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.2010年6月28日；5（6）：e11335。
doi:10.1371/journal.pone.0011335。

Plant-mPLoc：一种自顶向下的策略，用于增强预测植物蛋白质亚细胞定位的能力

郭振秋 1, 沈洪斌
附属公司

Plant-mPLoc：一种自顶向下的策略，用于增强预测植物蛋白质亚细胞定位的能力

郭振秋等。 公共科学图书馆一号. .

摘要

蛋白质组学和细胞生物学的基本目标之一是确定蛋白质在各种细胞器和通路中的功能。蛋白质亚细胞位置的信息可以为揭示其功能和理解它们在细胞网络系统中如何相互作用提供有用的见解。现有的植物蛋白质亚细胞定位预测方法大多只能覆盖三个或四个定位位点，没有一种方法可以用于处理同时存在于两个或两个以上不同位置的多重植物蛋白质。实际上，这种复合蛋白质可能具有特别值得注意的特殊生物功能。本研究致力于从上述两个方面改进现有的植物蛋白质亚细胞定位预测因子。通过三种不同的伪氨基酸组成模式，整合基因本体信息、功能域信息和序列进化信息，开发了一种新的预测因子“Plant mPLoc”。它可用于鉴定以下12个定位位点中的植物蛋白质：（1）细胞膜，（2）细胞壁，（3）叶绿体，（4）细胞质，（5）内质网，（6）细胞外，（7）高尔基体，（8）线粒体，（9）细胞核，（10）过氧化物酶体，（11）质体，（12）液泡。与现有的植物蛋白质亚细胞定位预测方法相比，新的预测方法更加强大和灵活。特别是，它还具有处理多重定位蛋白质的能力，这超出了任何现有的专门用于识别植物蛋白质亚细胞定位的预测因子的能力。作为一个用户友好的网络服务器，Plant-mPLoc可以在http://www.csbio.sjtu.edu.cn/bioinf/plant-multi/。此外，为了方便绝大多数实验科学家，我们提供了一个循序渐进的指南，介绍如何使用网络服务器获得所需的结果。预计本文中提出的Plant-mPLoc预测器将成为植物科学以及所有相关领域中非常有用的工具。

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竞争利益：提交人声明，不存在相互竞争的利益。

数字

图1
图1。示意图显示了植物蛋白质的12个亚细胞位置。
这12个位点是：（1）细胞膜，（2）细胞壁，（3）叶绿体，（4）细胞质，（5）内质网，（6）细胞外，（7）高尔基体，（8）线粒体、（9）细胞核、（10）过氧化物酶体、（11）质体和（12）液泡。
图2
图2。显示Plant-mPLoc预测过程的流程图。
图3
图3。半屏幕截图显示预测步骤。
(一)Plant mPLoc web服务器的首页，位于http://www.csbio.sjtu.edu.cn/bioinf/plant-multi/,(b条)以FASTA格式输入查询蛋白，(c（c）)Plant-mPLoc为查询预测的输出蛋白质1例子窗口，和(d日)中查询蛋白2的输出例子窗口。
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