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比较研究
.2007年1月30日;28(2):612-23.
doi:10.1002/jcc.20542。

SODOCK:高度灵活的蛋白质与蛋白质对接的群优化

附属公司
比较研究

SODOCK:高度灵活的蛋白质与蛋白质对接的群优化

陈洪明等。 计算机化学杂志. .

摘要

蛋白质-配体对接是一个参数优化问题,与精确的评分函数相关,旨在识别能量最低的对接配体的平移、取向和构象。与基于遗传算法(GA)的方法相比,具有多个可旋转键的高柔性配体的参数优化问题更加困难,因为这些参数具有大量的参数和高度的相关性。本研究提出了一种新的基于粒子群优化(PSO)的优化算法SODOCK,用于解决柔性蛋白质与蛋白质对接问题。为了提高粒子群优化算法的效率和鲁棒性,在SODOCK中引入了一种有效的局部搜索策略。SODOCK的实现采用了AutoDock 3.05的环境和能源功能。计算机仿真结果表明,SODOCK在收敛性能、鲁棒性和获得的能量方面优于AutoDock的Lamarckian遗传算法(LGA),特别是对于高度柔性配体。结果还表明,粒子群优化算法比传统遗传算法更适合处理参数间高度相关的柔性对接问题。该调查还将SODOCK与四种最先进的对接方法进行了比较,即GOLD 1.2、DOCK 4.0、FlexX 1.8和AutoDock 3.05的LGA。在37例患者中,SODOCK获得的RMSD最小的有19例。SODOCK的37个RMSD值的平均值为2.29A,优于其他对接程序,均在3.0A以上。

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