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数据库SNP 短遗传变异

欢迎阅读参考SNP(rs)报告

所有等位基因都在前进方向。单击变量详细信息选项卡有关基因组位置、基因和氨基酸变化的详细信息。HGVS名称在HGVS选项卡.

参考SNP(rs)报告

此页面报告来自新重新设计的dbSNP构建的单个dbSNP参考SNP变体(RefSNP或rs)的数据。
页面顶部报告了rs的简要摘要,下面相应的选项卡中包含了更具体的详细信息。
所有等位基因均为正向。使用基因组视图检查变体两侧的核苷酸及其相邻的核苷酸。
有关更多信息,请参阅帮助文档.

rs1574566

当前版本156

已发布2022年9月21日

有机体
智人
职位
chr16:31559961号(GRCh38.第14页)帮助

此RefSNP的锚定位置。包括所有可能受此变化影响的核苷酸,因此它可能不同于右移的HGVS。请参见在这里了解详细信息。

等位基因
C> G公司
变体类型
SNV公司单核苷酸变异
频率
G=0.006(2/314,HapMap)
临床意义
ClinVar中未报告
基因:后果
ITGAX:错觉变量
出版物
0引用
基因组视图
在上查看rs基因组
帮助

频率选项卡显示了不同研究和人群报告的参考和替代等位基因频率表。表中的行,其中Population=“Global”指整个研究人群,而行,其中Group=“Sub”指研究特定的人群亚组(即AFR、CAU等)(如果可用)。交替等位基因(Alt allele)的频率是观察到的样本与总数的比率,其中分子(观察到的样品)是研究中存在次要等位基因的染色体数量(见“样本大小”,其中组=“Sub”),分母(总样本)是变体研究中所有染色体的总数(见“样本大小”,其中Group=“study-wide”,Population=“Global”)。

下载
研究 人口 样本大小 参考Allele Alt Allele(Alt通道)
人类基因组单体型图 全球的 研究范围 314 C=0.994 G=0.006
人类基因组单体型图 非洲的 次级 116 C=1.000 G=0.000
人类基因组单体型图 美国人 次级 114 C=1.000 G=0.000
人类基因组单体型图 亚洲的 次级 84 C=0.98 G=0.02
帮助

Variant Details(变量详细信息)选项卡显示基因组序列上的已知变量位置:染色体(NC_)、RefSeqGene、假基因或基因组区域(NG_),并在单独的表中显示:转录物(NM_)和蛋白质序列(NP_)。相应的转录物和蛋白质位置列在相邻行中,以及分子后果序列本体当没有蛋白质放置时,只列出转录本。“Codon[氨基酸]”列显示了“Reference>Alternate”等位基因格式中的实际碱基变化,包括转录物中的核苷酸密码子变化和蛋白质中的氨基酸变化,允许已知的核糖体滑移位点。要查看与变体相邻的核苷酸,请使用页面底部的基因组视图-放大序列,直到变体周围的核苷酸可见。

基因组植入
序列名称 更改
GRCh38.p14第16页 NC_000016.10:g.31359961C>g
GRCh37.p13第16页 NC_000016.9:g.31371282C>g
ITGAX参考SeqGene NG_011451.1:g.9774C>g
基因:ITGAX公司,整合素亚单位αX(加股)
分子类型 更改 氨基酸[密码子] SO术语
ITGAX转录变体1 NM_001286375.2:c.603C>G F类[TT公司C类]>升[TT公司G公司] 编码序列变量
整合素α-X亚型1前体 NP_001273304.1:p.Phe201Leu F(苯丙氨酸)>L(亮氨酸) 误读变量
ITGAX转录变体2 NM_000887.5:c.603C>G F类[TT公司C类]>升[TT公司G公司] 编码序列变量
整合素α-X亚型2前体 NP_000878.2:p.Phe201Leu F(苯丙氨酸)>L(亮氨酸) 误读变量
ITGAX转录变体X2 XM_024450263.2:约。 不适用 Genic上游转录变体
ITGAX转录变体X1 XM_047434074.1:c.603C>G 如果[TT公司C类]>升[TT公司G公司] 编码序列变量
整合素α-X亚型X1 XP_047290030.1:p.Phe201Leu F(苯丙氨酸)>L(亮氨酸) 误读变量
ITGAX转录变体X3 XM_011545852.2:约603C>G F类[TT公司C类]>升[TT公司G公司] 编码序列变量
整合素α-X亚型X3 XP_011544154.1:p.Phe201Leu F(苯丙氨酸)>L(亮氨酸) 误读变量
ITGAX转录变体X4 XM_047434075.1:c.603C>G F类[TT公司C类]>升[TT公司G公司] 编码序列变量
整合素α-X亚型X4 XP_047290031.1:p.Phe201Leu F(苯丙氨酸)>L(亮氨酸) 误读变量
ITGAX转录变体X5 XM_011545854.2:c.603C>G F类[TT公司C类]>升[TT公司G公司] 编码序列变量
整合素α-X亚型X5 XP_011544156.1:p.Phe201Leu F(苯丙氨酸)>L(亮氨酸) 误读变量
帮助

