PIRSF: family classification system at the Protein Information Resource

doi:10.1093/nar/gkh097

.2004年1月1日；32（数据库问题）：D112-4。

doi:10.1093/nar/gkh097。

PIRSF：蛋白质信息资源的家族分类系统

附属公司

PMID： 14681371
预防性维修识别码：项目经理308831
内政部： 10.1093/nar/gkh097

PIRSF：蛋白质信息资源的家族分类系统

凯西·H·吴等。核酸研究. 2004.

.2004年1月1日；32（数据库问题）：D112-4。

doi:10.1093/nar/gkh097。

附属

¹乔治敦大学医学中心生物化学和分子生物学系，地址：3900 Reservoir Road，NW，Box 571414，Washington，DC 20057-1414，USA。pirmail@georgetown.edu

PMID： 14681371
预防性维修识别码：项目经理308831
内政部： 10.1093/nar/gkh097

摘要

蛋白质信息资源（PIR）是蛋白质信息学的综合公共资源。为了促进蛋白质注释的合理传播和标准化以及注释错误的系统检测，PIR扩展了其超家族概念并开发了超家族（superfamily，PIRSF）分类系统。基于整个蛋白质的进化关系，这个分类系统可以注释特定的生物和一般的生物化学功能。该系统采用从超家族到亚家族的蛋白质分类网络结构。蛋白质家族成员具有同源性（共享共同祖先）和同胚性（与共同结构域共享全长序列相似性）。PIRSF数据库由两个数据集组成，即初步集群和精选系列。策划的家族包括家族名称、蛋白质成员、亲子关系、领域结构以及可选描述和参考书目。PIRSF可从以下网站访问：http://pir.georgetown.edu/pirsf/用于报告检索和序列分类。该报告提供了家族注释、成员统计、与其他数据库的交叉引用、域结构的图形显示，以及与多个序列比对和精心策划家族的系统发育树的链接。PIRSF可用于分析系统发育剖面，揭示功能聚合和分化，并确定同胚家族、结构域和结构类之间有趣的关系。

PubMed免责声明

类似文章

用于蛋白质功能和进化分析的PIRSF家族分类系统。
Nikolskaya AN、Arighi CN、Huang H、Barker WC、Wu CH。 Nikolskaya AN等人。进化生物信息在线。2007年2月10日；2:197-209. 进化生物信息在线。2007 PMID：19455212 免费PMC文章。
iProLINK：用于文献挖掘的集成蛋白质资源。
胡振中、马尼一世、赫莫索五世、刘华、吴聪。胡振中等。计算机生物化学。2004年12月；28（5-6）：409-16。doi:10.1016/j.compbiochem.2004.09.010。计算机生物化学。2004 PMID：15556482
蛋白质信息资源：蛋白质功能注释的综合公共资源。
Wu CH、Huang H、Arminski L、Castro-Alvear J、Chen Y、Hu ZZ、Ledley RS、Lewis KC、Mewes HW、Orcutt BC、Suzek BE、Tsugita A、Vinayaka CR、Yeh LS、Zhang J、Barker WC。 Wu CH等。《核酸研究》，2002年1月1日；30(1):35-7. doi:10.1093/nar/30.1.35。 2002年核酸研究。 PMID：11752247 免费PMC文章。
基因组完成和注释更新：蛋白质信息资源。
Wu C，Nebert DW。 Wu C等。人类基因组学。2004年3月；1(3):229-33. doi:10.1186/1479-7364-1-3-229。人类基因组学。2004 PMID：15588483 免费PMC文章。审查。
蛋白质家族分类和功能注释。
Wu CH、Huang H、Yeh LS、Barker WC。 Wu CH等。计算机生物化学。2003年2月；27(1):37-47. doi:10.1016/s1476-9271（02）00098-1。计算机生物化学。2003 PMID：12798038 审查。

查看所有类似文章

引用人

从生物信息学的角度看酶的功能和进化。
Ribeiro AJM、Riziotis IG、Borkakoti N、Thornton JM。 Ribeiro AJM等人。生物化学杂志，2023年11月29日；480(22):1845-1863. doi:10.1042/BCJ20220405。生物化学杂志2023。 PMID：37991346 免费PMC文章。审查。
基于结构的靶基板小亚胺还原酶板设计。
Yu Y、RuéCasamajo A、Finnigan W、Schnepel C、Barker R、Morrill C、Heath RS、De Maria L、Turner NJ、Scrutton NS。 Yu Y等。 ACS目录。2023年9月5日；13(18):12310-12321. doi:10.1021/acscatal.3c02278。eCollection 2023年9月15日。 ACS目录。2023 PMID：37736118 免费PMC文章。
葡萄基因组的改进参考重申了PN40024高度纯合子基因型的起源。
Velt A、Frommer B、Blanc S、Holtgräwe D、Duchéne Ey、Dumas V、Grimplet J、Hugueney P、Kim C、Lahaye M、Matus JT、Navarro-PayáD、OrduñA L、Tello-Ruiz MK、Vitulo N、Ware D、Rustenholz C。 Velt A等人。 G3（贝塞斯达）。2023年5月2日；13（5）：jkad067。doi:10.1093/g3journal/jkad067。 G3（贝塞斯达）。2023 PMID：36966465 免费PMC文章。
微孢子虫假想蛋白质的结构和功能注释维生素A角膜ATCC 50505使用生物信息学方法。
Ang Ang’o LM、Herren JK、Tastan Bishop。 Angang’o LM等人。国际分子科学杂志。2023年2月9日；24(4):3507. doi:10.3390/ijms24043507。国际分子科学杂志。2023 PMID：36834914 免费PMC文章。
潜水乌龙染色体水平基因组与性染色体鉴定。
Miller J、Zimin AV、Gordus A。 Miller J等人。巨大的科学。2022年12月28日；12:giad002。doi:10.1093/gigascience/giad002。巨大的科学。2022 PMID：36762707 免费PMC文章。

