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比较研究
.2002年3月;18(3):440-5.
doi:10.1093/bioinformatics/18.3.440。

PatternHunter:更快更敏感的同源搜索

附属公司
比较研究

PatternHunter:更快更敏感的同源搜索

马斌(Bin Ma)等。 生物信息学. 2002年3月.

摘要

动机:基因组学和蛋白质组学研究通常依赖于基于找到短种子匹配的策略的同源性搜索,然后将其扩展。基因组数据的爆炸式增长给DNA同源性搜索技术带来了一个难题:增加种子大小会降低灵敏度,而减少种子大小会减慢计算速度。

结果:我们提出了一种新的同源搜索算法“PatternHunter”,该算法使用新的种子模型来提高灵敏度,使用新的点击处理技术来显著提高速度。在Blast的灵敏度水平上,PatternHunter能够在桌面上仅用几个小时就找到与人类染色体大小相同的序列之间的同源性。

可利用性:PatternHunter的网址为http://www.bioinformaticssolutions.com,作为商业包装。它在所有支持Java的平台上运行。PatternHunter技术正在申请专利;商业使用需要BSI的许可,而非商业使用则是免费的。

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引用人

  • 关于的最大独立集k个-带有编辑距离的mers。
    马磊,陈凯,邵明。 Ma L等人。 ACM BCB公司。2023年9月;2023:42. doi:10.1145/3584371.3612982。Epub 2023年10月4日。 ACM BCB公司。2023 PMID:38050580 免费PMC文章。
  • aaHash:递归氨基酸序列哈希。
    Wong J、Kazemi P、Coombe L、Warren RL、Birol I。 Wong J等人。 Bioninform Adv.2023年11月11日;3(1):vbad162。doi:10.1093/bioadv/vbad162。eCollection 2023年。 生物信息Adv.2023。 PMID:38023332 免费PMC文章。
  • SAKE:Strobemer辅助k-mer提取。
    Leinonen M,Salmela L。 Leinonen M等人。 公共科学图书馆一号。2023年11月29日;18(11):e0294415。doi:10.1371/journal.pone.0294415。eCollection 2023年。 公共科学图书馆一号。2023 PMID:38019768 免费PMC文章。
  • 长期治疗的阻塞性睡眠呼吸暂停综合征患者循环外显子的多组学分析。
    Khalifa A、Marin JM、Sanz-Rubio D、Lyu Z、Joshi T、Gozal D。 Khalyfa A等人。 国际分子科学杂志。2023年11月8日;24(22):16074。doi:10.3390/ijms242216074。 国际分子科学杂志。2023 PMID:38003263 免费PMC文章。
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    Stander EA、Lehka B、Carqueijeiro I、Cuello C、Hansson FG、Jansen HJ、DugéDe Bernonville T、Birer Williams C、Vergès V、Lezin E、Lorensen MDBB、Dang TT、Oudin A、Lanoue A、Durand M、Giglioli-Guivarc'h N、Janfeld C、Papon N、Dirks RP、O'connor SE、Jensen MK、Besseau s、Courdavault V。 Stander EA等人。 公共生物。2023年11月24日;6(1):1197. doi:10.1038/s42003-023-05574-8。 公共生物。2023 PMID:38001233 免费PMC文章。

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