关于救生包

生存工具包的主要目的是填补软件的空白,这些人通常倾向于使用非常大的数据集,并希望估计随机效应。生存分析的方法主要是在临床生物识别领域发展起来的,在这个领域中,数据集和影响水平的数量通常较小。虽然是由动物饲养者为动物饲养者开发的,但对于其他地区遇到类似大模型和随机效应问题的人来说,生存工具包的程序可能会很有趣。为了使生存工具包用户友好,参数文件中使用的命令模拟SAS命令语言。生存试剂盒支持的模型属于单变量比例危险模型组。分析中可能包括固定和随机协变量(离散和连续)以及地层。这两种类型的协变量可能是时间依赖的。其特点包括全模型和任何子模型的似然比检验,任何给定协变量组合的中位生存时间预测,以及复杂模型和大数据集的各种钟声和哨声。在版本6中,可以使用无导数算法同时估计两个随机效应的方差。从生存工具包v6.1开始,可以包含相关的随机效应。当假设两个随机效应在某种程度上相互依赖时,这一点很有用。在这种情况下,两个随机效应应该具有相同数量的水平。相关系数可以假定为已知(例如,根据先前的分析)或在运行时估计。救生包包括三个程序,准备(用于数据准备),考克斯(用于Cox模型下的分析)和韦布尔(用于具有威布尔基线危险函数的模型下的分析)。提供了针对Windows和Linux的编译可执行文件以及源代码。救生包附有一套支持计划:

  • 迪伽玛-gamma值转换为trigamma的程序
  • 模拟-生存工具包的数据库模拟
  • 分拣工具-独立的R函数,用于对记录的数据文件进行排序
  • 苏维基特4R-带有图形功能的生存工具包v6.12的R接口包

R(R核心团队,2012)中开发了一个界面包,以提供绘制生存曲线的图形功能。接口函数执行所有步骤(准备考克斯韦布尔根据用户规范),包括必要时的数据排序。R接口的手册可通过R help命令获得。相关随机效应和R界面在开放存取出版物Mészáros et al.(2013)中进行了描述,这是生存工具包的建议引用形式。

系统要求

这些程序是用fortran90编写的,并在PC(使用Lahey的Fortran编译器)和几个UNIX平台上进行了测试。除了定时子例程(“second()”用于UNIX平台)外,不使用任何系统例程,它可以被替换或关闭而不会产生任何后果。

程序的大小可以通过参数的变化而改变,这些参数会影响到要估计的最大记录数和最大影响级别数。可以使用参数文本文件中的适当关键字设置这些参数(请参阅手册)。默认值在名为预备费对于准备巴黎对于考克斯/威布尔.

如何获得救生包

程序、文档和示例以压缩文件的形式提供生存套件v6.12(约5.3 MB)。只需单击文件名即可按照下载说明进行操作。压缩文件包含生存工具包、支持程序、手动文件和一个带有示例的目录。压缩文件夹包含源代码、makefile、R的接口包、编译的Linux/UNIX和编译的Windows可执行文件。救生包可以自由使用和分发,前提是其使用被认为是Mészáros等人(2013年)。使用它的风险由你自己承担。

更新

目前的版本是V6.12,由V.Ducrocq(vincent.Ducrocq(at)jouy.inra.fr)、J.Sölkner(johann.soelkner(at)boku.ac.at)和G.Mészáros(gabor.meszaros(at)boku.ac.at)编写,2010年。请向三位作者中的任何一位报告错误。

工具书类

Ducrocq,V.和J.Sölkner(1994):生存工具包-用于分析生存数据的Fortran软件包。程序。第五届世界遗传学应用于畜牧生产大会,2251-52。Ducrocq,V.(1997):生存分析,长寿数据的统计工具。在1997年8月25日至28日于维也纳举行的欧洲动物生产协会第48届年会上发表的论文。Ducrocq,V.和J.Sölkner(1998):使用生存分析技术对奶牛进行路由育种价值评估。程序。第六届世界遗传学应用于畜牧生产大会,23359-362。Ducrocq,V.和J.Sölkner(1998):生存工具包-用于分析生存数据的Fortran软件包。程序。第六届世界遗传学应用于畜牧生产大会,27447-448。1999年洛卡生存数据分析。1999年5月9日至11日,法国Jouy en Josas,牛的功能性状遗传改良研讨会。Ducrocq,V.,Sölkner,J.,Mészáros,G.(2010):生存工具包v6-生存分析软件包。2010年8月1日至6日,德国莱比锡,第九届世界家畜遗传大会。Mészáros,G.,Sölkner,J.,Ducrocq,V.(2013):生存工具包:分析生存数据的软件,包括可能相关的随机效应。生物医学计算机方法与程序,110(3):503-510。DOI:10.1016/j.cmpb.2013.01.010