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数据库SNP 短遗传变异

欢迎阅读参考SNP(rs)报告

所有等位基因都在前进方向。单击变量详细信息选项卡有关基因组位置、基因和氨基酸变化的详细信息。HGVS名称位于HGVS选项卡.

参考SNP(rs)报告

此页面报告来自新重新设计的dbSNP构建的单个dbSNP参考SNP变体(RefSNP或rs)的数据。
页面顶部报告了rs的简要摘要,下面相应的选项卡中包含了更具体的详细信息。
所有等位基因均为正向。使用基因组视图检查变体两侧的核苷酸及其相邻的核苷酸。
有关更多信息,请参阅帮助文档.

17855579卢比

当前版本156

已发布2022年9月21日

有机体
智人
职位
电话17:40819076(GRCh38.第14页)帮助

此RefSNP的锚定位置。包括所有可能受此变化影响的核苷酸,因此它可能不同于右移的HGVS。请参见在这里了解详细信息。

等位基因
G> A/G>C/G>T
变体类型
SNV公司单核苷酸变异
频率
G=0.282519(74780/264690,TOPMED)
G=0.254442(32477/127640,GnomAD)
G=0.33716(24692/73236,GnomAD_exome)(+还有11个)
A=0.36035(9989/27720,14KJPN)
A=0.35314(5788/16390,8.3KJPN)
G=0.2890(2739/9476,ExAC)
G=0.4504(3426/7606,ALFA)
G=0.3029(1517/50081000G)
A=0.3691(1055/2858,韩国)
G=0.356(212/596,瑞典北部)
G=0.206(91/442,SGDP_PRJ)
G=0.296(64/216,卡塔尔)
G=0.47(1940年19月,GENOME_DK)
G=0.19(5/26,西伯利亚)
临床意义
在中报告临床变量
基因:后果
KRT10:误判变量
KRT10-AS1:2KB上游变型
出版物
0引用
基因组视图
在上查看rs基因组

ALFA等位基因频率
ALFA项目提供了dbGaP的总等位基因频率。有关该项目的更多信息第页包括描述、数据访问和使用条款。

发布版本: 20230706150541
人口 集团 样本大小 参考通道 Alt Allele(Alt通道)
总计 全球的 7606 G=0.4504 A=0.5496,C=0.0000,T=0.0000
欧洲的 附属的 7226 G=0.4348 A=0.5652,C=0.000,T=0.000
非洲的 附属的 114 G=0.351 A=0.649,C=0.000,T=0.000
非洲其他国家 附属的 6 G=0.0 A=1.0,C=0.0,T=0.0
非裔美国人 附属的 108 G=0.370 A=0.630,C=0.000,T=0.000
亚洲的 附属的 42 G=1.00 A=0.00,C=0.00,T=0.00
东亚 附属的 30 G=1.00 A=0.00,C=0.00,T=0.00
其他亚洲人 附属的 12 G=1.00 A=0.00,C=0.00,T=0.00
拉丁美洲1 附属的 6 G=1.0 A=0.0,C=0.0,T=0.0
拉丁美洲2 附属的 144 G=1.000 A=0.000,C=0.000,T=0.000
南亚 附属的 8 G=0.6 A=0.4,C=0.0,T=0.0
其他 附属的 66 G=0.71 A=0.29,C=0.00,T=0.00


帮助

频率选项卡显示了不同研究和人群报告的参考和替代等位基因频率表。表中的行,其中“总体”指的是整个研究人群,而行,其中“分组”指的是研究特定的人群亚组(即AFR、CAU等),如果可用的话。交替等位基因(Alt allele)的频率是观察到的样本与总数的比率,其中分子(观察到的样品)是研究中存在次要等位基因的染色体数量(见“样本大小”,其中组=“Sub”),分母(总样本)是变体研究中所有染色体的总数(见“样本大小”,其中Group=“study-wide”,Population=“Global”)。

