兹多布诺夫教授实验室

生物信息学是生物学和计算机科学的结合点。我们研究人类和微生物的基因组功能和进化。

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工具

生物识别和人工智能

我们专注于宏基因组学机器学习. 基因组学现在是一个大数据领域,我们开发工具来自动化分析。
重点关注:病毒/噬菌体、细菌AMR/毒力、分类。

基因组学

  • 双氟醚孔雀
  • 豆娘花红萼
  • 冰爬行器柳赛Galloisiana yuasai
  • 狐尾鱼伊氏Lepismachilis y-signata
  • Firebrat公司小灶衣鱼

#工具🔨

#LEMMI公司

是同类产品中的第一款宏基因组分类器的连续基准测试平台具有多目标排序和集装箱化软件的有效分发。它支持:

  • 用户可以做出明智的选择,并获得标准化和易于使用的工具,以及
  • 方法开发人员展示新的方法,并为出版物获取可信的基准。

..更多>>
转到LEMMI>>

#BUSCO公司

评估“预期”基因含量.BUSCO可用于

  • 基因组数据集的质量控制,
  • 比较基因组学的应用,
  • 基因预测训练,以及
  • 系统发育学。

用户指南>> (打开新窗口)
前往BUSCO>>

#OrthoDB公司

是的数据库“等效”基因跨物种。OrthoDB开创了分级矫形学的先河,提供:

  • 覆盖范围最广,从动物到微生物和病毒
  • 直方图的进化和功能注释

..更多>>
转到OrthoDB>> 获取Orthologer>>

#miR映射

用热力学、进化、概率和基于序列的特征预测因子对潜在的miRNA目标进行排序。它可以作为Web服务器和Python软件库使用。

..更多>>
转到miRmap>>

# Newick实用程序 (打开新窗口)

用于处理系统发育树:重排、修剪、修剪、压缩、绘制(ASCII图形或SVG)。

# ezVIR公司 (打开新窗口)

从高通量测序数据中筛选人类病毒

..2014年论文>> (打开新窗口)
..显然,它仍然是周围表现最好的公司之一>> (打开新窗口)

# 阿特拉斯 (打开新窗口)

创建Snakemake工作流的合作项目,用于元基因组序列数据的组装、注释和基因组装箱。

# 斐加罗 (打开新窗口)

前噬菌体注释的合作项目。

# CEGA公司 (打开新窗口)

# 免疫数据库 (打开新窗口)

#MicroBiome/AI公司

#为什么是宏基因组学开放的方法。

..幻灯片>> (打开新窗口)

#临床样本的病毒组学

是我们的主题生产性协作 (打开新窗口)HUG病毒学实验室。

#慢性感染患者和G2GWAS中EB病毒序列的多样性。

..很快

#ACI-1β-内酰胺酶(AMR基因) (打开新窗口)

由于尾部原噬菌体包藏的转座子,在Negativicuts的人类肠道微生物组中广泛存在。

#阴性杆菌 (打开新窗口)

革兰氏阴性,有两个细胞膜,尽管革兰氏阳性的厚壁菌只有一个细胞膜;噬菌体也相应地适应了。

#为什么选择机器学习前进的道路。

..幻灯片>> (打开新窗口)

#基因组学/测序🐜

#比较基因组学

是许多动物和节肢动物测序项目的一部分,我们贡献了其中的一些。

我们自己也对一些进行了排序:

#双氟醚孔雀

是一种盲土流和祖先无翅的六足动物

..在GBE中发布>> (打开新窗口) ..补充数据>> (打开新窗口)

Diplura是昆虫纲的姊妹C.augens公司基因组是研究昆虫基因组创新出现的关键外部参照物。它是盲人,但表现出避光行为,并且能够再生丢失的肢体。

  • 我们发现嗜离子受体(IR)的化学感受基因家族有了大规模扩展。这是迄今为止动物界已知的最大的IR家族。这种巨大的扩张可能反映了对土壤生物的适应,也可能弥补视力的丧失。

#豆娘花红萼

属于古翅目的早期辐射翅昆虫分支

气味物种被广泛用于研究昆虫行为、生态和进化。我们的基因组数据将推动此类研究进入分子水平,因为这将是第一份描述蜻蜓类代表基因组的出版物。同样重要的是,我们的数据将使我们更接近于研究早期昆虫特征的进化,例如翅膀的出现和变态。

我们已经发现

  • 在其他昆虫基因组中没有发现的解毒基因,
  • 肽聚糖识别蛋白(PGRP)免疫相关蛋白家族中独特的基因结构,
  • 保守气味受体辅受体(Orco)基因的拷贝,但没有其他气味受体(OR)。

..纸张>> (打开新窗口)

#排水蝇交替性精神病

一只排水蝇和一种新的类狂犬病病毒的大部分完整转录组的意外测序

..预打印>> (打开新窗口)

..幻灯片>> (打开新窗口)

# 阅读我们出版物的更多信息 (打开新窗口)