跳到主页内容
美国国旗

美国政府的官方网站

Dot政府

gov意味着它是官方的。
联邦政府网站通常以.gov或.mil结尾。之前分享敏感信息,确保你在联邦政府政府网站。

Https系统

网站是安全的。
这个https(https)://确保您连接到官方网站,并且您提供的任何信息都是加密的并安全传输。

访问密钥 NCBI主页 MyNCBI主页 主要内容 主导航
.2010年11月7日;267(1):1-6.
doi:10.1016/j.jtbi.2010.08.001。 Epub 2010年8月5日。

分泌蛋白:通过将新特征融合到周氏伪氨基酸成分中来识别细菌分泌蛋白

附属公司

分泌蛋白:通过将新特征融合到周氏伪氨基酸成分中来识别细菌分泌蛋白

乐政余等。 《Theor生物学杂志》. .

摘要

蛋白质分泌在细菌的生活方式中起着重要作用。分泌蛋白通过使细菌与环境相互作用,特别是将致病菌和共生菌传递到真核宿主中,对细菌致病至关重要。因此,细菌分泌蛋白的鉴定成为研究各种疾病和相应药物的重要过程。本文将几个新特征融合到Chou的伪氨基酸组成(PseAAC)中,开发了两个基于支持向量机(SVM)的三元分类器来预测革兰氏阴性菌和革兰氏阳性菌的分泌蛋白,该方法对经典分泌型、非经典分泌型和非分泌型蛋白质的识别准确率分别为94.03%和94.36%。为了比较我们的方法与六种已发表的方法在鉴定细菌分泌蛋白方面的实用能力,收集了大肠杆菌和枯草芽孢杆菌中的蛋白质,构建了革兰氏阴性菌和革兰氏阳性菌的测试集,该方法的预测结果与现有方法的预测值具有可比性。当在两个独立的公共数据集上进行预测NCSP时,它也对革兰氏阴性细菌蛋白产生了令人满意的结果。可以访问预测服务器SecretPhttp://cic.scu.edu.cn/bioinformatics/secretPV2/index.htm。

PubMed免责声明

类似文章

  • 分泌蛋白:一种预测哺乳动物分泌蛋白的新方法。
    于莉,郭毅,张泽,李毅,李敏,李庚,熊伟,曾毅。 Yu L等人。 肽。2010年4月;31(4):574-8. doi:10.1016/j.peptides.2009.12.026。Epub 2010年1月4日。 肽。2010 PMID:20045033
  • 革兰氏阴性细菌分泌蛋白的电子鉴定。
    于莉、罗杰、郭莹、李莹、浦X、李明。 Yu L等人。 计算机生物医学,2013年9月;43(9):1177-81. doi:10.1016/j.compbiomed.2013.06.001。Epub 2013年6月11日。 《计算机生物医学》,2013年。 PMID:23930811
  • 细菌中的非经典蛋白质分泌。
    Bendtsen JD、Kiemer L、Fausboll A、Brunak S。 Bendtsen JD等人。 BMC微生物。2005年10月7日;5:58. doi:10.1186/1471-2180-5-58。 BMC微生物。2005 PMID:16212653 免费PMC文章。
  • 革兰氏阴性菌中III型和IV型分泌效应器的计算预测。
    McDermott JE、Corrigan A、Peterson E、Oehmen C、Niemann G、Cambronne ED、Sharp D、Adkins JN、Samudrala R、Heffron F。 McDermott JE等人。 感染免疫。2011年1月;79(1):23-32. doi:10.1128/IAI.00537-10。Epub 2010年10月25日。 感染免疫。2011 PMID:20974833 免费PMC文章。 审查。
  • WXG100蛋白分泌系统分布的新见解。
    萨克利夫IC。 Sutcliffe IC公司。 安东尼·范·列文虎克(Antonie Van Leeuwenhoek)。2011年2月;99(2):127-31. doi:10.1007/s10482-010-9507-4。Epub 2010年9月19日。 安东尼·范·列文虎克(Antonie Van Leeuwenhoek)。2011 PMID:20852931 审查。

引用人

出版物类型

LinkOut-更多资源