下载
书房 人口 集团 样本大小 参考通道 Alt Allele(Alt通道)
TopMed公司 全球的 研究范围 264690 G=0.282519 A=0.717481
gnomAD-基因组 全球的 研究范围 127640 G=0.254442 A=0.745558
gnomAD-基因组 欧洲的 附属的 68730 G=0.27570 A=0.72430
gnomAD-基因组 非洲的 附属的 39240 G=0.16216 A=0.83784
gnomAD-基因组 美国人 附属的 12214 G=0.36704 A=0.63296
gnomAD-基因组 德系犹太人 附属的 2924 G=0.3153 A=0.6847
gnomAD-基因组 东亚 附属的 2574 G=0.4782 A=0.5218
gnomAD-基因组 其他 附属的 1958 G=0.2702 A=0.7298
gnomAD-外显子 全球的 研究范围 73236 G=0.33716 A=0.66284
gnomAD-外显子 欧洲的 附属的 35332 G=0.30745 A=0.69255
gnomAD-外显子 亚洲的 附属的 17354 G=0.30523 A=0.69477
gnomAD-外显子 美国人 附属的 11342 G=0.48633 A=0.51367
gnomAD-外显子 德系犹太人 附属的 6188 G=0.3557 A=0.6443
gnomAD-外显子 其他 附属的 2082 G=0.3261 A=0.6739
gnomAD-外显子 非洲的 附属的 938 G=0.145 A=0.855
14千日元 日本人 研究范围 27720 G=0.63965 A=0.36035
8.3千日元 日本人 研究范围 16390 G=0.64686 A=0.35314
ExAC公司 全球的 研究范围 9476 G=0.2890 A=0.7110
ExAC公司 亚洲的 附属的 6506 G=0.2793 A=0.7207
ExAC公司 欧洲 附属的 2550 G=0.3216 A=0.6784
ExAC公司 非洲的 附属的 218 G=0.128 A=0.872
ExAC公司 其他 附属的 106 G=0.387 A=0.613
ExAC公司 美国人 附属的 96 G=0.34 A=0.66
等位基因频率聚合器 总计 全球的 7606 G=0.4504 A=0.5496,C=0.0000,T=0.0000
等位基因频率聚合器 欧洲的 附属的 7226 G=0.4348 A=0.5652,C=0.000,T=0.000
等位基因频率聚合器 拉丁美洲2 附属的 144 G=1.000 A=0.000,C=0.000,T=0.000
等位基因频率聚合器 非洲的 附属的 114 G=0.351 A=0.649,C=0.000,T=0.000
等位基因频率聚合器 其他 附属的 66 G=0.71 A=0.29,C=0.00,T=0.00
等位基因频率聚合器 亚洲的 附属的 42 G=1.00 A=0.00,C=0.00,T=0.00
等位基因频率聚合器 南亚 附属的 8 G=0.6 A=0.4,C=0.0,T=0.0
等位基因频率聚合器 拉丁美洲1 附属的 6 G=1.0 A=0.0,C=0.0,T=0.0
1000基因组 全球的 研究范围 5008 G=0.3029 A=0.6971
1000基因组 非洲的 附属的 1322 G=0.0734 A=0.9266
1000基因组 东亚 附属的 1008 G=0.5347 A=0.4653
1000基因组 欧洲 附属的 1006 G=0.3042 A=0.6958
1000基因组 南亚 附属的 978 G=0.284 A=0.716
1000基因组 美国人 附属的 694 G=0.428 A=0.572
KRGDB的韩国人口 韩国人 研究范围 2858 G=0.6309 A=0.3691
瑞典北部 ACPOP公司 研究范围 596 G=0.356 A=0.644
SGDP_PRJ公司 全球的 研究范围 442 G=0.206 A=0.794
卡塔尔 全球的 研究范围 216 G=0.296 A=0.704
丹麦参考泛基因组 丹麦语 研究范围 40 G=0.47 A=0.53
西伯利亚人 全球的 研究范围 26 G=0.19 A=0.81
帮助

Variant Details(变量详细信息)选项卡显示基因组序列上的已知变量位置:染色体(NC_)、RefSeqGene、假基因或基因组区域(NG_),并在单独的表中显示:转录物(NM_)和蛋白质序列(NP_)。相应的转录物和蛋白质位置列在相邻行中,以及分子后果序列本体当没有可用的蛋白质放置时,只列出转录物。“Codon[氨基酸]”列显示了“Reference>Alternate”等位基因格式中的实际碱基变化,包括转录物中的核苷酸密码子变化和蛋白质中的氨基酸变化,允许已知的核糖体滑移位点。要查看与变体相邻的核苷酸,请使用页面底部的基因组视图-放大序列,直到变体周围的核苷酸可见。

