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.2007年1月;20(1):39-46.
doi:10.1093/protein/gzl053。 Epub 2007年1月23日。

Gpos-PLoc:预测革兰氏阳性细菌蛋白质亚细胞定位的集成分类器

附属公司

Gpos-PLoc:预测革兰氏阳性细菌蛋白质亚细胞定位的集成分类器

沈洪斌等。 蛋白质工程设计选择. 2007年1月.

摘要

统计分析表明,在最近的Swiss-Prot数据库中的35016个革兰氏阳性细菌蛋白中,大约57%的条目没有亚细胞位置注释。在基因本体数据库中,相应的百分比约为67%,这意味着没有亚细胞成分注释的蛋白质的百分比更高。随着后基因组时代产生的基因产物的大量涌现,此类位置未知条目的数量将不断增加。人们非常希望开发一种自动方法来及时准确地识别其亚细胞定位,因为由此获得的信息对基础研究和药物发现实践都非常有用。鉴于此,开发了一种称为“Gpos-PLoc”的集成分类器,用于预测革兰氏阳性蛋白的亚细胞定位。新的预测器融合了多个基本分类器,每个分类器都是根据优化的证据理论K近邻规则设计的。作为证明,对以下五个亚细胞定位位点中的革兰氏阳性蛋白进行了测试:(1)细胞壁,(2)细胞质,(3)细胞外,(4)周质和(5)质膜。为了消除冗余和同源性偏差,只有那些与同一亚细胞位置的任何其他蛋白质序列一致性<25%的蛋白质才允许包含在基准数据集中。因此,Gpos PLoc在jackknife交叉验证测试和独立数据集测试中的总体成功率均>80%,这意味着Gpos PLoc可能成为加速革兰氏阳性细菌蛋白分析的一种非常有用的载体。Gpos-PLoc可作为网络服务器免费供公众访问,网址为http://202.120.37.186/bioinf/Gpos/。为了支持相关领域的许多研究人员的需求,同一网站上提供了一个可下载文件,列出了Gpos-PLoc在Swiss-Prot数据库中确定的31898个革兰氏阳性细菌蛋白条目的结果,这些条目要么没有亚细胞位置注释,要么用不确定术语注释,例如“可能”,“潜力”、“可能”和“相似性”。这样大规模的结果将每年更新一次,以包括革兰氏阳性细菌蛋白的新条目,并反映Gpos-PLoc的持续发展。

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