BLAST+2.14.0:2023年4月25日
错误修复
修复了数据库名称前的空格导致rpsblast可执行文件崩溃的问题。
修复了使用-use_sw_tback选项的多线程一致性问题。
修复了blastn可执行文件崩溃的问题。
修复了update_blast.pl的退出代码问题
更正了blastn-short任务的预期值设置
修复了tblastn可执行文件中表格格式的sstrand的问题。
BLAST+2.13.0:2022年3月11日
改进
TBLASTN现在可以处理多达20亿个碱基(以前是10亿)的数据库序列
Makeblastdb默认卷大小现在为30亿个基数(以前为10亿)
Dustmasker有一个新选项,可以用N(硬)替换低复杂性区域遮蔽) 如果Makeblastdb遇到大于最大支持大小(2147483647个字母)的序列,它将发出错误消息并退出。
BLAST+2.12.0:2021年6月28日
对于此版本,我们对模块进行了重大重组,该模块读取爆炸数据库。对于多线程搜索,这些更改减少了互斥调用的数量,导致使用更少的文件指针,并减少了对内存映射的调用数量。这些更改还允许我们支持不同的线程模型(“线程查询“)在某些情况下效率更高。请参见https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK571452/了解更多信息。
注释:NCBI正准备为其GI标识符使用更大的数字范围。该版本为今年晚些时候将出现在核苷酸数据库中的这些GI提供了全面支持。
新功能
线程执行者查询批处理(对于BLASTN、BLASTP、BLASTX、RPSBLAST和RPSTBLASDN)可以更高效爆炸大量查询,特别是当数据库较小或搜索受到taxid限制时。使用“-mt_mode 1”启用此选项。 对于较小的数据库,Makeblastdb需要较少的虚拟内存。
Makeprofiledb为CDD数据库创建多个卷,这允许RPSBLAST处理更多的记录。可以使用new-new_SMP_vol选项控制卷中包含的SMP文件的数量。
update_blastdb.pl现在支持NCBI上托管的数据库的“-showall-bety”选项。
update_blastdb.pl现在以ISO8601格式报告数据库时间戳。
BLAST+2.11.0:2020年10月19日
新功能
线程执行者查询rpsblast/rpstblast罐批次爆炸大量查询速度更快。对于大量查询,使用-mt选项可以更有效地多线程搜索。
错误修复
删除blast_formatter的网络连接的必要性。如果可以在本地找到数据库,这也会加快blast_formatter的速度。
RPSBLAST和RPSTBLASTN的堆芯转储已修复。
windows的Makeblastdb已修复为不需要那么多虚拟内存,也不会生成过大的LMDB文件。
BLAST+2.10.0:2019年12月16日
错误修复
还原BLASTN的总和统计信息(-sum_stat参数)。
修复使用subject_besthits标志时的Blast-archive生成/接收。
修复提供给税单参数的文件中的空行问题。
修复blastdb_aliastove输入文件大小溢出问题。
使用二进制GI列表文件修复Windows中的blastdb_aliastoon问题。
使用中的-remote选项修复搜索失败爆炸+ 2.9.0. 修复Windows中标准输入的读取。
修复描述defline中缺少的空格。
修复表格中的分段错误爆炸序列没有defline时的输出格式。 修复以防止在访问可用时以Seq-align输出格式生成本地Seq-ID。
修复搜索受分类法限制时的blast_formatter输出。
BLAST+2.9.0:2019年4月1日
错误修复
修复taxID过滤与基于掩码的别名相结合爆炸数据库。
BLAST+2.8.0:2018年3月28日
注释:这是一个alpha版本,允许用户测试和评论新功能
错误修复
修复makeblastdb产生虚假文件的问题遮蔽信息。 修复无法检索表格输出的分类信息的问题。
BLAST+2.6.0:2017年1月9日
改进
添加对NCBI_DONT_USE_LOCAL_CONFIG和NCBI_DON _USE_NCBIRC环境变量的支持。
使用entry_batch参数时,blastdbcmd的运行时性能更好。
SAM输出改进。
已更改间隙对齐将产生次优路线的机会降至最低的起点。 对于util/tables源文件中没有的自定义矩阵,请使用BLOSUM62报告阳性数。
向blastdbcmd添加了long_seqids标志,以使用long(遗留)NCBI Seq-id格式。
BLAST+2.5.0:2016年9月12日
新功能
rpstblastn的基于合成的统计信息。
增加了分类生物报告的输出格式。
