跳到主页内容
美国国旗

美国政府的官方网站

Dot政府

gov意味着它是官方的。
联邦政府网站通常以.gov或.mil结尾。之前分享敏感信息,确保你在联邦政府政府网站。

Https系统

该站点是安全的。
这个https(https)://确保您连接到官方网站,并且您提供的任何信息都是加密的并安全传输。

访问密钥 NCBI主页 MyNCBI主页 主要内容 主导航
.2011;6(9):e24176。
doi:10.1371/journal.pone.0024176。 Epub 2011年9月20日。

全基因组PLZF/RARA靶基因的特征

附属公司

全基因组PLZF/RARA靶基因的特征

Salvatore Spicuglia公司等。 公共科学图书馆一号. 2011.

摘要

急性早幼粒细胞白血病(APL)中t(11;17)(q23;q21)易位产生的PLZF/RARA融合蛋白被认为是一种致癌转录调节因子,将表观遗传因子招募到对其转化潜能重要的基因中。然而,与PLZF/RARA依赖性白血病发生相关的分子机制仍不清楚。我们通过ChIP-on-ChIP在条件表达PLZF/RARA的造血细胞系U937中搜索特定的PLZF/RARA靶基因。通过比较在表达内源性PLZF的U937细胞和PLZF/RARA诱导的U937-细胞中发现的结合区,我们分离出特定的PLZF/RARA靶基因启动子。接下来,我们分析了PLZF/RARA APL患者中我们鉴定的靶基因的基因表达谱,并分析了PLZF/RARA结合位点的DNA序列和表观遗传学修饰。我们确定了413个特定的PLZF/RARA靶基因,包括一些编码参与造血调节的转录因子。在这些基因中,22个在原代PLZF/RARA APL细胞中显著下调。此外,受抑制的PLZF/RARA靶基因与H3K27me3水平升高和H3K9K14ac水平降低相关。最后,PLZF/RARA结合序列的序列分析揭示了共有和退化RARE的存在以及组织特异性转录因子基序的富集,突显了将融合蛋白靶向染色质的复杂性。我们的研究表明,PLZF/RARA直接靶向对造血发育重要的基因,并支持PLZF/RARA主要作为其直接靶基因的表观遗传调节器的观点。

PubMed免责声明

利益冲突声明

竞争利益:提交人声明,不存在相互竞争的利益。

数字

图1
图1。使用芯片上ChIP的PLZF/RARA结合位点的全基因组鉴定(a)PLZF(/RARA)沿着HOXD公司如图所示,U937和U937-PLZF/RARA细胞系第2染色体上的基因簇。
图中显示了PLZF ChIP相对于INPUT的log2比率,这是两个独立实验的组合。基因的位置显示在剖面图下。(b) ChIP-qPCR PLZF折叠富集CDKN1A公司,HOXD9型HOXD4型在PLZF/RARA缺席或在场的情况下发起人。(c) 根据所示11个选定启动子的PLZF结合情况进行缩放,显示PLZF/RARA诱导的差异。(d) 通过ChIP-qPCR在PLZF/RARA表达细胞中测量所选启动子的PLZF/RARA倍增。
图2
图2。PLZF/RARA靶基因的表达谱。
(a) B412细胞系中PLZF/RARA诱导后PLZF/RARA直接靶基因表达的变化分析。(b) 热图表示PLZF/RARA阳性APL样本和正常骨髓(NBM)样本中PLZF/RARA直接靶基因的mRNA表达水平。相对表达水平在样本中进行标准化;大于或小于平均值的水平分别以红色和蓝色阴影显示。(c) 在U937-B412细胞中PLZF/RARA诱导后(b)中确定的23个基因表达的变化。差异基因表达对应于所示基因的MT和B412细胞系之间微阵列荧光强度的差异。
图3
图3。PLZF/RERA靶基因的染色质修饰。
(a) 维恩图表示PLZF/RARA靶基因组蛋白修饰的组合变化。PLZF/RARA靶基因启动子的总数显示H3K14ac或H3K4me3水平降低,或H3K27me3水平升高。(b) 条形图表示受抑制或诱导基因的百分比,与组蛋白修饰的组合变化相对应。百分比与图3a中所示的基因数有关。
图4
图4。验证PLZF/RARA靶基因的基因表达和染色质修饰变化。
锌诱导的U937-MT细胞(浅灰色条)或U937-B412细胞(深灰色条)分析如下。在mRNA表达水平上,提取RNA并反转录;通过qRT-PCR分析所选靶基因。每个基因的基因表达与高效放射治疗表达。对于表观遗传学标记,H3K27me3、H3K4me3和H3Ac通过ChIP-qPCR在所指示的启动子处进行分析。
图5
图5。PLZF/RARA靶向启动子中存在RARE。
()包含0、1、2和3个或更多核心基序RGKTCA或RARE半位点(RAREh)的PLZF/RARA结合区域的百分比。(b条)对PLZF/RARA靶区进行扫描,以确定是否存在最大间隔区长度为13个核苷酸的直接(DR)、反向(IR)或Everted(ER)RARE重复序列。绘制了目标启动子的百分比与间隔区长度的函数关系。

类似文章

引用人

工具书类

    1. Scaglioni PP,Pandolfi PP。重温APL理论。当前顶级微生物免疫学。2007;313:85–100.-公共医学
    1. Hoemme C、Peerzada A、Behre G、Wang Y、McClelland M等。经ChIP-ChIP分析,PML-RARapha诱导的染色质修饰抑制白血病发生中的关键靶点。鲜血。2008;111:2887–2895.-项目管理咨询公司-公共医学
    1. Martens JH、Brinkman AB、Simmer F、Francoijs KJ、Nebbioso A等。PML-RARapha/RXR改变了急性早幼粒细胞白血病的表观遗传格局。癌细胞。2010;17:173–185.-公共医学
    1. Wang K,Wang P,Shi J,Zhu X,He M,等。急性早幼粒细胞白血病中PML/RARalpha靶向包含PU.1共识和RARE半位点的启动子区域。癌细胞。2010;17:186–197.-公共医学
    1. Salomoni P,Pandolfi PP。细胞转化的转录调控。《国家医学》2000;6:742–744.-公共医学

出版物类型

MeSH术语