iCn3D:基于web的3D结构查看器
 
 
 
 
  iCn3D("我在3D中看到“)是基于WebGL的查看器,用于交互式查看三维大分子结构化学制品在web上,无需安装单独的应用程序。可以从“分子图解法“显示在结构摘要页面上的分子模型数据库(MMDB).

作为例子,打开的MMDB摘要页面1个以上,然后按 “3D视图”按钮在分子图形的左下角,将iCn3D的基本版本加载到页面中。或者,按 “全功能3D查看器”按钮在分子图形的右下角,在单独的窗口中打开iCn3D的高级(全功能)版本。您还可以直接访问高级版本,网址为https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/icn3d/full.html,您可以在其中使用“文件”菜单通过ID检索结构或在本地计算机上打开结构文件。

iCn3D 2.20.0现在可用在NCBI web服务器和GitHub上(https://github.com/ncbi/icn3d). 用户现在可以查看30000个原子内任何3D结构子集的静电势图。通过求解线性泊松-玻尔兹曼方程,使用DelPhi程序计算电势。用户可以显示表面电位或显示等电位图。势图定性地显示了电荷对分子相互作用的影响。这个例子显示了Gleevec与Abl2结合的静电势。配体显示-25 mV(红色)和+25 mV(蓝色)等电位图,网格尺寸为65,盐浓度为0.15 M,pH值为7。蛋白质的表面电位梯度为-75 mV(红色)到+75 mV(蓝色)。可以从菜单“分析>DelPhi电位”访问此新功能。用户还可以下载PQR文件格式和指定的部分费用。
最近引入的其他功能包括:
更多功能列于www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/icn3d/icn3d.html
 
 
 
 
 
  使用iCn3D无需安装单独的应用程序;你只需要使用支持的web浏览器网络GL。如果您的浏览器不支持WebGL,则可能需要修改浏览器中的设置以启用WebGL或将您的web浏览器更新为支持web GL的更新版本。(请参阅网络GL有关与各种web浏览器兼容性的更多信息,请访问。)  
 
  这个源代码GitHub提供iCn3D的https://github.com/ncbi/icn3d对于希望在本地运行程序的用户,以及希望自定义iCn3D和/或贡献代码的用户:
  • 这个完整的分发副本iCn3D的https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/icn3d/icn3d-2.24.5.zip.该文件包括NCBI编写的代码以及相应的第三方JavaScript库,如jQuery和Three.js。

  • 这个开发版本iCn3D的可供想要自定义和/或为iCn三维程序贡献代码的开发人员使用。单击“下载ZIP”按钮在中右上角github页面下载该版本,其中只包括在NCBI中编写的代码,而不包括相应的第三方javascript库,如jQuery或Three.js。
 
 
  有关iCn3D的其他信息,请参阅以下页面:  
 
 
     
2020年10月21日修订