BLAST+2.4.0:2016年6月2日
改进
使用包含许多歧义的输入加快makeblastdb运行时性能。
更好地支持makeblastdb的taxid_map选项中的“裸”ID。
在蛋白质和翻译搜索中,将U(硒代半胱氨酸)评分为C(而不是X)。
BLAST+2.3.0:2015年12月21日
错误修复
处理多线程上下文的最佳结果。
修复了使用参数2调用基于合成的统计信息时出现的内存泄漏。
写入输出文件失败时返回非零退出代码。
对多文件XML2输出格式使用XInclude文件中的相对路径。
修复了blastx中的内存泄漏。
修复了标准输出与文件的XML2输出不一致的问题。
修复了psiblast错误处理大输入MSA的问题。
BLAST+2.2.1:2015年5月18日
改进
在错误/警告消息前面加上应用程序的名称。
即使没有GI,也允许多个defline。
下载更简明的数据库信息以进行远程搜索。
BLAST+2.2.30:2014年10月6日
改进
添加了新的命令行选项qcov_hsp_perc,用于删除指定的以下对齐查询新闻报道。 为打印添加了选项line_length对齐长度(出口0-4)。 添加了更大的缺口PAM30和PAM70矩阵的惩罚。 psiblast现在接受numiterations为0,表示迭代直到收敛。
默认情况下,rpclast使用基于组合的统计信息。使用“-comp_based_stats F-seg yes”恢复旧行为。
改进了blastn多线程性能,适用于许多使用小型数据库的查询。
将cmdline选项-sum_stats(以前是-sum_satistics)从flag更改为boolean。
错误修复
修复了从创建的PSSM的makeprofiledb处理多序列比对. 修复了提供的窗口大小不正确时出现的windowmasker分段错误。
修复了重复序列上的makeblastdb分段错误。
允许使用小写字母指定评分矩阵。
修复了输出文件没有可用磁盘空间时的退出代码。
修复了使用-outmt“6 sseqid”中的seqids列表作为–seqidlist输入的问题。
修正了culling_limit排除顶级命中的错误。
修复了max_target_seqs无法与psiblast一起使用的错误。
BLAST+2.2.29:2014年1月3日
改进
改进了基于蛋白质和翻译搜索的合成统计中使用的主题序列分割标准。
改进了从中检索分类数据时的blastdbcmd性能爆炸数据库。 blastdb_aliastoon支持从文件中读取blastdb列表。
默认情况下,源版本会生成优化的多线程二进制文件。
多线程回溯:提高核苷酸的性能爆炸使用大型(>25k)查询。 使makeprofiledb错误消息更加用户友好。
无间隙爆炸默认情况下不再使用总和统计信息。使用-sum_statistics标志恢复旧行为。
错误修复
允许update_blastdb.pl处理包含100个以上卷的数据库。
当使用-parse_seqids且无效时,makeblastdb提供错误消息美国金融服务贸易协会提供了。 ASCII码PSSM系统psiblast和deltablast的输出以更可读的方式显示两位数的分数。 删除了在没有多线程的情况下生成二进制文件的-num_threads选项。
修复了针对多个主题序列搜索多个查询时的deltablast失败。
修复了来自的示例中的segmasker异常爆炸食谱。 修复了使用导入搜索策略时有关索引巨型爆炸的虚假警告。
修复了在使用多个查询运行blastn时丢失的命中数,单词大小为7,评估值较大,复杂性不低过滤. 修复了ASN.1输入中的间隙处理。
修复了blast_formatter的XML输出中Statistics_hsp-len值为0的问题。
表格输出不再忽略-db_gencode参数。
删除了blastdb_aliastow-num_volumes中的100体积限制。
BLAST+2.2.28:2013年3月19日
新功能
rpsblast中基于组合的统计支持
支持查询自定义表格输出格式中的覆盖率、主题序列标题和分类数据 批处理子序列检索的blastdbcmd支持
错误修复
XML输出中asterix字符的格式
内存外的分段错误
与-remote和-out_asci_pssm一起使用时,DeltaBLAST中的分段错误
blastdbcmd显示未使用-parse_seqid生成的数据库的内部序列ID
blastdbcmd未获取完整序列ID和-target_only的序列数据
blastn缺少一个小字号的命中率
从Genbank获取序列数据时发生blastn崩溃
与-remote选项一起使用并搜索多个时,DeltaBLAST不返回命中查询 索引megablast的初始化问题
使用-import_search_strategy的psiblast问题
