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频率选项卡显示了不同研究和人群报告的参考和替代等位基因频率表。表中的行,其中Population=“Global”指整个研究人群,而行,其中Group=“Sub”指研究特定的人群亚组(即AFR、CAU等)(如果可用)。交替等位基因(Alt allele)的频率是观察到的样本与总数的比率,其中分子(观察到的样品)是研究中存在次要等位基因的染色体数量(见“样本大小”,其中组=“Sub”),分母(总样本)是变体研究中所有染色体的总数(见“样本大小”,其中Group=“study-wide”,Population=“Global”)。
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Variant Details(变量详细信息)选项卡显示基因组序列上的已知变量位置:染色体(NC_)、RefSeqGene、假基因或基因组区域(NG_),并在单独的表中显示:转录物(NM_)和蛋白质序列(NP_)。相应的转录物和蛋白质位置列在相邻行中,以及分子后果从序列本体当没有蛋白质放置时,只列出转录本。“Codon[氨基酸]”列显示了“Reference>Alternate”等位基因格式中的实际碱基变化,包括转录物中的核苷酸密码子变化和蛋白质中的氨基酸变化,允许已知的核糖体滑移位点。要查看与变体相邻的核苷酸,请使用页面底部的基因组视图-放大序列,直到变体周围的核苷酸可见。
基因组植入
序列名称 |
更改 |
GRCh38.p14第16页 |
NC_000016.10:g.31359961C>g |
GRCh37.p13第16页 |
NC_000016.9:g.31371282C>g |
ITGAX参考SeqGene |
NG_011451.1:g.9774C>g |
分子类型 |
更改 |
氨基酸[密码子] |
SO术语 |
ITGAX转录变体1 |
NM_001286375.2:c.603C>G
|
F类[TT公司C类]>升[TT公司G公司]
|
编码序列变量 |
整合素α-X亚型1前体 |
NP_001273304.1:p.Phe201Leu
|
F(苯丙氨酸)>L(亮氨酸)
|
误读变量 |
ITGAX转录变体2 |
NM_000887.5:c.603C>G
|
F类[TT公司C类]>升[TT公司G公司]
|
编码序列变量 |
整合素α-X亚型2前体 |
NP_000878.2:p.Phe201Leu
|
F(苯丙氨酸)>L(亮氨酸)
|
误读变量 |
ITGAX转录变体X2 |
XM_024450263.2:约。
|
不适用
|
Genic上游转录变体 |
ITGAX转录变体X1 |
XM_047434074.1:c.603C>G
|
如果[TT公司C类]>升[TT公司G公司]
|
编码序列变量 |
整合素α-X亚型X1 |
XP_047290030.1:p.Phe201Leu
|
F(苯丙氨酸)>L(亮氨酸)
|
误读变量 |
ITGAX转录变体X3 |
XM_011545852.2:约603C>G
|
F类[TT公司C类]>升[TT公司G公司]
|
编码序列变量 |
整合素α-X亚型X3 |
XP_011544154.1:p.Phe201Leu
|
F(苯丙氨酸)>L(亮氨酸)
|
误读变量 |
ITGAX转录变体X4 |
XM_047434075.1:c.603C>G
|
F类[TT公司C类]>升[TT公司G公司]
|
编码序列变量 |
整合素α-X亚型X4 |
XP_047290031.1:p.Phe201Leu
|
F(苯丙氨酸)>L(亮氨酸)
|
误读变量 |
ITGAX转录变体X5 |
XM_011545854.2:c.603C>G
|
F类[TT公司C类]>升[TT公司G公司]
|
编码序列变量 |
整合素α-X亚型X5 |
XP_011544156.1:p.Phe201Leu
|
F(苯丙氨酸)>L(亮氨酸)
|
误读变量 |
帮助
别名选项卡显示HGVS名称,表示每个等位基因在基因组、转录物和蛋白质序列上的变异位置和等位基因变化。HGVS名称是用于报告序列加入和版本、序列类型、位置和等位基因变化的表达式。“注释”列可以有两个值:“diff”表示HGVS名称中报告的位置参考等位基因(变异间隔)与其他HGVSs名称中报告参考等位蛋白之间存在差异,以及“rev”是指HGVS名称中报告的位置处该变化间隔的序列与其他未标记为“rev”的HGVS名称中该变化的序列方向相反。
安置 |
C类= |
G公司 |
GRCh38.p14第16页 |
NC_000016.10:g.31359961= |
NC_000016.10:g.31359961C>g |
GRCh37.p13第16页 |
NC_000016.9:g.31371282= |
NC_000016.9:g.31371282C>g |
ITGAX参考SeqGene |
NG_011451.1:g.9774= |
NG_011451.1:g.9774C>g |
