跳到主页内容
美国国旗

美国政府的官方网站

Dot政府

gov意味着它是官方的。
联邦政府网站通常以.gov或.mil结尾。之前分享敏感信息，确保你在联邦政府政府网站。

Https系统

该站点是安全的。
这个https（https）：//确保您连接到官方网站，并且您提供的任何信息都是加密的并安全传输。

访问密钥 NCBI主页 MyNCBI主页 主要内容 主导航
.2012年7月；56(1):108-17.
doi:10.1002/hep.25609。 Epub 2012年4月24日。

肝法尼糖样X受体结合位点的基因组分析揭示了肥胖时结合的改变和小鼠法尼糖样X受体的直接基因抑制

Jiyoung Lee（李继英） 1, Sunmi Seok先生, 余鹏飞, Kyungsu Kim（金京洙）, 扎卡里·史密斯, 马塞洛·里瓦斯·阿斯特罗扎, 盛中, 琼索克·金·坎佩尔
附属公司

对小鼠肝脏法尼体X受体结合位点的基因组分析揭示了肥胖中的结合改变和法尼体X受体对基因的直接抑制

Jiyoung Lee（李继英）等。 肝病学. 2012年7月.

摘要

核胆汁酸受体（farnesoid X receptor，FXR）是肝脏代谢的重要转录调控因子。尽管最近在了解其功能方面取得了进展，但FXR如何调节基因组靶点，以及FXR的转录调控在肥胖中是否发生改变，仍基本未知。在这里，我们通过染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）分析分析了健康和饮食性肥胖小鼠FXR的肝脏全基因组结合位点。用合成FXR激动剂GW4064短时间治疗1小时后，在健康和肥胖小鼠的肝脏中分别鉴定出15263和5272个FXR结合位点。在这些位点中，7440和2344在健康和肥胖小鼠中被唯一检测到。FXR结合位点在两组中主要定位于基因间和内含子区域的反向重复序列1基序，但也聚集在转录起始位点的1千碱基内。FXR结合位点在以前未知的具有新功能的靶基因附近被检测到，包括不同的细胞信号通路、凋亡、自噬、缺氧、炎症、RNA处理、氨基酸代谢和转录调节因子。对健康和肥胖小鼠随机选择的基因的进一步分析表明，更多的FXR结合位点可能在肥胖中不起作用。令人惊讶的是，FXR、维甲酸X受体α、RNA聚合酶II、表观遗传基因激活和抑制组蛋白标记以及所检测基因的信使RNA水平的占用表明，激动剂激活的FXR直接抑制基因是常见的。

