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.2009年5月15日；344(1):58-63.
doi:10.1016/j.jim.2009.03.007。 Epub 2009年3月26日。

快速灵敏染色质免疫沉淀的简化方法

迈克尔·L·赛克斯 1, 贾斯汀·布拉德肖, Wendell T象牙白, 杰西卡·伦斯福德, 露丝·E·麦克米兰, 克莱顿·R·莫里森
附属公司

快速灵敏染色质免疫沉淀的简化方法

迈克尔·L·赛克斯等。 免疫学方法杂志. .

摘要

我们报告了一种简化的程序，可在4小时内将染色质样本高效地携带到qPCR-兼容DNA。我们使用这种简化的ChIP来量化1-2小时后Rag1-deficient pro-T细胞系中活性（cad）和抑制（T早期α）启动子的组蛋白H3修饰。我们进一步表明，该方案很容易量化10（4）个Rag缺陷DN胸腺细胞染色质中的组蛋白修饰。综上所述，这些数据概述了一个简单、经济高效的ChIP分析程序。

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利益冲突声明

披露

作者没有财务利益冲突。

数字

图1
图1
ChIP对IP潜伏期缩短的敏感性。染色质来自抹布1−/−第53页−/−小鼠胸腺细胞系P5424用顺磁性微球与抗H3K4me3（黑色）或对照IgG（灰色）复合免疫沉淀指定时间。褶皱富集计算机辅助设计（A） 或TEA（B）DNA在IP后与每个抗体显示相对输入样本。条形图表示三份Q-PCR的平均值（±SD），代表两个独立染色质制备的实验。
图2
图2
P5424染色质中差异可及启动子组蛋白H3修饰分析。用P5424染色质孵育带有每种所示抗体的珠子复合体2小时。由此产生的褶皱富集计算机辅助设计（A） IP样本中相对于输入的TEA（B）启动子序列如图1所示进行计算。
图3
图3
ChIP对输入染色质数量减少的敏感性。在IP之前，染色质由106P5424细胞，并用RIPA缓冲液连续稀释至指示的细胞当量。带有抗H3K4me2和H3K4me3抗体以及对照IgG的珠状复合物用每个染色质稀释液培养2小时，并对其进行倍增计算机辅助设计IP样本中相对于输入的启动子DNA计算如图1所示。
图4
图4
TEA启动子的染色质修饰抹布2-胸腺细胞缺乏。将带有每种所示抗体的珠状复合物与10份制备的染色质孵育2小时4新隔离的抹布2−/−胸腺细胞。每个IP样品中TEA相对于输入的折叠富集计算如图1所示。
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工具书类

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