LOCSVMPSI: a web server for subcellular localization of eukaryotic proteins using SVM and profile of PSI-BLAST

doi:10.1093/nar/gki359

比较研究

.2005年7月1日；33（Web服务器问题）：W105-10。

doi:10.1093/nar/gki359。

LOCSVMPSI：使用SVM和PSI-BLAST配置文件进行真核蛋白亚细胞定位的web服务器

谢丹（Dan Xie）¹, 奥丽, 王明辉, 范哲文, 欢庆风

附属公司

PMID： 15980436
预防性维修识别码： PMC1160120型
内政部： 10.1093/nar/gki359年10月10日

比较研究

LOCSVMPSI：使用SVM和PSI-BLAST配置文件进行真核蛋白亚细胞定位的web服务器

谢丹（Dan Xie）等。核酸研究. 2005.

.2005年7月1日；33（Web服务器问题）：W105-10。

doi:10.1093/nar/gki359。

作者

谢丹（Dan Xie）¹, 奥丽, 王明辉, 范哲文, 欢庆风

附属

¹中国科学技术大学电子科学与技术系，合肥，中华人民共和国。

PMID： 15980436
预防性维修识别码： PMC1160120型
内政部： 10.1093/nar/gki359

摘要

蛋白质的亚细胞定位是关键的功能特征之一，因为蛋白质必须在亚细胞水平上正确定位才能具有正常的生物功能。本文介绍了一种基于支持向量机（SVM）和PSI-BLAST轮廓生成的位置特定评分矩阵的新方法LOCSVMPSI。通过对RH2427数据集的折刀试验，LOCSVMPSI获得了90.2%的高总体预测准确率，高于SubLoc和ESLpred对该数据集的预测结果。此外，通过对PK7579数据集的5倍交叉验证检验，对LOCSVMPSI的预测性能进行了评估，预测结果始终优于基于氨基酸和氨基酸对组成的多个SVM的先前方法。对SWISPROT新唯一数据集的进一步测试表明，LOCSVMPSI的性能也优于一些广泛使用的预测方法，如PSORTII、TargetP和LOCnet。所有这些结果表明，LOCSVMPSI是预测真核蛋白亚细胞定位的有力工具。基于此方法开发了一个在线web服务器（当前版本为1.3），可供学术和商业用户免费使用，可通过访问http://Bioinformatics.ustc.edu.cn/LOCSVMPSI/LOCSVMP SI.php。

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