结论：健康和肥胖小鼠基因组FXR结合位点的比较表明，饮食性肥胖小鼠的FXR转录信号发生改变，这可能是肥胖患者代谢和肝功能异常的基础。

PubMed免责声明

数字

图1
图1。正常和肥胖小鼠的独特FXR结合位点
（A） 维恩图显示了正常或饮食性肥胖小鼠中FXR结合位点的数量（上图），以及在正常（ND）或肥胖（HFD）小鼠中用GW4064治疗1小时后唯一检测到的位点数量（下图）。括号中显示了正常和肥胖小鼠FXR结合位点附近的基因数量。（B） GW4064治疗的正常和肥胖小鼠中FXR总结合位点或唯一结合位点的分布。位于基因>10kb的FXR位点被分配到基因间区域。（C） 从每个FXR结合峰的中心到转录起始位点（TSS）的距离。（D） 显示GW4064治疗的正常和肥胖小鼠中前250个FXR峰的13个核苷酸共识IR1基序的徽标。字母的大小与出现的频率成正比。（E） GW4064治疗的正常或肥胖小鼠中最接近独特FXR结合位点的基因本体分类。使用DAVID程序鉴定位于FXR位点10kb内的基因。
图2
图2。GW4064对ChIP-seq诱导的正常或饮食性肥胖小鼠FXR结合的影响
（A-F）ChIP-seq数据显示载体或GW4064治疗的正常和肥胖小鼠的FXR结合位点，使用UCSC基因组浏览器显示。染色体位置显示在每个显示屏的顶部。Y轴显示映射序列标签的数量，最大范围为160到485。基因位置显示在每个显示屏的底部，箭头指示转录起始位点。
图3
图3。FXR结合与最近基因表达的相关性
（A，B）为了验证GW4064治疗的正常或肥胖小鼠特有的FXR结合位点，用GW4064处理正常或饮食性肥胖小鼠1小时，并收集肝脏。在正常（ND）（A）或高脂饮食诱导肥胖（HFD）（B）小鼠中，通过ChIP分析在随机选择的基因中检测FXR的占有率。收集来自3只小鼠的3次独立执行的ChIP分析的基因组DNA，并用于q-PCR分析。（C，D）用q-RTPCR测定了隔夜服用GW4064的正常（A）或高脂饮食诱导肥胖（B）小鼠独特FXR结合位点附近基因的mRNA水平。通过Student t检验，从3只小鼠（SEM，n=9）的3次重复分析的9个q-RTPCR读数中确定统计显著性。（*，p<0.05；**，p<0.01；***，p<0.001和NS，统计上不显著）。
图4
图4。GW4064治疗对潜在FXR靶基因mRNA水平的影响
用载体或GW4064隔夜（16 h）治疗小鼠，并进行q-RTPCR分析，以测量正常（A）或高脂肪饮食诱导肥胖（B）小鼠中最接近独特FXR结合位点的基因的mRNA水平。通过q-RTPCR测定正常小鼠FXR结合位点最近基因的mRNA水平。通过Student t检验从4只小鼠的11 q-RTPCR读数中确定统计显著性（SEM，n=11）。（*，p<0.05；**，p<0.01）。
图5
图5。GW4064治疗对潜在FXR靶基因FXR、RXRα、RNAPII和乙酰化组蛋白H3K9/K14共表达的影响
小鼠用载体或GW4064治疗1 h，收集肝脏进行两步re-ChIP（A，C-F）和q-RTPCR（B）分析。使用FXR抗体（山羊多克隆）进行初始ChIP分析，然后洗脱免疫沉淀染色质，并使用兔FXR、RXRα、RNAPII和乙酰化组蛋白H3K9/K14的多克隆抗体进行第二次ChIP分析。分别用免疫沉淀染色质DNA的q-PCR和半定量PCR检测这些蛋白和乙酰化组蛋白H3K9/K14在潜在FXR靶基因（C-F）以及Shp基因启动子作为阳性对照（a）的占有率。使用图像J测定了In（A）带的强度，并在带下方显示了与车辆处理小鼠相关的强度。（C-F）使用GW4064治疗的小鼠的样本值相对于使用车辆治疗的小鼠样本值进行了标准化。来自2只小鼠的三次re-ChIP分析的q-PCR读数结果一致。统计显著性通过Student t检验（SEM，n=6）确定。（*p<0.05；**，p<0.01；NS，无统计学意义）。
图6
图6。GW4064治疗后，潜在FXR靶基因的基因抑制组蛋白标记增加
用载体或GW4064处理正常小鼠1小时或3小时，并收集肝脏用于ChIP分析。（A） 作为对照，在Shp基因启动子检测到FXR、RXRα、RNAPII的占有率以及H3K9甲基化和H3K27甲基化水平。在（A）中，使用图像J确定了谱带强度，谱带下方显示了与车辆处理小鼠相关的强度。（B，C）GW4064治疗后，在表达增加（B）或表达减少（C）的潜在FXR靶基因中检测到基因抑制组蛋白标记H3K9甲基化和H3K27甲基化。GW4064处理小鼠的样本值相对于车辆处理小鼠的值进行了标准化。每个条形代表每个ChIP分析的三个q-PCR读数的平均值。
请参阅PMC中的此图像和版权信息

类似文章

查看所有类似文章

引用人

查看所有“被引用”文章

工具书类

    1. Mangelsdorf DJ，Evans RM。RXR异二聚体和孤儿受体。单元格。1995;83:841–850.-公共医学
    1. Lee FY，Lee H，Hubbert ML，Edwards PA，Zhang Y.FXR，一种多用途核受体。生物化学科学趋势。2006;31:572–580.-公共医学
    1. Lefebvre P、Cariou B、Lien F、Kuipers F、Staels B。胆汁酸和胆汁酸受体在代谢调节中的作用。《生理学评论》，2009年；89:147–191.-公共医学
    1. Trauner M，Boyer JL。胆盐转运蛋白：分子特征、功能和调节。《生理学评论》，2003年；83:633–671.-公共医学
    1. Huang W，Ma K，Zhang J，Qatanani M，Cuvillier J，Liu J，等。正常肝再生需要核受体依赖性胆汁酸信号。科学。2006;312:233–236。-公共医学

出版物类型

MeSH术语