“临床意义”选项卡显示以下列表临床意义ClinVar中与每个等位基因变异相关的条目。点击RCV加入(即。RCV000001615.2型)或通道ID(即。12274)以访问完整的ClinVar报告。

ClinVar中未报告
帮助

别名选项卡显示HGVS名称,表示每个等位基因在基因组、转录物和蛋白质序列上的变异位置和等位基因变化。HGVS名称是用于报告序列加入和版本、序列类型、位置和等位基因变化的表达式。“注释”列可以有两个值:“diff”表示HGVS名称中报告的位置参考等位基因(变异间隔)与其他HGVSs名称中报告参考等位蛋白之间存在差异,以及“rev”是指HGVS名称中报告的位置处该变化间隔的序列与其他未标记为“rev”的HGVS名称中该变化的序列方向相反。

安置 C类= G公司
GRCh38.p14第16页 NC_000016.10:g.31359961= NC_000016.10:g.31359961C>g
GRCh37.p13第16页 NC_000016.9:g.31371282= NC_000016.9:g.31371282C>g
ITGAX参考SeqGene NG_011451.1:g.9774= NG_011451.1:g.9774C>g
ITGAX转录变体2 NM_000887.5:约603= NM_000887.5:c.603C>G
ITGAX转录本变体2 NM_000887.4:c.603= NM_000887.4:c.603C>G
ITGAX成绩单 NM_000887.3:c.603= NM_000887.3:c.603C>G
ITGAX转录变体1 NM_001286375.2:约603= NM_001286375.2:c.603C>G
ITGAX转录变体1 NM_001286375.1:约603= NM_001286375.1:c.603C>G
ITGAX转录变体X3 XM_011545852.2:约603= XM_011545852.2:c.603C>G
ITGAX转录变体X3 XM_011545852.1:约603= XM_011545852.1:c.603C>G
ITGAX转录变体X5 XM_011545854.2:约603= XM_011545854.2:c.603C>G
ITGAX转录变体X4 XM_011545854.1:约603= XM_011545854.1:c.603C>G
ITGAX转录变体X1 XM_047434074.1:约603= XM_047434074.1:c.603C>G
ITGAX转录变体X4 XM_047434075.1:约603= XM_047434075.1:c.603C>G
整合素α-X亚型2前体 NP_000878.2:p.Phe201= NP_000878.2:p.Phe201Leu
整合素α-X亚型1前体 NP_001273304.1:p.Phe201= NP_001273304.1:p.Phe201Leu
整合素α-X亚型X3 XP_011544154.1:第页第201页= XP_011544154.1:p.Phe201Leu
整合素α-X亚型X5 XP_011544156.1:第201页= XP_011544156.1:p.Phe201Leu
整合素α-X亚型X1 XP_047290030.1:第页第201页= XP_047290030.1:p.Phe201Leu
整合素α-X亚型X4 XP_047290031.1:第201页= XP_047290031.1:p.Phe201Leu
帮助

Submissions选项卡显示最初提交给dbSNP的变体,现在支持这个RefSNP集群。当提交首次出现时,我们显示提交者句柄、提交标识符、日期和内部版本号。直接提交给dbSNP的Submission ID采用ss-prefixed number(ss#)的形式。表中列出了其他支持变量,但没有ss#。

3 SubSNP,1频率提交
提交人 提交ID 日期(制造)
1 TSC-CSHL公司 不锈钢2077808 2000年10月24日(88)
2 克里布_YJKIM 不锈钢104796963 2009年2月4日(130)
3 伊利诺伊州 不锈钢2094890380 2016年12月20日(150)
4 人类基因组单体型图 NC_000016.10-31359961 2020年4月27日(154)
帮助

“历史记录”选项卡显示了以前版本(内部版本)中的RefSNP(关联ID),这些版本现在支持当前RefSNP,以及更新每个关联ID(历史记录更新)的历史记录的日期。

添加到此RefSNP群集:
提交ID 观察SPDI公司 标准SPDI公司 源RSID
不锈钢2094890380 NC_000016.8:31278782:C:G(中文) NC_000016.10:31359960:C:G(中文) (自我)
1374174 NC_000016.10:31359960:C:G(中文) NC_000016.10:31359960:C:G(中文) (自我)
ss2077808,不锈钢104796963 NT_010393.16:31311281:中文 NC_000016.10:31359960:C:G(中文) (自我)
帮助

Publications选项卡显示PubMed文章,引用PMID、Title、Author、Year、Journal等变量,按年份降序排列。

没有rs1574566的出版物

帮助

Flanks标签提供检索所有有位置的分子上SNP的侧翼序列。

基因组背景:
选择侧面长度:

基因组区域、转录物和产物
顶部 帮助

NCBI图形序列查看器显示所报告RefSNP的基因组区域、转录物和蛋白质产物。
使用缩放选项查看RefSNP周围的核苷酸并查找其他相邻的RefSNP。
访问序列查看器有关在显示器内部导航和修改所显示数据轨迹的选择的帮助。

软件版本为:2.0.1.post761+d5e8e07