A strategy for precise and large scale identification of core fucosylated glycoproteins

doi:10.1074/mcp.M800504-MCP200

.2009年5月；8(5):913-23.

doi:10.1074/mcp。M800504-MCP200。 Epub 2009年1月12日。

岩藻糖基核心糖蛋白的精确大规模鉴定策略

魏佳¹, 庄鲁, 严复, 王海鹏, 王乐亨, 郝驰, 左妃园, 赵彬正, 李娜松, 韩欢, 梁一敏, 王景兰, 蔡云, 张玉奎, 邓玉林, 婉涛莹, Si-Min He先生, 肖洪谦

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PMCID公司：项目经理2689764
内政部： 10.1074/mcp。M800504-MCP200型

岩藻糖基核心糖蛋白的精确大规模鉴定策略

魏佳等。分子细胞蛋白质组学. 2009年5月.

.2009年5月；8(5):913-23.

doi:10.1074/mcp。M800504-MCP200。 Epub 2009年1月12日。

作者

魏佳¹, 庄鲁, 严复, 王海鹏, 王乐亨, 郝驰, 左妃园, 赵彬正, 李娜松, 韩欢, 梁一敏, 王静兰, 蔡云, 张玉奎, 邓玉林, 婉涛莹, Si-Min He先生, 肖洪谦

附属

¹蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组研究中心北京放射医学研究所，北京市昌平区生命科学园区路33号，邮编102206。

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内政部： 10.1074/mcp。M800504-MCP200型

摘要

一些糖蛋白的核心岩藻糖基化（CF）模式比评估其各自的总蛋白水平更为敏感和特异，可用于许多疾病的诊断，如癌症。CF糖蛋白的全局分析和定量表征可能揭示临床应用的有效生物标志物。然而，目前的技术无法大规模精确地揭示CF糖蛋白。在这里，我们开发了一种强大的策略，该策略集成了分子量截断、中性损失依赖性MS（3）、数据库独立的候选光谱过滤和优化，以有效识别CF糖蛋白。光谱处理的理论基础是基于CF糖肽光谱中质量分布的计算。健康受试者和肝癌受试者血浆的应用证明了该策略的有效性。共鉴定出100多个CF糖蛋白和CF位点，并发现10000多个CF-糖肽质谱。鉴定结果的规模表明，在寻找具有独特和诱人前景的生物标志物方面取得了巨大进展，候选光谱将是改进糖肽数据库搜索方法的有用资源。

PubMed免责声明

数字

F<sc>ig</sc>。1 — **F类免疫球蛋白. 1.**
**超滤法富集糖肽的效率。**超滤实验的质谱图显示了保留组分(顶部)，滤液部分(*中间的*)和未处理部分(底部). 糖肽C^#GLVPVLAENYNY*K公司(A类)脱辅基转铁蛋白只出现在保留组分中。信用证^#PDC公司^#PLLAPLN*DSR公司(B类)、VVHAVALATFNAESN*GSYLQLVEISR(F类)和RPTGEVYDIEIDTLETTC^#HVLDPTPLAN*C^#SVR公司(*G公司*)来自胎球蛋白；GQALLVN*SSQPWEPLQLHVDK公司(C类)和EAEN*ITTGC^#AEHC公司^#SLNEN*ITVPDTK公司(E类)来自rhEPO；QQQHLFGSN*悉尼威立雅运输公司^#SGNFC公司^#线性调频(D类)来自载脂蛋白。*，注释糖苷；#，氨基甲酰化。

F<sc>ig</sc>。2 — **F类免疫球蛋白. 2.**
**MS中性损耗峰值²部分去糖基化的CF糖肽的光谱。**在所有这些MS中，最高峰的强度比第二高峰的强度高几倍²离子阱中的光谱，由CID中岩藻糖残基的损失引起。一,b条、和*c（c）*是MS²来自相同部分脱糖基CF糖肽EEQYJSTYR（来自人类IgG）的光谱。基峰强度为1.86e（电子）5, 2.10e（电子）4和2.53e（电子）分别为3。d日和*e（电子）*是MS²简化CF糖肽GQALLVJSSQPWEPLQLHVDK的光谱（强度，3.21e（电子）4; 来自rhEPO）和QQQHLFGSJVTDC^#SGNFC公司^#LFR（强度，7.59e（电子）4; 来自脱辅转铁蛋白）。MS²收集FT-ICR中的光谱，以检查最强峰的一致性：*（f）*对于IgG，克对于d日、和小时对于*e（电子）*.J，CF站点；#，氨基甲酰化。

