ALFA等位基因频率
ALFA项目提供了dbGaP的总等位基因频率。有关该项目的更多信息第页包括描述、数据访问和使用条款。
发布版本: 20230706150541
人口 |
组 |
样本大小 |
参考通道 |
Alt Allele(Alt通道) |
总计
|
全球的 |
23038 |
A=0.99996 |
G=0.00004 |
欧洲的
|
附属的 |
15752 |
A=0.99994 |
G=0.00006 |
非洲的
|
附属的 |
3492 |
A=1.0000 |
G=0.0000 |
非洲其他国家
|
附属的 |
122 |
A=1.000 |
G=0.000 |
非裔美国人
|
附属的 |
3370 |
A=1.0000 |
G=0.0000 |
亚洲的
|
附属的 |
168 |
A=1.000 |
G=0.000 |
东亚
|
附属的 |
112 |
A=1.000 |
G=0.000 |
其他亚洲人
|
附属的 |
56 |
A=1.00 |
G=0.00 |
拉丁美洲1
|
附属的 |
146 |
A=1.000 |
G=0.000 |
拉丁美洲2
|
附属的 |
610 |
A=1.000 |
G=0.000 |
南亚
|
附属的 |
98 |
A=1.00 |
G=0.00 |
其他
|
附属的 |
2772 |
A=1.0000 |
G=0.0000 |
帮助
频率选项卡显示了不同研究和人群报告的参考和替代等位基因频率表。表中的行,其中Population=“Global”指整个研究人群,而行,其中Group=“Sub”指研究特定的人群亚组(即AFR、CAU等)(如果可用)。交替等位基因(Alt allele)的频率是观察到的样本与总数的比率,其中分子(观察到的样品)是研究中存在次要等位基因的染色体数量(见“样本大小”,其中组=“Sub”),分母(总样本)是变体研究中所有染色体的总数(见“样本大小”,其中Group=“study-wide”,Population=“Global”)。
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帮助
Variant Details(变量详细信息)选项卡显示基因组序列上的已知变量位置:染色体(NC_)、RefSeqGene、假基因或基因组区域(NG_),并在单独的表中显示:转录物(NM_)和蛋白质序列(NP_)。相应的转录物和蛋白质位置列在相邻行中,以及分子后果从序列本体当没有蛋白质放置时,只列出转录本。“Codon[氨基酸]”列显示了“Reference>Alternate”等位基因格式中的实际碱基变化,包括转录物中的核苷酸密码子变化和蛋白质中的氨基酸变化,允许已知的核糖体滑移位点。要查看与变体相邻的核苷酸,请使用页面底部的基因组视图-放大序列,直到变体周围的核苷酸可见。
基因组植入
序列名称 |
更改 |
GRCh38.p14第16页 |
NC_000016.10:g.31363354A>g |
GRCh37.p13第16页 |
NC_000016.9:g.31374675A>g |
ITGAX参考SeqGene |
NG_011451.1:g.13167A>g |
分子类型 |
更改 |
氨基酸[密码子] |
SO术语 |
ITGAX转录变体1 |
NM_001286375.2:约1690A>G
|
我[A类总费用]>V[G公司总费用]
|
编码序列变量 |
整合素α-X亚型1前体 |
NP_001273304.1:p.Ile564值
|
I(Ile)>V(Val)
|
误读变量 |
ITGAX转录变体2 |
NM_000887.5:c.1690A>G
|
我[A类总费用]>V[G公司总费用]
|
编码序列变量 |
整合素α-X亚型2前体 |
NP_000878.2:p.Ile564Val公司
|
I(Ile)>V(Val)
|
误读变量 |
ITGAX转录物变体X1 |
XM_047434074.1:c.1690A>G
|
我[A类总费用]>V[G公司总费用]
|
编码序列变量 |
整合素α-X亚型X1 |
XP_047290030.1:第564Val页
|
I(Ile)>V(Val)
|
误读变量 |
ITGAX转录变体X2 |
XM_024450263.2:c.640A>G
|
我[A类总费用]>V[G公司总费用]
|
编码序列变量 |
整合素α-X亚型X2 |
XP_024306031.1:第214Val页
|
I(Ile)>V(Val)
|
误读变量 |
ITGAX转录变体X3 |
XM_011545852.2:c.1690A>G
|
我[A类总费用]>V[G公司总费用]
|
编码序列变量 |
整合素α-X亚型X3 |
XP_011544154.1:第564页