ITGAX转录变体2 |
NM_000887.5:约603= |
NM_000887.5:c.603C>G |
ITGAX转录本变体2 |
NM_000887.4:c.603= |
NM_000887.4:c.603C>G |
ITGAX成绩单 |
NM_000887.3:c.603= |
NM_000887.3:c.603C>G |
ITGAX转录变体1 |
NM_001286375.2:约603= |
NM_001286375.2:c.603C>G |
ITGAX转录变体1 |
NM_001286375.1:约603= |
NM_001286375.1:c.603C>G |
ITGAX转录变体X3 |
XM_011545852.2:约603= |
XM_011545852.2:c.603C>G |
ITGAX转录变体X3 |
XM_011545852.1:约603= |
XM_011545852.1:c.603C>G |
ITGAX转录变体X5 |
XM_011545854.2:约603= |
XM_011545854.2:c.603C>G |
ITGAX转录变体X4 |
XM_011545854.1:约603= |
XM_011545854.1:c.603C>G |
ITGAX转录变体X1 |
XM_047434074.1:约603= |
XM_047434074.1:c.603C>G |
ITGAX转录变体X4 |
XM_047434075.1:约603= |
XM_047434075.1:c.603C>G |
整合素α-X亚型2前体 |
NP_000878.2:p.Phe201= |
NP_000878.2:p.Phe201Leu |
整合素α-X亚型1前体 |
NP_001273304.1:p.Phe201= |
NP_001273304.1:p.Phe201Leu |
整合素α-X亚型X3 |
XP_011544154.1:第页第201页= |
XP_011544154.1:p.Phe201Leu |
整合素α-X亚型X5 |
XP_011544156.1:第201页= |
XP_011544156.1:p.Phe201Leu |
整合素α-X亚型X1 |
XP_047290030.1:第页第201页= |
XP_047290030.1:p.Phe201Leu |
整合素α-X亚型X4 |
XP_047290031.1:第201页= |
XP_047290031.1:p.Phe201Leu |
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Submissions选项卡显示最初提交给dbSNP的变体,现在支持这个RefSNP集群。当提交首次出现时,我们显示提交者句柄、提交标识符、日期和内部版本号。直接提交给dbSNP的Submission ID采用ss-prefixed number(ss#)的形式。表中列出了其他支持变量,但没有ss#。
3 SubSNP,1频率提交
否 |
提交人 |
提交ID |
日期(制造) |
1 |
TSC-CSHL公司 |
不锈钢2077808
|
2000年10月24日(88) |
2 |
克里布_YJKIM |
不锈钢104796963
|
2009年2月4日(130) |
3 |
伊利诺伊州 |
不锈钢2094890380
|
2016年12月20日(150) |
4 |
人类基因组单体型图 |
NC_000016.10-31359961 |
2020年4月27日(154) |
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“历史记录”选项卡显示了以前版本(内部版本)中的RefSNP(关联ID),这些版本现在支持当前RefSNP,以及更新每个关联ID(历史记录更新)的历史记录的日期。
添加到此RefSNP群集:
提交ID |
观察SPDI公司 |
标准SPDI公司 |
源RSID |
不锈钢2094890380 |
NC_000016.8:31278782:C:G(中文) |
NC_000016.10:31359960:C:G(中文) |
(自我) |
1374174 |
NC_000016.10:31359960:C:G(中文) |
NC_000016.10:31359960:C:G(中文) |
(自我) |
ss2077808,不锈钢104796963 |
NT_010393.16:31311281:中文 |
NC_000016.10:31359960:C:G(中文) |
(自我) |
帮助
Publications选项卡显示PubMed文章,引用PMID、Title、Author、Year、Journal等变量,按年份降序排列。
没有rs1574566的出版物
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Flanks标签提供检索所有有位置的分子上SNP的侧翼序列。
基因组背景:
选择侧面长度: