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.2004年7月1日；32（Web服务器问题）：W327-31。
doi:10.1093/nar/gkh454。

CD-Search：蛋白质域动态注释

阿伦·马什勒·鲍尔 1, 斯蒂芬·布莱恩特
附属公司

CD-Search：蛋白质域动态注释

Aron Marchler Bauer公司等。 核酸研究. .

摘要

我们描述了保守域搜索服务（CD-Search），这是一种基于网络的工具，用于检测蛋白质序列中的结构域和功能域。CD-Search使用BLAST（R）启发式来提供快速、交互式的服务，并搜索领域模型的综合集合。搜索结果显示为域架构动画以及查询和域模型共识序列之间的成对对齐。可以通过将查询序列嵌入到多个比对显示中并通过映射到域家族内已知结构的三维分子图形显示上来进一步详细地可视化搜索结果。CD-Search可访问http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/wrpsb.cgi。

PubMed免责声明

数字

图1
图1
结果和重点列表的图形摘要。此搜索中使用的查询序列是gi | 116863（9）。
图2
图2
嵌入在血红素样重复序列的域比对中的查询序列片段。保留的特征（金属结合部位）在对齐的列顶部用哈希标记表示。
图3
图3
三维结构上下文中的路线可视化。查询序列已添加到域对齐模型中。在这个特殊的视图中，用户可视化了金属结合位点的证据（这个家族的一个保守特征），这是由蛋白质-金属复合物的三维结构解析而来的。
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