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.2005年1月1日;33(数据库问题):D428-32。
doi:10.1093/nar/gki072。

反应组:生物学途径的知识库

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反应组:生物学途径的知识库

G乔希·托普等等。 核酸研究. .
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摘要

Reactome,位于http://www.Reactome.org,是一个经过同行评审的人类生物过程资源。鉴于一个有机体的基因组成,一整套可能的反应构成了它的反应组。反应组数据库的基本单位是一个反应;然后将反应分成因果链以形成路径。Reactome数据模型使我们能够代表人类系统中的许多不同的过程,包括中间代谢途径、调节途径、信号转导,以及高级过程,如细胞周期。Reactome提供了一个定性框架,定量数据可以叠加在这个框架上。工具已经开发出来,以方便专家生物学家自定义数据输入和注释,并允许将完成的数据集可视化并作为交互式过程图进行探索。虽然我们的主要治疗领域是来自智人的路径,但我们经常通过假定的正射图创建人类路径到其他生物体的电子投影,从而使Reactome与模型生物研究社区相关。该数据库在开源条款下是公开的,这使得其内容和软件基础设施都可以自由使用和重新分发。

数字

图1
图1
反应图显示了Reactome中注释的反应。显示了顶层过程的反应簇。
图2
图2
显示了一个示例高级搜索查询的屏幕截图。查询数据库以查找H、 智者有ADP输出的ATP,as。
图3
图3
人类基因组的OMIM病态图列出了突变形式与人类疾病有因果关系的所有基因。每一个反应体事件,其中一个或多个这样的基因产物作为输入,催化剂或调节器被显示为红色。一些疾病的例子映射到反应性反应。

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