F<sc>ig</sc>。三。 — **F类免疫球蛋白. 3.**
**微软²和MS^三岩藻糖基-GlcNAc连接肽的光谱。**MS的峰值强度分布^三光谱比质谱更均匀²，从而获得更好的肽序列信息；CF糖苷的直接归属可以从MS中带有GlcNAc残基的b型和y型离子系列推断出来^三.一和b条是MS²和MS^三GLC光谱^#VJASAVSR分别来自胰岛素样生长因子结合蛋白3。具有或不具有GlcNAc残基的b型和y型离子的峰同步且频繁地出现，例如y₇⁺和b₆⁺.c（c）和d日是MS²和MS^三分析的候选光谱*从头开始*分别为。产生的结果*从头开始*序列GVEIJR（因为米/*z（z）*离子b的₁由于太低而无法检测，前两个残基的序列也可以是“VG”，而“I”也可能是“L”，因为它们的质量相同）*X（X）*（S/T/C）其中*X（X）*是除脯氨酸以外的任何氨基酸）。D类₁，C₈H（H）₁₄不₅（GlcNAc）；D类₂，C₈H（H）₁₂不₄;D类_三，C₈H（H）₁₀不_三;D类₄，C₆H（H）₁₀不_三;D类₅，C₇H（H）₈不₂. The年*_7克*⁺识别与y序列相同的GlcNAc残基₇⁺.J，CF站点；#，氨基甲酰化。

F<sc>ig</sc>。4 — **F类免疫球蛋白. 4.**
**CF糖蛋白鉴定策略的过程。**CF糖蛋白的鉴定是通过CF糖肽的富集、CF糖肽类的部分脱糖基化、HPLC中性损失依赖质谱实现的^三、候选频谱过滤、频谱优化和数据库搜索。F类₁确定第二个最强峰值的强度比（徽标：第二个强峰值(*单一共享平台*)，不包含S的不同状态₂例如不同的电荷状态或H的状态₂O和NH_三损失）至S₂;F类₂确定计算值和实验值之间的差异米/*z（z）*第页，共页₂;F类_三确定第二强峰（符号：SSP′）与S的强度比_三在S范围内_三单同位素峰±3米/*z（z）*S的不同电荷态离子信息_三并记录更好的结果。此外，S的绝对强度₂和S_三要求分别大于500和50。如图所示，不同的分数对应不同的信号质量。谱的置信度按总分分为五级。·，岩藻糖残基；▪, GlcNAc残基。二维，二维；*Endo公司*内切糖苷酶；*生命周期健康*,*小鳞乳杆菌*凝集素。

F<sc>ig</sc>。5 — **F类免疫球蛋白第5条。**
**候选MS中完整和部分GlcNAc损失峰值的频率直方图^三电荷谱2。**这个米/*z（z）*S的值₂已设置为0米/*z（z）*高峰值频率的偏移揭示了在肽连接的GlcNAc残基上经常发生的中性损失的潜在质量。可能的损失组显示在桌子.

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1. Parodi，A.J.（2000）蛋白质糖基化及其在蛋白质折叠中的作用。每年。生物化学版。69, 69–93-公共医学
1. Walsh，G.和Jefferis，R.（2006）治疗性蛋白质的翻译后修饰。自然生物技术。24, 1241–1252-公共医学
1. Dwek，R.A.、Butters，T.D.、Platt，F.M.和Zitzmann，N.（2002）将糖基化作为治疗方法。国家药品监督管理局。1, 65–75-公共医学
1. Kondo，A.、Li，W.、Nakagawa，T.、Nakano，M.、Koyama，N.、Wang，X.、Gu，J.、Miyoshi，E.和Taniguchi，N.（2006）《从糖组学到糖链的功能糖组学：以基因靶向小鼠和敲除FUT8细胞为例，识别功能改变的目标蛋白》。生物芯片。生物物理学。17641881-1889年学报-公共医学
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[1] Parodi，A.J.（2000）蛋白质糖基化及其在蛋白质折叠中的作用。每年。生物化学版。69, 69–93-公共医学

[2] Parodi，A.J.（2000）蛋白质糖基化及其在蛋白质折叠中的作用。每年。生物化学版。69, 69–93-公共医学

[3] Walsh，G.和Jefferis，R.（2006）治疗性蛋白质的翻译后修饰。自然生物技术。24, 1241–1252-公共医学

[4] Walsh，G.和Jefferis，R.（2006）治疗性蛋白质的翻译后修饰。自然生物技术。24, 1241–1252-公共医学

[5] Dwek，R.A.、Butters，T.D.、Platt，F.M.和Zitzmann，N.（2002）将糖基化作为治疗方法。国家药品监督管理局。1, 65–75-公共医学

[6] Dwek，R.A.、Butters，T.D.、Platt，F.M.和Zitzmann，N.（2002）将糖基化作为治疗方法。国家药品监督管理局。1, 65–75-公共医学

[7] Kondo，A.、Li，W.、Nakagawa，T.、Nakano，M.、Koyama，N.、Wang，X.、Gu，J.、Miyoshi，E.和Taniguchi，N.（2006）《从糖组学到糖链的功能糖组学：以基因靶向小鼠和敲除FUT8细胞为例，识别功能改变的目标蛋白》。生物芯片。生物物理学。17641881-1889年学报-公共医学

[8] Kondo，A.、Li，W.、Nakagawa，T.、Nakano，M.、Koyama，N.、Wang，X.、Gu，J.、Miyoshi，E.和Taniguchi，N.（2006）《从糖组学到糖链的功能糖组学：以基因靶向小鼠和敲除FUT8细胞为例，识别功能改变的目标蛋白》。生物芯片。生物物理学。17641881-1889年学报-公共医学

[9] Ma，B.、Simala-Grant，J.L.和Taylor，D.E.（2006）原核生物和真核生物中的岩藻糖基化。糖生物学16，158–184-公共医学

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