|
I(Ile)>V(Val)
|
误读变量 |
ITGAX转录变体X4 |
XM_047434075.1:c.1690A>G
|
我[A类总费用]>V[G公司总费用]
|
编码序列变量 |
整合素α-X同种型X4 |
XP_047290031.1:第564Val页
|
I(Ile)>V(Val)
|
误读变量 |
ITGAX转录变体X5 |
XM_011545854.2:c.1690A>G
|
我[A类总费用]>V[G公司总费用]
|
编码序列变量 |
整合素α-X亚型X5 |
XP_011544156.1:第564页
|
I(Ile)>V(Val)
|
误读变量 |
帮助
别名选项卡显示HGVS名称,表示每个等位基因在基因组、转录物和蛋白质序列上的变异位置和等位基因变化。HGVS名称是用于报告序列加入和版本、序列类型、位置和等位基因变化的表达式。“注释”列可以有两个值:“diff”表示HGVS名称中报告的位置参考等位基因(变异间隔)与其他HGVSs名称中报告参考等位蛋白之间存在差异,以及“rev”是指HGVS名称中报告的位置处该变化间隔的序列与其他未标记为“rev”的HGVS名称中该变化的序列方向相反。
安置 |
A类= |
G公司 |
GRCh38.p14第16页 |
NC_000016.10:g.31363354= |
NC_000016.10:g.31363354A>g |
GRCh37.p13第16页 |
NC_000016.9:g.31374675= |
NC_000016.9:g.31374675A>g |
ITGAX参考SeqGene |
NG_011451.1:g.13167= |
NG_011451.1:g.13167A>g |
ITGAX转录变体2 |
NM_000887.5:约1690= |
NM_000887.5:c.1690A>G |
ITGAX转录变体2 |
NM_000887.4:c.1690= |
NM_000887.4:c.1690A>G |
ITGAX转录本 |
NM_000887.3:c.1690= |
NM_000887.3:c.1690A>G |
ITGAX转录变体1 |
NM_001286375.2:约1690= |
NM_001286375.2:c.1690A>G |
ITGAX转录变体1 |
NM_001286375.1:约1690= |
NM_001286375.1:c.1690A>G |
ITGAX转录变体X2 |
XM_024450263.2:约640= |
XM_024450263.2:c.640A>G |
ITGAX转录物变体X2 |
XM_024450263.1:约640= |
XM_024450263.1:c.640A>G |
ITGAX转录变体X3 |
XM_011545852.2:约1690= |
XM_011545852.2:c.1690A>G |
ITGAX转录变体X3 |
XM_011545852.1:约1690= |
XM_011545852.1:c.1690A>G |
ITGAX转录变体X5 |
XM_011545854.2:约1690= |
XM_011545854.2:c.1690A>G |
ITGAX转录变体X4 |
XM_011545854.1:约1690= |
XM_011545854.1:c.1690A>G |
ITGAX转录变体X1 |
XM_047434074.1:约1690= |
XM_047434074.1:c.1690A>G |
ITGAX转录变体X4 |
XM_047434075.1:约1690= |
XM_047434075.1:c.1690A>G |
整合素α-X亚型2前体 |
NP_000878.2:第564页= |
NP_000878.2:p.Ile564Val公司 |
整合素α-X亚型1前体 |
NP_001273304.1:第564页= |
NP_001273304.1:p.Ile564Val |
整合素α-X亚型X2 |
XP_024306031.1:第114页= |
XP_024306031.1:第214Val页 |
整合素α-X亚型X3 |
XP_011544154.1:第564页= |
XP_011544154.1:第564页 |
整合素α-X亚型X5 |
XP_011544156.1:第564页= |
XP_011544156.1:第564页 |
整合素α-X亚型X1 |
XP_047290030.1:第564页= |
XP_047290030.1:p.Ile564阀门 |
整合素α-X亚型X4 |
XP_047290031.1:第564页= |
XP_047290031.1:第564Val页 |
帮助