blast_formatter显示为空查询用于DeltaBLAST RID ASN.1输入的makeblastdb问题
acclist和maskinfo_xml输出格式的防尘罩错误
依赖-max_target_seqs的HSPs的blastx报告
psiblast以表格输出格式显示查询数
使用-ungapped和-comp_based_stats F时出现blastx错误
BLAST+2.2.27:2012年9月10日
新功能
blastx的基于成分的统计。
添加了seedtop-用于搜索输入序列或爆炸数据库。
错误修复
修复了向blastn提供GI输入格式时的格式错误。
修复了blast_formatter、blastdbcmd中的错误。
序列中的asterix(stop-codon)未正确渲染。
在blastp中的Smith-Waterman选项将导致seg过滤主题序列,即使基于合成的统计没有被使用。 makeblastdb taxid_map选项被破坏。
BLAST+2.2.26:2012年1月31日
改进
blast_formatter应用程序现在可以格式化bl2seq RID。
PSI-爆炸可以生成存档格式,blast_formatter可以格式化输出。 PSI-爆炸有两个新选项可用于多序列对齐:ignore_msa_master和msa_mster_idx(请参阅BLAST+手册)。 mkmbindex现在可以从爆炸数据库和ASN.1遮蔽数据。 现在,blastp/blastx/tblastn/rpsblast使用了改进的有限尺寸校正。
FSC从查询以及用于计算期望值的数据库序列长度。新的FSC产生了更准确的期望值,特别是对于与短查询或目标序列的对齐。通过将环境变量old_FSC设置为非NULL值,重新启用旧的大小校正。 blastdbcmd-range参数现在接受第二个参数的空白值,以表示序列的结束(例如,-range“100-”)
在有许多匹配的结果中,长数据库序列的性能得到了改进。
错误修复
如果subject_loc和lcase_masking一起使用,就会出现一个大问题。
当输入不可用时,Makeblastdb未能返回错误。
格式化选项-outmt“7 nident”始终打印为零。
搜索策略没有正确保存-db_soft_mask选项。
读取小写字母时出现问题遮蔽来自查询可能会导致搜索失败。
BLAST+2.2.26:2011年3月15日
改进
允许Blast2Sequences模式的Best Hit选项和XML格式
允许指定任何多序列比对使用-in_msa psiblast参数作为主控序列。 向makeblastdb添加可选的-input_type参数。
seqidlist参数的性能得到了改进。
描述和对齐的最少数量现在用于表格和
XML输出(与旧的blastall应用程序的行为一致)。
错误修复
Makeblastdb和blastdbcmd在解析、存储和检索序列标识符时出现问题。
表格输出中缺少主题标识符。
Blast_formatter忽略-num_alignments和-num_descriptions
使用多个查询可能会错误保存爆炸存档格式。
Blast_formatter建立了不需要的网络连接。
Blast_formatter未保存遮蔽信息正确。 如果搜索多个序列,Rpstblastn可能会崩溃。
索引的megablast不会在多线程模式下运行。
中的查询标题PSSM系统psiblast拯救的灵魂没有被储存。 对于多个查询或大型数据库序列,可能无法在多线程模式下运行。
Tblastn与数据库一起运行遮蔽可能会错过比赛。
BLAST+2.2.24错误修复版本:2010年10月30日
错误修复
改进了makeblastdb性能和taxid_map选项
修复了blastn和megablast上的分段错误
修复了定义行中带有额外空格的序列输入的截断输出
修复了MacOSX 10.5上MacOSX二进制文件的问题
BLAST+2.2.22内部错误修复版本:2009年11月2日
BLAST+2.2.17内部版本:2008年9月24日
修复以防止初始种子扩展超出上下文边界。
打印blastdbcmd的%a输出格式的加入和版本。
gilists/negative gilists不保存在搜索策略中,也不支持远程blast搜索。
针对MacOSX修复了legacy_blast.pl,并扩展了对megablast格式选项(-D,-f)的支持。
Mac安装程序的增强功能,可以将安装路径添加到用户的path。
ASN.1输出现在是Seq-annot类型。
-lcase_masking选项现在适用于主题序列和查询。
修复了使用非冗余序列创建屏蔽数据库的错误爆炸数据库作为其数据源。
BLAST+2.2.16内部版本:2008年8月21日