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CD9(CD9)CD9分子[智人(人类)]

基因ID:928,更新于2024年4月11日

总结

官方符号
CD9(CD9)由提供HGNC公司
官方全名
CD9分子由提供HGNC公司
主要来源
HGNC:HGNC:1709
请参阅相关
乐团:ENSG0000010278 MIM:143030; 联盟基因组:HGNC:1709
基因类型
蛋白质编码
RefSeq状态
检验过的
有机体
智人
血统
真核生物;后生动物;脊索动物;克兰亚塔;脊椎动物;真肠造口术;哺乳动物;Eutheria;尤阿古托格利尔斯;灵长类;Haplorhini;卡塔里尼;人科;人类
也称为
MIC3;MRP-1;BTCC-1;DRAP-27;TSPAN29;TSPAN-29型
总结
该基因编码跨膜4超家族的一个成员,也称为tetraspanin家族。四spanins是具有四个跨膜结构域的细胞表面糖蛋白,与其他细胞表面蛋白形成多聚物复合物。编码蛋白在许多细胞过程中发挥作用,包括分化、粘附和信号转导,该基因的表达在抑制癌细胞运动和转移中起着关键作用。[由RefSeq提供,2011年1月]
表达式
在食管(RPKM 210.8)、前列腺(RPKM168.1)和21个其他组织中广泛表达查看更多
直系同源
新款
尝试新的基因表
尝试新的成绩单表

基因组背景

参见中的CD9基因组数据查看器
地点:
第12页13.31
外显子计数:
13
注释发布 状态 装配 Chr公司 位置
RS_2023_10号 现在的 GRCh38.p14型(GCF_000001405.40) 12 NC_000012.12(6199946.6238266)
RS_2023_10号 现在的 T2T-CHM13v2.0(GCF_009914755.1号) 12 NC_060936.1(6207556.6245881)
105.20220307 上一次装配 GRCh37.p13型(GCF_000001405.25号) 12 NC_000012.11(6309112..6347432)

染色体12-NC_000012.12描述邻近基因的基因组背景 Neighboring gene uncharacterized LOC124902866 Neighboring gene H3K27ac-H3K4me1 hESC enhancer GRCh37_chr12:6268183-6268756 Neighboring gene Sharpr-MPRA regulatory region 14257 Neighboring gene uncharacterized LOC105369623 Neighboring gene uncharacterized LOC105369622 Neighboring gene H3K27ac-H3K4me1 hESC enhancer GRCh37_chr12:6289294-6289864 Neighboring gene ATAC-STARR-seq lymphoblastoid active region 5842 Neighboring gene H3K27ac-H3K4me1 hESC enhancer GRCh37_chr12:6299563-6300248 Neighboring gene NANOG-H3K27ac-H3K4me1 hESC enhancer GRCh37_chr12:6300249-6300934 Neighboring gene ATAC-STARR-seq lymphoblastoid silent region 4157 Neighboring gene H3K27ac-H3K4me1 hESC enhancer GRCh37_chr12:6308438-6309050 Neighboring gene H3K27ac-H3K4me1 hESC enhancer GRCh37_chr12:6309051-6309662 Neighboring gene H3K4me1 hESC enhancer GRCh37_chr12:6310889-6311501 Neighboring gene H3K4me1 hESC enhancer GRCh37_chr12:6311502-6312113 Neighboring gene H3K4me1 hESC enhancer GRCh37_chr12:6319522-6320145 Neighboring gene H3K4me1 hESC enhancer GRCh37_chr12:6320176-6320677 Neighboring gene H3K27ac-H3K4me1 hESC enhancer GRCh37_chr12:6323515-6324018 Neighboring gene OCT4-NANOG-H3K27ac-H3K4me1 hESC enhancers GRCh37_chr12:6324019-6324520 and GRCh37_chr12:6324521-6325024 Neighboring gene CDK7 strongly-dependent group 2 enhancer GRCh37_chr12:6327115-6328314 Neighboring gene Sharpr-MPRA regulatory region 3368 Neighboring gene H3K4me1 hESC enhancer GRCh37_chr12:6332057-6332610 Neighboring gene H3K4me1 hESC enhancer GRCh37_chr12:6332611-6333162 Neighboring gene H3K4me1 hESC enhancer GRCh37_chr12:6333163-6333716 Neighboring gene uncharacterized LOC105369625 Neighboring gene Sharpr-MPRA regulatory region 10655 Neighboring gene H3K4me1 hESC enhancer GRCh37_chr12:6350388-6350888 Neighboring gene H3K4me1 hESC enhancer GRCh37_chr12:6350889-6351389 Neighboring gene CRISPRi-validated cis-regulatory element chr12.283 Neighboring gene OCT4-NANOG-H3K27ac-H3K4me1 hESC enhancer GRCh37_chr12:6378001-6378746 Neighboring gene ATAC-STARR-seq lymphoblastoid silent region 4158 Neighboring gene ATP synthase membrane subunit f pseudogene 5 Neighboring gene Sharpr-MPRA regulatory region 10601 Neighboring gene H3K4me1 hESC enhancer GRCh37_chr12:6390295-6390794 Neighboring gene ReSE screen-validated silencer GRCh37_chr12:6402555-6402765 Neighboring gene H3K27ac hESC enhancer GRCh37_chr12:6404819-6405319 Neighboring gene H3K27ac-H3K4me1 hESC enhancer GRCh37_chr12:6418662-6419382 Neighboring gene ATAC-STARR-seq lymphoblastoid silent region 4159 Neighboring gene ATAC-STARR-seq lymphoblastoid active region 5844 Neighboring gene H3K4me1 hESC enhancer GRCh37_chr12:6427837-6428456 Neighboring gene pleckstrin homology and RhoGEF domain containing G6 Neighboring gene NANOG-H3K27ac-H3K4me1 hESC enhancer GRCh37_chr12:6432098-6432639 Neighboring gene ATAC-STARR-seq lymphoblastoid active region 5846 Neighboring gene H3K27ac-H3K4me1 hESC enhancer GRCh37_chr12:6433181-6433722 Neighboring gene H3K27ac-H3K4me1 hESC enhancer GRCh37_chr12:6433723-6434262

