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.2007年4月20日;355(4):1006-11.
doi:10.1016/j.bbrc.2007.02.071。 Epub 2007年2月23日。

Hum-mPLoc:一种集成分类器,通过合并多个位点的样本进行大规模人类蛋白质亚细胞位置预测

附属公司

Hum-mPLoc:一种集成分类器,通过合并多个位点的样本进行大规模人类蛋白质亚细胞位置预测

沈洪斌等。 生物化学-生物物理研究委员会. .

摘要

蛋白质可能同时存在于两个或多个不同的亚细胞位置,或在其中移动。具有这种多位置或动态特征的蛋白质特别有趣,因为它们可能具有一些非常特殊的生物功能,这些功能吸引了基础研究和药物发现方面的研究人员。例如,在Swiss-Prot数据库(50.7版,2006年9月19日发布)中实验观察到的6408个人类蛋白质条目中,973个(约15%)具有多个定位位点。同一数据库中的人类蛋白质总条目数(除了那些注释为“片段”或少于50个氨基酸的条目)为14370条,这意味着(14370-6408)=7962条条目之间的差距,这些条目的亚细胞位置尚不清楚。虽然可以使用计算方法来预测缺口的所需信息,但迄今为止,所有现有的预测人类蛋白质亚细胞定位的方法都仅限于单位置位点的情况。为了克服这一障碍,开发了一种新的集成分类器,名为Hum-mPLoc,可以用于处理多位置站点的情况。Hum-mPLoc可以作为web服务器免费供公众访问,网址为http://202.120.37.186/bioinf/hum-multi。同时,为了方便相关领域的工作人员,Hum-mPLoc被用于识别Swiss-Prot数据库中没有亚细胞位置注释或注释为不确定的所有人类蛋白质条目。由此获得的大规模结果保存在一个用Microsoft Excel编写的可下载文件中,该文件名为“Tab_Hum-mPLoc.xls”。该文件可在同一网站上获得,将每年更新两次,以包含人类蛋白质的新条目,并反映Hum-mPLoc的持续发展。

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