基因组植入
序列名称 更改
GRCh38.p14第17页 NC_000017.11:g.40819076G>A
GRCh38.p14第17页 NC_000017.11:g.40819076G>C
GRCh38.p14第17页 NC_000017.11:g.40819076G>T
GRCh37.p13第17页 NC_000017.10:g.38975328G>A
GRCh37.p13第17页 NC_000017.10:g.38975328G>C
GRCh37.p13第17页 NC_000017.10:g.38975328G>T
KRT10参考序列基因 NG_008405.1:g.8536C>T
KRT10参考序列基因 NG_008405.1:g.8536C>g
KRT10参考序列基因 NG_008405.1:g.8536C>A
基因:10韩元,角蛋白10(减股)
分子类型 更改 氨基酸[密码子] SO术语
KRT10转录变体2 NM_001379366.1:c.1459C>T H(H)[C类自动控制]>是[T型自动控制] 编码序列变量
角蛋白,I型细胞骨架10亚型2 NP_001366295.1:第487页第Tyr页 H(他的)>Y(泰尔) 误读变量
KRT10转录变体2 NM_001379366.1:c.1459C>G H(H)[C类自动控制]>D[自动控制] 编码序列变量
角蛋白,I型细胞骨架10亚型2 NP_001366295.1:p.His487Asp H(His)>D(Asp) 误读变量
KRT10转录变体2 NM_001379366.1:c.1459C>A H(H)[C类自动控制]>否[A类自动控制] 编码序列变量
角蛋白,I型细胞骨架10亚型2 NP_001366295.1:p.His487Asn H(His)>N(Asn) 误读变量
KRT10转录变体1 NM_000421.5:约1459C>T H(H)[C类自动控制]>是[T型自动控制] 编码序列变量
角蛋白,I型细胞骨架10亚型1 NP_000412.4:第487页第Tyr页 H(他的)>Y(泰尔) 误读变量
KRT10转录变体1 NM_000421.5:c.1459C>G H(H)[C类自动控制]>D[自动控制] 编码序列变量
角蛋白,I型细胞骨架10亚型1 NP_000412.4:p.His487Asp H(His)>D(Asp) 误读变量
KRT10转录变体1 NM_000421.5:c.1459C>A H(H)[C类自动控制]>否[A类自动控制] 编码序列变量
角蛋白,I型细胞骨架10亚型1 NP_000412.4:p.His487Asn H(His)>N(Asn) 误读变量
基因:KRT10-AS1号机组,KRT10反义RNA 1(加股)以下为:2KB上游变量
分子类型 更改 氨基酸[密码子] SO术语
KRT10-AS1转录变体1 NR_160886.1:无。 不适用 上游转录变体
KRT10-AS1转录变体3 NR_160887.1:无。 不适用 上游转录变体
KRT10-AS1转录变体2 NR_160888.1:无。 不适用 上游转录变体
帮助

“临床意义”选项卡显示以下列表临床意义ClinVar中与每个等位基因变异相关的条目。点击RCV加入(即。加拿大皇家银行000001615.2)或等位基因ID(即。12274)以访问完整的ClinVar报告。

等位基因:A(等位基因ID:141768)
ClinVar加入 疾病名称 临床意义
RCV001731061.2号文件 大疱性鱼鳞病样红皮病 温和的
RCV001731062.2型 环状表皮松解性鱼鳞病 温和的
RCV001731063.2型 先天性网状鱼鳞病样红皮病 温和的
RCV002073958.3型 不提供的 温和的
帮助

别名选项卡显示HGVS名称,表示每个等位基因在基因组、转录物和蛋白质序列上的变异位置和等位基因变化。HGVS名称是用于报告序列加入和版本、序列类型、位置和等位基因变化的表达式。“注释”列可以有两个值:“diff”表示HGVS名称中报告的位置参考等位基因(变异间隔)与其他HGVSs名称中报告参考等位蛋白之间存在差异,以及“rev”是指HGVS名称中报告的位置处该变化间隔的序列与其他未标记为“rev”的HGVS名称中该变化的序列方向相反。