基因组区域、转录物和产物

表达式

  • 项目名称:HPA RNA-seq正常组织
  • 描述:对代表27种不同组织的95名人类个体的组织样本进行RNA-seq,以确定所有蛋白编码基因的组织特异性
  • 生物项目:项目编号:4337
  • 出版物:项目管理标识号24309898
  • 分析日期:2018年4月4日星期三07:08:55

参考文献

GeneRIFs:功能的基因引用

什么是GeneRIF?

表型

EBI GWAS目录

描述
全基因组关联研究确定与紫杉醇诱导的周围感觉神经病变有关的肾上腺素A型受体。
对东亚人的大规模遗传研究确定了六个与结直肠癌风险相关的新基因座。
巨核细胞生成和血小板形成中的新基因功能。

HIV-1相互作用

蛋白质相互作用

蛋白质 基因 互动 酒吧
包膜表面糖蛋白gp120 环境价值 通过CD9和CD63抑制细胞-细胞融合需要Env向富含四spanin的微域(TEM)招募 公共医学
环境价值 四spanin蛋白,如CD9、CD63、CD81、CD82和CD231,以HIV-1包膜蛋白(Env)非依赖性的方式整合在释放病毒的膜上,并具有抑制HIV-1环境介导感染的潜力 公共医学
环境价值 CD81和CD9的过度表达使细胞对HIV-1 gp120/gp41介导的合胞体形成不太敏感;抗CD9和CD81抗体增强合胞体形成 公共医学
Pr55(间隙) 堵住 HIV-1 Gag在质膜上招募CD9并将其捕获到Gag组装位点,这取决于Gag聚合和胆固醇的存在 公共医学
堵住 HIV-1 Gag蛋白与四spanins CD9、CD81和CD82在富含CD63的微结构域中共定位 公共医学
堵住 CD9和CD63对环境介导的细胞-细胞融合抑制需要HIV-1 Gag的存在 公共医学
矩阵 堵住 HIV-1 MA与CD9在单核细胞源性巨噬细胞中共存 公共医学

转到HIV-1人类交互数据库

PubChem的途径

互动

产品 交互作用者 其他基因 复杂 来源 酒吧 描述

一般基因信息

标记

克隆名称

  • FLJ99568型

基因本体论 GOA提供

功能 证据代码 酒吧
启用整合素结合 国际开发协会
根据直接分析推断
更多信息
公共医学 
实现蛋白质结合 IPI公司
从物理相互作用推断
更多信息
公共医学 

一般蛋白质信息

首选名称
CD9抗原
姓名
5H9抗原
BA-2/p24抗原
CD9抗原(p24)
抗原CD9
细胞生长抑制基因2蛋白
白细胞抗原MIC3
运动相关蛋白-1
四spanin-29

NCBI参考序列(RefSeq)

新款 尝试新的成绩单表

独立于注释的RefSeq维护基因组

这些参考序列独立于基因组构建而存在。解释

这些参考序列与基因组无关注释循环,因此其版本可能与当前的RefSeq版本不匹配基因组构建。通过比较中RefSeq的版本来确定版本不匹配本节至中报告的那一节基因组区域,成绩单和产品以上。

基因组学

  1. NG_055677.1参考序列基因

    范围
    5694..43560
    下载
    GenBank(基因银行),美国金融服务贸易协会,序列查看器(图形),轻轨_1189

mRNA和蛋白质

  1. NM_001330312.2号NP_001317241.1号CD9抗原亚型2

    状态:已审阅

    描述
    转录变体:与变体1相比,该变体(2)在5’UTR中包含一个替代外显子,缺少部分5’编码区,并在下游起始密码子处开始翻译。与亚型1相比,编码亚型(2)具有较短的N末端。变体2和11-14都编码相同的亚型(2)。
    源序列
    AI003581、AL523128、X60111
    共识CDS
    CCDS81654.1号文件
    UniProtKB/TrEMBL公司
    A6NNI4型,第4页第0页
    相关的
    ENSP00000494858.1,恩斯特00000642746.1
    保守领域(1)总结
    cd03152号
    地点:42124
    CD9_LEL;四spanin,胞外结构域或大胞外环(LEL),CD9家族。四spanins是具有4个跨膜片段的跨膜蛋白。N端和C端均位于膜的细胞内侧。此路线模型跨越。。。
  2. NM_001413241.1NP_001400170.1号CD9抗原亚型3

