度*纯合子背景中的突变分别表示为a和b。误差条表示三个独立值的标准偏差。

**图6。异染色质成分对小鼠PRE的影响。**
将杂合状态下FL、I、II和III片段的男性眼睛颜色与*苏（var）2-5¹，Su（变量）3-9⁶*，分别表示为a、b、c和d的P[Su（var）2-5]和P[Su（var）3-9]。代表性苍蝇在同一年龄被拍摄。右侧的图表表示转基因杂合雄性苍蝇的红色素值以及突变。误差条表示三个独立值的标准偏差。

**图7。多重突变对mPRE的累积影响。**
A）用（P）表示的FL片段杂合系与杂交后代（F）进行比较*苏（var）2-5¹*/带有P3.111/Cyo的Cyo；*Su（变量）3-9⁶*/TM2雄性。第3.111行，包含全长片段，在*苏（var）2-5¹*和*Su（变量）3-9⁶*突变。眼睛的颜色保持不变。B）的母体成分个人对于建立对mPRE的抑制是重要的。第3.111/Cyo行；*Su（变量）3-9⁶*/Tb雄性被杂交成*个人¹*/Tb、。P（P）/+*Su（变量）3-9⁶/个人¹*与P/+相比，眼睛颜色明显增加；*Su（变量）3-9⁶*/+或P/+线。C）代表性图像，显示两人眼睛颜色的累积增加*PcG公司*突变。3.111/青色；*个人¹*/Tb处女与男性杂交*磅/平方英寸¹*/塞浦路斯，P/*磅/平方英寸¹*;*个人¹*/+眼睛颜色大于P/*磅/平方英寸¹*这反过来又大于P/+线。

**图8。PC和GAF的结合情况以及转基因小鼠PRE位点的染色质修饰。**
（A） PC和GAF的绑定配置文件显示为输入百分比。所有引物对都来自该区域本身。引物对a位于片段I中，b位于片段II中，c位于片段III中。阴性对照引物对（n）来自内源性白色基因位点。浅灰色、深灰色和白色条分别表示GAF和PC占用率。IgG显示为白色条。（B）显示了抗H3K27me3、抗H3K9me3和抗H3K 4me2的ChIP实验。白色、浅灰色、深灰色和黑色条分别表示IgG、H3K27me3、H3K9me3和H3K4me2的结合。数据以平均值±标准误差表示，并由两个独立实验得出。*P<0.05（双尾学生t检验）。

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1. Lewis E.B.果蝇中控制分割的基因复合体。《自然》27656570（1978）。-公共医学
1. 脊椎动物发育中的Krumlauf R.Hox基因。手机78、191–201、10.1016/0092-8674（94）90290-9（1994）。-公共医学
1. Dolle P.和Duboule D.小鼠HOX-5复合体的两个基因成员在发育中的肢体和性腺中表现出区域和细胞型特异性表达。EMBO J 81507-1515（1989）。-项目管理咨询公司-公共医学
1. McGinnis W.、Levine M.S.、Hafen E.、Kuroiwa A.和Gehring W.J.果蝇触角类和双翅类复合体同源基因中的保守DNA序列。《自然》308，428–433，10.1038/308428a0（1984）。-公共医学
1. McGinnis W.、Hart C.P.、Gehring W.J.和Ruddle F.H.果蝇同源基因小鼠DNA序列的分子克隆和染色体定位。手机38，675–680，10.1016/0092-8674（84）90262-9（1984）。-公共医学

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[1] Lewis E.B.果蝇中控制分割的基因复合体。《自然》27656570（1978）。-公共医学

[2] Lewis E.B.果蝇中控制分割的基因复合体。《自然》27656570（1978）。-公共医学

[3] 脊椎动物发育中的Krumlauf R.Hox基因。手机78、191–201、10.1016/0092-8674（94）90290-9（1994）。-公共医学

[4] 脊椎动物发育中的Krumlauf R.Hox基因。手机78、191–201、10.1016/0092-8674（94）90290-9（1994）。-公共医学

[5] Dolle P.和Duboule D.小鼠HOX-5复合体的两个基因成员在发育中的肢体和性腺中表现出区域和细胞型特异性表达。EMBO J 81507-1515（1989）。-项目管理咨询公司-公共医学

[6] Dolle P.和Duboule D.小鼠HOX-5复合体的两个基因成员在发育中的肢体和性腺中表现出区域和细胞型特异性表达。EMBO J 81507-1515（1989）。-项目管理咨询公司-公共医学

[7] McGinnis W.、Levine M.S.、Hafen E.、Kuroiwa A.和Gehring W.J.果蝇触角类和双翅类复合体同源基因中的保守DNA序列。《自然》308，428–433，10.1038/308428a0（1984）。-公共医学

[8] McGinnis W.、Levine M.S.、Hafen E.、Kuroiwa A.和Gehring W.J.果蝇触角类和双翅类复合体同源基因中的保守DNA序列。《自然》308，428–433，10.1038/308428a0（1984）。-公共医学

[9] McGinnis W.、Hart C.P.、Gehring W.J.和Ruddle F.H.果蝇同源基因小鼠DNA序列的分子克隆和染色体定位。手机38，675–680，10.1016/0092-8674（84）90262-9（1984）。-公共医学

[10] McGinnis W.、Hart C.P.、Gehring W.J.和Ruddle F.H.果蝇同源基因小鼠DNA序列的分子克隆和染色体定位。手机38，675–680，10.1016/0092-8674（84）90262-9（1984）。-公共医学

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