同源性

数据库

保留域数据库（CDD）

序列比对和图谱的集合，代表分子进化中保守的蛋白质结构域。它还包括域与MMDB数据库中已知三维蛋白质结构的比对。

相同的蛋白质组

描述在GenBank和RefSeq的注释编码区以及SwissProt和PDB蛋白质序列中识别的蛋白质的合并记录集合。该资源使研究人员能够获得更有针对性的搜索结果，并快速识别感兴趣的蛋白质。

蛋白质簇

相关蛋白质序列（簇）的集合，由完整的原核和细胞器质粒和基因组编码的参考序列蛋白质组成。该数据库提供了对注释信息、出版物、域、结构、外部链接和分析工具的轻松访问。

下载

BLAST（独立）

为Solaris、LINUX、Windows和MacOSX系统提供了本地使用的BLAST可执行文件。有关更多信息，请参阅ftp目录中的README文件。用于BLAST核苷酸、蛋白质和翻译搜索的预格式化数据库也可在db子目录下下载。

工具

基本局部对齐搜索工具（BLAST）

查找生物序列之间的局部相似区域。该程序将核苷酸或蛋白质序列与序列数据库进行比较，并计算匹配的统计意义。BLAST可用于推断序列之间的功能和进化关系，以及帮助识别基因家族成员。

比较基因组查看器（CGV）

基于全基因组组装比对比较基因组

COBALT公司

COBALT是一种蛋白质多序列比对工具，它使用RPS-BLAST、BLASTP和PHI-BLAST，从保守域数据库、蛋白质模体数据库和序列相似性中找到一组成对约束。

保护域搜索服务（CD搜索）

识别蛋白质序列中存在的保守结构域。CD-Search使用RPS-BLAST（反向位置特定BLAST）将查询序列与保存域数据库（CDD）中保存的域比对生成的位置特定得分矩阵进行比较。

基因组BLAST

该工具将核苷酸或蛋白质序列与基因组序列数据库进行比较，并使用基本局部比对搜索工具（BLAST）算法计算匹配的统计显著性。