    状态:已审阅

    源序列
    AC006057型
    UniProtKB/TrEMBL公司
    A0A087WU13号机组
    相关的
    ENSP0000478288.2号,ENST00000610354.5标准
  3. NM_001413242.1NP_001400171.1号CD9抗原亚型4

    状态:已审阅

    源序列
    AC006057型
    UniProtKB/TrEMBL公司
    G8JLH6型
    相关的
    ENSP0000371959.5号文件,ENST00000382519.9
  4. NM_001413243.1号NP_001400172.1号CD9抗原亚型1

    状态:已审阅

    源序列
    AC006057型
    UniProtKB/Swiss-Prot公司
    D3DUQ9型,第21926页,Q5J7W6型,问题96ES4
    相关的
    ENSP00000371958.1标准,恩斯特00000382518.6
  5. 纳米_001413244.1核电厂_001400173.1CD9抗原亚型5

    状态:已审阅

    源序列
    AC006057型
  6. NM_001413245.1NP_001400174.1号CD9抗原亚型6

    状态:已审阅

    源序列
    AC006057型
  7. NM_001413246.1NP_001400175.1号CD9抗原亚型7

    状态:已审阅

    源序列
    AC006057型
  8. NM_001413247.1NP_001400176.1号CD9抗原亚型8

    状态:已审阅

    源序列
    AC006057型
  9. NM_001413248.1NP_001400177.1号CD9抗原亚型9

    状态:已审阅

    源序列
    AC006057型
  10. NM_001413249.1NP_001400178.1号CD9抗原亚型2

    状态:已审阅

    源序列
    AC006057型
    UniProtKB/TrEMBL公司
    A6NNI4型
    相关的
    恩斯特00000676788.1
  11. 纳米_001413250.1核电厂_001400179.1CD9抗原亚型2

    状态:已审阅

    源序列
    AC006057型
    UniProtKB/TrEMBL公司
    A6NNI4型
  12. NM_001413251.1号NP_001400180.1号CD9抗原亚型2

    状态:已审阅

    源序列
    AC006057型
    UniProtKB/TrEMBL公司
    A6NNI4型
    相关的
    ENSP0000371955.2号文件,ENST00000382515.7标准
  13. NM_001413252.1NP_001400181.1号CD9抗原亚型2

    状态:已审阅

    源序列
    AC006057型
    UniProtKB/TrEMBL公司
    A6NNI4型
    相关的
    ENSP0000495090.1标准,ENST00000646407.1标准
  14. NM_001769.4号NP_001760.1号CD9抗原亚型1

    参见NP_001760.1的相同蛋白质及其注释位置

    状态:已审阅

    描述
    转录变体:该变体(1)编码亚型1。变体1和5编码相同的亚型(1)。
    源序列
    AI003581、BM763066、X60111
    共识CDS
    CCDS8540.1号机组
    UniProtKB/Swiss-Prot公司
    D3DUQ9型,第21926页,质量5j7w6,第96季度第4季度
    UniProtKB/TrEMBL公司
    A0A7I2V3T7
    相关的
    ENSP0000009180.4号机组,ENST0000009180.10号
    保守领域(2)总结
    cd03152号
    地点:111193
    CD9_LEL;四spanin,胞外结构域或大胞外环(LEL),CD9家族。四spanins是具有4个跨膜片段的跨膜蛋白。N端和C端均位于膜的细胞内侧。此路线模型跨越。。。
    pfam00335型
    地点:10217
    四spannin;Tetraspanin家族

注释基因组的参考序列:GCF_000001405.40-RS_2023_10

以下部分包含属于特定基因组构建。解释

参考GRCh38.p14一次组件

基因组学

  1. NC_000012.12参考GRCh38.p14初级组件

    范围
    6199946..6238266
    下载
    GenBank(基因银行),美国金融服务贸易协会,序列查看器(图形)

mRNA和蛋白质

  1. XM_005253814.5号XP_005253871.1号CD9抗原亚型X1

    参见XP_005253871.1的相同蛋白质及其注释位置

    UniProtKB/TrEMBL公司
    B4DK09型
    保守领域(2)总结
    cl02781号
    地点:111149
    tetraspanin_LEL;四spanin、胞外结构域或大胞外环(LEL)。四spanins是具有4个跨膜片段的跨膜蛋白。N端和C端均位于膜的细胞内侧。此路线模型跨越。。。
    pfam00335型
    地点:9147
    四spannin;Tetraspanin家族

备选T2T-CHM13v2.0

基因组学

  1. NC_060936.1替代T2T-CHM13v2.0

    范围
    6207556..6245881
    下载
    GenBank(基因银行),美国金融服务贸易协会,序列查看器(图形)

mRNA和蛋白质

  1. XM_054373859.1XP_054229834.1号CD9抗原亚型X1