安置 G公司= A类 C类 T型
GRCh38.p14第17页 NC_000017.11:g.40819076= NC_000017.11:g.40819076G>A NC_000017.11:g.40819076G>C NC_000017.11:g.40819076G>T
GRCh37.p13第17页 NC_000017.10:g.38975328= NC_000017.10:g.38975328G>A NC_000017.10:g.38975328G>C NC_000017.10:g.38975328G>T
KRT10参考序列基因 NG_008405.1:g.8536= NG_008405.1:g.8536C>T NG_008405.1:g.8536C>g NG_008405.1:g.8536C>A
KRT10转录变体1 NM_000421.5:c.1459= NM_000421.5:c.1459C>T NM_000421.5:c.1459C>G NM_000421.5:c.1459C>A
KRT10转录变体1 NM_000421.4:c.1459= NM_000421.4:c.1459C>T NM_000421.4:c.1459C>G NM_000421.4:c.1459C>A
KRT10转录本 NM_000421.3:c.1459= NM_000421.3:c.1459C>T NM_000421.3:c.1459C>G NM_000421.3:c.1459C>A
KRT10转录变体2 NM_0013793661:约1459= NM_001379366.1:c.1459C>T NM_001379366.1:c.1459C>G NM_001379366.1:c.1459C>A
角蛋白,I型细胞骨架10亚型1 NP_000412.4:p.His487= NP_000412.4:p.His487Tyr NP_000412.4:p.His487Asp NP_000412.4:p.His487Asn
角蛋白,I型细胞骨架10亚型2 NP_001366295.1:p.His487= NP_001366295.1:p.His487Tyr NP_001366295.1:p.His487Asp NP_001366295.1:p.His487Asn
角蛋白,I型细胞骨架10亚型1 NP_000412.3:p.His487= NP_000412.3:p.His487Tyr NP_000412.3:p.His487Asp NP_000412.3:p.His487Asn
帮助

Submissions选项卡显示最初提交给dbSNP的变体,现在支持这个RefSNP集群。当提交首次出现时,我们显示提交者句柄、提交标识符、日期和内部版本号。直接提交给dbSNP的Submission ID采用ss-prefixed number(ss#)的形式。表中列出了其他支持变量,但没有ss#。

52 SubSNP,14频率,4临床变量提交
提交人 提交ID 日期(制造)
1 MGC_GENOME_DIFF公司 ss28509881号 2004年9月24日(123)
2 SSAHASNP公司 ss35200857号 2005年5月24日(130)
整体 ss143392723号 2009年12月1日(131)
4 完成_基因组学 不锈钢168130815 2010年7月4日(132)
5 PJP公司 ss292048936号 2011年5月9日(134)
6 1000个基因组 ss339687360号 2011年5月9日(134)
7 EXOME_芯片 编号491521692 2012年5月4日(137)
8 EVA-CONL公司 ss993096901号 2014年8月21日(142)
9 1000个基因组 ss1358608141号 2014年8月21日(142)
10 克林顿 ss1457618226号 2014年11月23日(142)
11 EVA_GENOME_DK公司 ss1578153125号 2015年4月1日(144)
12 EVA_EXAC公司 1692762076不锈钢 2015年4月1日(144)
13 WEILL_CORNELL_DGM公司 ss1936555988号 2016年2月12日(147)
14 USC_VALOUEV(V) 第2157524626页 2016年12月20日(150)
15 全球风险基金 ss2702086010号 2017年11月8日(151)
16 瑞典 不锈钢3015514598 2017年11月8日(151)
17 EVA_SAMSUNG_MC公司 不锈钢3023070596 2017年11月8日(151)
18 CSHL公司 ss3351741380号 2017年11月8日(151)
19 OMUKHERJEE_ADBS公司 第3646510792页 2018年10月12日(152)
20 城市实验室 编号:3650651929 2018年10月12日(152)
21 EVA_DECODE(蒸发排放_记录) ss3700442869号 2019年7月13日(153)
22 ACPOP公司 编号:3742016586 2019年7月13日(153)
23 经济增加值 ss3754653276号 2019年7月13日(153)
24 KHV_胡曼_基因组 3819924055不锈钢 2019年7月13日(153)
25 经济增加值 ss3825531393号 2020年4月27日(154)
26 经济增加值 ss3825546118号 2020年4月27日(154)
27 经济增加值 3834861520不锈钢 2020年4月27日(154)
28 经济增加值 3841040518号不锈钢 2020年4月27日(154)
29 经济增加值 ss3846537248号 2020年4月27日(154)
30 SGDP_PRJ公司 ss3885725854号 2020年4月27日(154)
31 KRGDB公司 ss3935405244号 2020年4月27日(154)
32 FSA-实验室 ss3984114704号 2021年4月26日(155)
33 GNOMAD公司 ss4311372515号 2021年4月26日(155)
34 TOPMED公司 ss5035586007标准 2021年4月26日(155)
35 TOMMO_遗传学 5222359040号不锈钢 2021年4月26日(155)
36 经济增加值 5236942590号不锈钢 2021年4月26日(155)
37 经济增加值 ss5237238993号 2021年4月26日(155)
38 1000G_高_覆盖 不锈钢5303091695 2022年10月16日(156)
39 经济增加值 ss5427522619号 2022年10月16日(156)
40 经济增加值 编号:5511762969 2022年10月16日(156)
41 经济增加值 ss562397118号 2022年10月16日(156)
42 经济增加值 ss5624072234号 2022年10月16日(156)
43 TOMMO_遗传学 ss5778548638号 2022年10月16日(156)
44 经济增加值 5800070912不锈钢 2022年10月16日(156)
45 经济增加值 ss5800208471号 2022年10月16日(156)
46 经济增加值 ss5833967437号 2022年10月16日(156)
47 经济增加值 ss5848448658号 2022年10月16日(156)
48 经济增加值 ss5913913043号 2022年10月16日(156)
49 经济增加值 ss5936567481号 2022年10月16日(156)
50 经济增加值 ss5951474341号 2022年10月16日(156)
51 经济增加值 ss5980965640号 2022年10月16日(156)
52 经济增加值 ss5981301265号 2022年10月16日(156)
53 1000基因组 NC_000017.10-38975328 2018年10月12日(152)
54 ExAC公司 NC_000017.10-38975328 2018年10月12日(152)
55 丹麦参考泛基因组 NC_000017.10-38975328 2020年4月27日(154)
56 gnomAD-基因组 NC_000017.11-40819076 2021年4月26日(155)
57 gnomAD-外显子 NC_000017.10-38975328 2019年7月13日(153)
58 KRGDB的韩国人口 NC_000017.10-38975328 2020年4月27日(154)
59 瑞典北部 NC_000017.10-38975328 2019年7月13日(153)
60 卡塔尔 NC_000017.10-38975328 2020年4月27日(154)
61 SGDP_PRJ公司 NC_000017.10-38975328 2020年4月27日(154)
62 西伯利亚人 NC_000017.10-38975328 2020年4月27日(154)
63 8.3千日元 NC_000017.10-38975328 2021年4月26日(155)
64 14千日元 NC_000017.11-40819076 2022年10月16日(156)
65 TopMed公司 NC_000017.11-40819076 2021年4月26日(155)
66 ALFA公司 NC_000017.11-40819076 2021年4月26日(155)
67 临床变量 RCV001731061.2号文件 2022年10月16日(156)
68 临床变量 RCV001731062.2型 2022年10月16日(156)
69 临床变量 RCV001731063.2型 2022年10月16日(156)
70 临床变量 RCV002073958.3型 2022年10月16日(156)
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“历史记录”选项卡显示了以前版本(内部版本)中的RefSNP(关联ID),这些版本现在支持当前RefSNP,以及更新每个关联ID(历史记录更新)的历史记录的日期。

