|
| 状态 |
2014年2月14日公开 |
| 标题 |
序列C_Lvr_M_021_1 |
| 样品类型 |
SRA公司 |
| |
|
| 源名称 |
肝脏
|
| 有机体 |
褐家鼠 |
| 特点 |
应变：Fisher 344
组织：肝脏
性别：男
发育阶段（周）：21
|
| 生长方案 |
从NCTR的动物繁殖群体中获得的雄性和雌性（非同步）Fisher 344大鼠被喂食NIH-31饮食（随意），并在AAALAC批准的条件下饲养，12小时光/暗循环（0600-1800）。大鼠被关在标准聚碳酸酯笼子里，每个笼子两只，硬木芯片垫保持在23摄氏度，相对湿度约50%。在2、5、6、8、15、21、52、78和104周龄时处死动物。根据NCTR机构动物护理和使用委员会指南对大鼠进行治疗。
|
| 提取的分子 |
总核糖核酸 |
| 提取协议 |
在提取RNA之前，将每个完整器官单独研磨（研钵和杵，在连续液氮冷却下）成细粉，但肝脏、脾脏和腓肠肌除外，其研磨量约为100 mg。地面器官组织在-80℃下保存。根据制造商的方案，使用miRNeasy Mini Kit（Qiagen）从大约30 mg的地面组织中提取总RNA，包括用DNA酶处理。
使用核糖核酸零非磁性试剂盒（Epicenter）和Illumina TruSeq RNA-Seq文库协议（使用TruSeq RNA样品制备试剂盒（Illuminia）），使用rRNA缺失协议制备RNA文库以进行测序。
|
| |
|
| 图书馆战略 |
RNA-Seq号 |
| 库源 |
转录组学的 |
| 库选择 |
cDNA |
| 仪器型号 |
Illumina HiSeq 2000公司 |
| |
|
| 数据处理 |
对适配器序列的序列读取进行修剪，对低复杂性或低质量序列进行屏蔽，然后使用TopHat 2.0.4版使用默认参数映射到rn4全基因组
然后使用Cufflinks v2.0.2对比对结果进行处理，以使用默认参数进行基因和转录定量。对于具有2~3个技术重复的样本，使用平均FPKM（每百万映射读取的每千字节片段数）值。
基因组构建（_B）：rn4
补充文件_format_and_content:制表符分隔的文本文件包含每个样本的FPKM值
|
| |
|
| 提交日期 |
2014年2月14日 |
| 上次更新日期 |
2019年5月15日 |
| 联系人姓名 |
勒明石 |
| 电子邮件 |
lemingshi@fudan.edu.cn
|
| 电话 |
+86-18616827008
|
| 组织名称 |
复旦大学
|
| 部门 |
生命科学学院
|
| 门诊化验室 |
药物基因组学中心
|
| 街道地址 |
松湖路2005号
|
| 西蒂 |
上海 |
| 邮政编码 |
200438 |
| 国家 |
中国 |
| |
|
| 平台ID |
GPL14844型 |
| 系列（2） |
|
| 关系 |
| 生物样品 |
SAMN02642815号 |
| SRA公司 |
SRX471552型 |
