Pfam: clans, web tools and services

doi:10.1093/nar/gkj149

.2006年1月1日；34（数据库问题）：D247-51。

doi:10.1093/nar/gkj149。

Pfam:部族、网络工具和服务

罗伯特·D·芬恩¹, 吉安娜·米斯特里, 本杰明·舒斯特·布克勒, 萨姆·格里菲斯·琼斯, 沃尔克·霍利奇, 蒂莫·拉斯曼, 西蒙·莫克森, 马歇尔, 阿杰·坎纳, 德宾, 肖恩·雷迪, 埃里克·L·L·桑纳默, 亚历克斯·贝特曼

附属机构

采购管理信息： 16381856
PMCID公司：项目经理1347511
内政部： 10.1093/nar/gkj149号

Pfam:部族、网络工具和服务

罗伯特·D·芬恩等。核酸研究. 2006.

.2006年1月1日；34（数据库问题）：D247-51。

doi:10.1093/nar/gkj149。

作者

罗伯特·芬恩¹, 吉安娜·米斯特里, 本杰明·舒斯特·布克勒, 萨姆·格里菲斯·琼斯, 沃尔克·霍利奇, 蒂莫·拉斯曼, 西蒙·莫克森, 马歇尔, 阿杰·坎纳, 德宾, 肖恩·雷迪, 埃里克·L·L·桑纳默, 亚历克斯·贝特曼

附属

¹Wellcome Trust Sanger Institute，Wellcome-Trust Genome Campus，剑桥，CB10 1SA，英国。rdf@sanger.ac.uk

采购管理信息： 16381856
PMCID公司：项目经理1347511
内政部： 10.1093/nar/gkj149号

摘要

Pfam是一个蛋白质家族数据库，目前包含7973个条目（版本18.0）。Pfam的最新发展使相关家庭能够分组为氏族。Pfam部族以及新的相关网页都有详细描述。此外，还介绍了对Pfam网络工具范围的改进，以及允许对数据库和相关工具进行编程访问的第一组Pfam web服务。Pfam在英国的网站上提供(http://www.sanger.ac.uk/Software/Pfam/)，美国(http://pfam.wustl.edu/)，法国(http://pfam.jouy.inra.fr/)和瑞典(http://pfam.cgb.ki.se/).

PubMed免责声明

数字

图1
Pfam中的宗族页面。(A类)氏族摘要页面的屏幕截图，包含氏族的描述、注释和成员身份。从这个页面，用户可以查看家庭关系图(B类). 家族中的每个家族都用一个蓝色方框表示，其与其他家族的关系用实线（重要的个人资料-个人资料比较得分）或虚线（不重要的个人档案比较得分）表示。在每条线旁边，配置文件–配置文件比较E类-给出了价值评分。该分数还与纵断面-纵断面对比对齐的可视化相关联(C类). 部族汇总页面还提供了一个部族排列的链接(D类)（有关更多详细信息，请参阅正文）。族对齐是所有族成员种子对齐的多序列对齐（每组种子序列由交替的背景阴影分隔）。使用Jalview对路线进行着色。

图2
(A类)序列ADA19_HUMAN上域的图形表示。序列以灰色条表示。从第18.0版开始，Pfam识别四个域：Pep_M12B_prop（PF01562，绿色）、Repolysin（PF01421，红色）、Disintegrin（PF00200，黄色）和EGF_2（PF07974，品红色）。黑色域是SMART（15）中的ACR域。条纹框代表PfamB家族，而小的蓝色和红色框分别代表低复杂性和跨膜区域。在域图像上方，虚线表示序列中发现的二硫化桥。再生素结构域下方的红钻石表示活性位点位置。(B类)SH2（PF00017）的种子排列根据Belvu染色系统进行标记，使用瑞典现场的新的多序列排列查看器。

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