查看所有“被引用”文章

工具书类

1. Dayhoff M.O.（1965-1978）蛋白质序列和结构图谱。5卷，3增补。华盛顿特区国家生物医学研究基金会。
1. Apweiler R.、Bairoch，A.、Wu，C.H.、Barker，W.C.、Boeckmann，B.、Ferro，S.、Gasteiger，E.、Huang，H.、Lopez，R.、Magrane，M.等人（2004）UniProt:通用蛋白质知识库。《核酸研究》，32，D115–D119。-项目管理咨询公司-公共医学
1. Wu C.H.，Yeh，L.-S.L.，Huang，H.，Arminski，L.，Castro-Alvear，J.，Chen，Y.，Hu，Z.，Kourtesis，P.，Ledley，R.S.，Suzek，B.E.等人（2003）《蛋白质信息资源》。核酸研究，31，345–347。-项目管理咨询公司-公共医学
1. Huang H.，Barker，W.C.，Chen，Y.和Wu，C.H.（2003）iProClass:蛋白质家族分类、功能和结构信息的综合数据库。核酸研究，31，390-392。-项目管理咨询公司-公共医学
1. Dayhoff M.O.（1976）蛋白质超家族的起源和进化。联邦公报。，35, 2132–2138.-公共医学

出版物类型

行动
行动

物质

行动

赠款和资金

LinkOut-更多资源

全文源
其他文献来源
- 镜片-专利引文

[1] Dayhoff M.O.（1965-1978）蛋白质序列和结构图谱。5卷，3增补。华盛顿特区国家生物医学研究基金会。

[2] Dayhoff M.O.（1965-1978）蛋白质序列和结构图谱。5卷，3增补。华盛顿特区国家生物医学研究基金会。

[3] Apweiler R.、Bairoch，A.、Wu，C.H.、Barker，W.C.、Boeckmann，B.、Ferro，S.、Gasteiger，E.、Huang，H.、Lopez，R.、Magrane，M.等人（2004）UniProt:通用蛋白质知识库。《核酸研究》，32，D115–D119。-项目管理咨询公司-公共医学

[4] Apweiler R.、Bairoch，A.、Wu，C.H.、Barker，W.C.、Boeckmann，B.、Ferro，S.、Gasteiger，E.、Huang，H.、Lopez，R.、Magrane，M.等人（2004）UniProt:通用蛋白质知识库。《核酸研究》，32，D115–D119。-项目管理咨询公司-公共医学

[5] Wu C.H.，Yeh，L.-S.L.，Huang，H.，Arminski，L.，Castro-Alvear，J.，Chen，Y.，Hu，Z.，Kourtesis，P.，Ledley，R.S.，Suzek，B.E.等人（2003）《蛋白质信息资源》。核酸研究，31，345–347。-项目管理咨询公司-公共医学

[6] Wu C.H.，Yeh，L.-S.L.，Huang，H.，Arminski，L.，Castro-Alvear，J.，Chen，Y.，Hu，Z.，Kourtesis，P.，Ledley，R.S.，Suzek，B.E.等人（2003）《蛋白质信息资源》。核酸研究，31，345–347。-项目管理咨询公司-公共医学

[7] Huang H.，Barker，W.C.，Chen，Y.和Wu，C.H.（2003）iProClass:蛋白质家族分类、功能和结构信息的综合数据库。核酸研究，31，390-392。-项目管理咨询公司-公共医学

[8] Huang H.，Barker，W.C.，Chen，Y.和Wu，C.H.（2003）iProClass:蛋白质家族分类、功能和结构信息的综合数据库。核酸研究，31，390-392。-项目管理咨询公司-公共医学

[9] Dayhoff M.O.（1976）蛋白质超家族的起源和进化。联邦公报。，35, 2132–2138.-公共医学

[10] Dayhoff M.O.（1976）蛋白质超家族的起源和进化。联邦公报。，35, 2132–2138.-公共医学

将引文保存到文件

电子邮件引文

添加到集合

添加到我的书目

您保存的搜索

为外部引文管理软件创建文件

您的RSS源

PIRSF：蛋白质信息资源的家族分类系统

附属

PIRSF：蛋白质信息资源的家族分类系统

作者

附属

摘要

类似文章

引用人

工具书类

出版物类型

MeSH术语

物质

赠款和资金

LinkOut-更多资源

全文源

其他文献来源