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在中直接搜索 相关结构 服务，使用蛋白质GI编号作为查询：
 
这个相关结构主页 使您能够输入序列标识号（即GI编号)任何蛋白质序列在中提供Entrez蛋白数据库，并检索相关结构（如果可用），这些结构已预先计算以进行快速检索。对于例子:
- 打开相关结构主页.
- 在文本框中，输入463989，这是蛋白质添加的GI编号AAC50285型：DNA错配修复蛋白同源物[智人]。）
- 按下“查找相关结构按钮检索与您的查询序列相似的蛋白质，这些蛋白质具有实验解析的结构(查看相关结构用于此示例查询。）
来自的链接Entrez蛋白相关结构的序列记录：
Entrez蛋白 序列记录显示还通过显示“相关结构”链接在蛋白质序列记录的右边缘显示。对于例子:
针对PDB数据集的蛋白质BLAST，使用蛋白质GI编号作为查询：
蛋白质爆炸搜索结果还通过显示“结构”链接蛋白质上成对序列比对的右边缘爆炸结果页面，如果BLAST命中来自蛋白质数据库（PDB）。对于例子:
- 打开蛋白质BLAST查询页面，然后输入463989作为蛋白质查询序列（463989是GI编号人类MLH1蛋白同源物）。在“选择搜索集“查询页的节，选择”蛋白质数据库蛋白质（pdb），”并按页面底部附近的“BLAST”按钮开始搜索。在GI 463989的BLAST结果页，单击任何点击的描述以查看蛋白质查询序列和BLAST点击之间的成对对齐。每个双序列比对将显示“相关信息：结构”链接因为所有BLAST点击都来自我们选择作为搜索集的蛋白质数据库，因此具有3D结构。
- 注：如果选择默认值“nr”（非冗余）数据库（而不是“蛋白质数据库蛋白质（pdb）”）选择搜索集”菜单中，则只有具有3D结构的点击才会在其成对对齐的右边距中显示“相关信息：结构”链接。如果在成对对齐右边距中没有看到“相关信息”链接，则意味着BLAST点击不是来自3D结构记录。
针对PDB数据集的蛋白质BLAST，使用蛋白质序列数据（inFASTA格式)作为查询：
如果您的查询蛋白是不但在Entrez蛋白质数据库中公开可用（因此还没有GI编号），您仍然可以通过执行爆炸搜索您的查询蛋白质序列数据与来自蛋白质数据库（PDB）每个都有一个实验解析的3D结构。要执行此操作:
- 打开蛋白质BLAST搜索页
- 在“输入查询序列“”部分，键入/粘贴您的查询蛋白质序列数据（最好在FASTA格式)进入文本字段框。
- 在“选择搜索集页面的节，选择蛋白质数据库蛋白质（pdb）“作为要搜索的数据库。
- 单击页面底部附近的“BLAST”按钮开始搜索。
- BLAST搜索完成后，单击感兴趣的点击以查看其与查询序列的成对序列对齐。寻找“结构”链接。单击“结构”链接，相关结构服务将在新窗口/选项卡中打开。
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