关联ID 历史记录已更新(内部版本)
28470825卢比 2008年5月26日(130)
添加到此RefSNP群集:
提交ID 观察SPDI公司 标准SPDI公司 源RSID
ss35200857,ss168130815中,ss292048936号 NC_000017.9:36228853:G:A号 NC_000017.11:40819075:G:A (自我)
71848147,3204103,4355693,11994960,42582638,15301451,18597910,37742834,10040980,80328347,ss339687360,ss491521692,ss993096901,ss1358608141,ss1578153125,ss1692762076,ss1936555988,ss2157524626,ss2702086010,ss3015514598,ss3023070596,ss3351741380,ss3646510792,ss3742016586,ss3754653276,ss3825531393,ss3825546118,ss3834861520,ss3841040518,ss3885725854,ss3935405244,ss3984114704,ss5222359040,ss5427522619,ss5511762969,ss5623971186,ss5624072234,ss5800070912,ss5800208471,ss5833967437,ss5848448658,ss5936567481,ss5951474341,ss5980965640,ss5981301265号 NC_000017.10:38975327:G:A NC_000017.11:40819075:G:A (自我)
RCV001731061.2,RCV001731062.2,RCV001731063.2,RCV002073958.3中,506901475,112385742,251131669,4920992520中,ss1457618226,第3650651929号标准,ss3700442869,ss3819924055,ss3846537248,ss4311372515,ss5035586007,ss5236942590,ss5237238993,ss5303091695,ss5778548638,ss5913913043号 NC_000017.11:40819075:G:A NC_000017.11:40819075:G:A (自我)
ss28509881,ss143392723号 NT_010783.15:4249479:G:A时间:0783.15:4249479:G:A NC_000017.11:40819075:G:A (自我)
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