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.2008年2月26日;105(8):3011-6.
doi:10.1073/pnas.0712278105。 Epub 2008年2月14日。

PD-1/PD-L1复合物类似抗体和T细胞受体的抗原结合Fv结构域

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PD-1/PD-L1复合物类似抗体和T细胞受体的抗原结合Fv结构域

大卫·尹伟林等。 美国国家科学院程序. .

摘要

通过与配体PD-L1结合的程序性死亡1(PD-1)抑制受体发出信号,抑制对自身抗原和肿瘤的免疫反应,并在维持外周免疫耐受中发挥重要作用。PD-1抑制信号的释放可使慢性病毒感染中“耗尽”的病毒特异性T细胞复活。在这里,我们展示了小鼠PD-1与人PD-L1复合物的晶体结构。PD-1和PD-L1通过其Ig变量(IgV)结构域的保守前沿和侧面相互作用,抗体和T细胞受体的IgV结构域也是如此。这将IgV结构域末端的环置于PD-1/PD-L1复合物的同一侧,形成类似于抗体和T细胞受体的抗原结合表面的表面。绘制保守残基可以识别对形成PD-1/PD-L1界面很重要的残基。基于该结构,我们表明,一些报道的失结合突变涉及PD-1/PD-L1相互作用,但另一些则影响蛋白质折叠。此处描述的PD-1/PD-L1相互作用可能被抗体或设计的小分子药物阻断,以降低抑制信号,从而导致更强的免疫反应。免疫受体样环为进一步研究和设计可能影响PD-1/PD-L1复合物形成并进而调节免疫反应的分子提供了一个新的表面。

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利益冲突声明

作者声明没有利益冲突。

数字

图1。
图1。
PD-1/PD-L1综合体的两个视图。晶体不对称单元中的两个单域PD-1分子显示为红色(PD-1)和紫色(第二个PD-1)。双域PD-L1分子以蓝色显示。PD-1的两个β-片的链标记为ABED和A′GFCC′C〃。PD-L1 V结构域的两个β-片的链标记为AGFCC′C〃和BED。请注意第二个PD-1与PD-1和PD-L1的微弱接触,如图右侧所示。N-连接的糖基化位点(金)位于PD-1残基49、58、74和116以及PD-L1残基35。预计五个潜在位置中的任何一个位置的碳水化合物都不会干扰复合物的形成。右侧的视图是围绕垂直轴旋转45°后的视图。识别N和C端子。
图2。
图2。
PD-1/PD-L1接口。所示为PD-1/PD-L1界面的立体图,显示PD-1(红色)的β-链(CC′-FG)和PD-L1(蓝色)的β-链(GFCC′,从左到右)上形成接触的残基的侧链。图中显示了相互作用的PD-1侧链(粉红色)和PD-L1(浅蓝色);为清晰起见,未显示一些侧链。虚线(黄色)表示界面中形成的氢键和水分子。
图3。
图3。
PD1/PD-L1的IgV结构域与抗原受体相似。(A类)PD-1结构域和PD-L1第一结构域末端的环位于复合物的同一侧。(B类)为了进行比较,Fv或VH(H)V(V)L(左)在数据库搜索中发现的代表性抗体部分[PDB ID代码1G7J(31)]叠加在PD-1/PD-L1复合物的Fv样部分上,得到2.6的均方根差值超过180对α-碳对。(C类)代表性TCR的VαVβ部分[PDB ID代码2BNU(32)]叠加在PD-1/PD-L1复合物的Fv样部分上,均方根差值为3.1超过191个Cα对。B类C类在叠加到PD-1/PD-L1上后,将模型转换为单独的视图。标记为抗原受体CDR的环(CDR1、CDR2和CDR3)。数据库搜索以PD-1/PD-L1类Fv域作为查询,所有目标都被视为两域刚体。
图4。
图4。
PD-1/PD-L1和CTLA-4/B7-1可变(V)结构域相互作用的比较。(左侧)通过将PD-1(红色)叠加到CTLA-4(绿色)上,将这两个复合物覆盖起来,然后垂直分开以便观察。(赖特)两个配合物旋转180°。注意B7-1 V域(黄色)的位置与PD-L1的V域(蓝色)相比存在显著差异。

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