Submissions选项卡显示最初提交给dbSNP的变体,现在支持这个RefSNP集群。当提交首次出现时,我们显示提交者句柄、提交标识符、日期和内部版本号。直接提交给dbSNP的Submission ID采用ss-prefixed number(ss#)的形式。表中列出了其他支持变量,但没有ss#。
15 SubSNP,7频率提交
不 |
提交人 |
提交ID |
日期(制造) |
1 |
1000个基因组 |
ss464540352号
|
2011年9月17日(135) |
2 |
1000个基因组 |
ss491102028号
|
2012年5月4日(137) |
3 |
1000个基因组 |
编号1355984408
|
2014年8月21日(142) |
4 |
EVA_EXAC公司 |
第1692272723号标准
|
2015年4月1日(144) |
5 |
伊利诺伊州 |
编号:2094890386
|
2016年12月20日(150) |
6 |
GNOMAD公司 |
ss2741938921号
|
2017年11月8日(151) |
7 |
GNOMAD公司 |
ss2749528227号
|
2017年11月8日(151) |
8 |
GNOMAD公司 |
密码2942142567
|
2017年11月8日(151) |
9 |
经济增加值 |
ss3753865662号
|
2019年7月13日(153) |
10 |
TOPMED公司 |
不锈钢5012931559
|
2021年4月27日(155) |
11 |
1000G_高_覆盖 |
不锈钢5300696308
|
2022年10月16日(156) |
12 |
经济增加值 |
ss5423288774号
|
2022年10月16日(156) |
13 |
1000G_高_覆盖 |
密码5603188770
|
2022年10月16日(156) |
14 |
经济增加值 |
ss5898856476号
|
2022年10月16日(156) |
15 |
经济增加值 |
ss5950187037标准
|
2022年10月16日(156) |
16 |
1000基因组 |
NC_000016.9-31374675 |
2018年10月12日(152) |
17 |
1000基因组_30x |
NC_000016.10-31363354 |
2022年10月16日(156) |
18 |
ExAC公司 |
NC_000016.9-31374675 |
2018年10月12日(152) |
19 |
gnomAD-基因组 |
NC_000016.10-31363354 |
2021年4月27日(155) |
20 |
gnomAD-外显子 |
NC_000016.9-31374675 |
2019年7月13日(153) |
21 |
TopMed公司 |
NC_000016.10-31363354 |
2021年4月27日(155) |
22 |
ALFA公司 |
NC_000016.10-31363354 |
2021年4月27日(155) |
帮助
“历史记录”选项卡显示以前版本(Build)中的RefSNP(关联ID),这些版本现在支持当前RefSNP,以及为每个关联ID更新历史记录的日期(历史更新)。
添加到此RefSNP群集:
提交ID |
观察SPDI公司 |
标准SPDI公司 |
源RSID |
编号:2094890386 |
NC_000016.8:31282175:答:G |
NC_000016.10:31363353:答:G |
(自我) |
69139657,2678134,11217448,ss464540352,ss491102028,ss1355984408,ss1692272723,ss2741938921,ss2749528227,ss2942142567,ss3753865662,ss5423288774,ss5950187037标准 |
NC_000016.9:31374674:答:G |
NC_000016.10:31363353:答:G |
(自我) |
90714705,487381226,228477220,11932794318,ss5012931559,ss5300696308,ss5603188770,ss5898856476号 |
NC_000016.10:31363353:A:G |
NC_000016.10:31363353:答:G |
(自我) |
帮助
Publications选项卡显示PubMed文章,引用PMID、Title、Author、Year、Journal等变量,按年份降序排列。
rs189592567无出版物
帮助
Flanks标签提供检索所有有位置的分子上SNP的侧翼序列。
基因组背景:
选择侧面长度: