AMR提示增强版

NCBI开发了AMRFinderPlus，这是一种识别AMR基因、耐药性相关点突变的工具，并使用蛋白质注释和/或组装核苷酸序列选择其他类别的基因。AMRFinderPlus用于病原体检测管线，这些数据显示在NCBI的隔离浏览器.AMRFinderPlus依赖于NCBI的参考基因数据库和策划收集隐马尔可夫模型。有关AMRFinderPlus操作方式的更多信息，请参阅方法部分的AMRFinderPlus文档。请参阅我们的文档来描述我们所有的NCBI抗微生物资源.

NCBI已使AMRFinderPlus软件和数据库开源并免费可用

• 文件
• 安装说明
• 软件版本
• 源代码
• 病原体检测参考基因目录包括AMR基因、点突变和其他类别基因的web界面
• 病原体检测参考HMM目录包括AMRFinderPlus用于识别AMR基因和一些应激和毒力蛋白的精心策划HMM的web界面
• 细菌耐药性参考基因数据库仅包含精选AMR基因参考序列的生物项目
• NCBIfam-AMR查找器Curated AMRFinderPlus HMM库

NCBI对数十万株分离菌运行AMRFinderPlus，作为病原体检测管道的一部分，并将结果公开

• 病原体检测隔离浏览器包括AMRFinderPlus在AMR基因型,应激基因型、和毒力基因型柱
• 病原体检测隔离浏览器文档
• 微型BIGG-E(微型比亚尔B划船运动员我识别G公司成因和G公司烯醇的E类元素）包含详细的AMRFinderPlus结果和单个AMRFinder Plus点击的关联元数据。请注意，由于MicroBIGG-E结果仅适用于具有公共组件附件的隔离，因此隔离在隔离浏览器中显示与MicroBIGG-E结果显示之间可能会有延迟。
• MicroBIGG-E文件

关于ABRITE的笔记

许多人正在使用ABRicate公司使用默认的“ncbi”数据库，我们注意到，至少有一些用户感到困惑的是，他们得到的结果与他们将从AMRFinderPlus获得。ABRicate使用AMRFinderPlus的子集数据库进行AMR基因检测和不同的方法，因此结果不是与您通过运行AMRFinderPlus获得的相同。从中鉴定AMR基因我们建议使用的组装顺序AMR提示增强版得到NCBI编译数据库的完整值，包括正确的等位基因和基因符号，命名等位基因与新等位基因测定，基于蛋白质搜索/命名、策划截止、HMM搜索等。

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如果您对数据库或软件有疑问，或遇到AMRFinderPlus问题，请联系pd-help@ncbi.nlm.nih.gov

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